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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bjv | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of a putative PTS IIA(PtxA) from Streptococcus mutans | ||||||
要素 | RmpA | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / alpha/beta three layer sandwich | ||||||
機能・相同性 | PTS EIIA type-2 domain / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 / PTS_EIIA type-2 domain profile. / Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / Phosphotransferase/anion transporter / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / PTS ascorbate transporter subunit IIA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus mutans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Lei, J. / Liang, Y.H. / Su, X.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Crystal structures of phosphotransferase system enzymes PtxB (IIB(Asc)) and PtxA (IIA(Asc)) from Streptococcus mutans 著者: Lei, J. / Li, L.-F. / Su, X.-D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bjv.cif.gz | 43.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bjv.ent.gz | 29.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bjv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bjv_validation.pdf.gz | 422.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bjv_full_validation.pdf.gz | 423.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bjv_validation.xml.gz | 8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bjv_validation.cif.gz | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/3bjv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17696.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア) 株: UA159 / 遺伝子: ptxA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q93DA9, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.9 詳細: 0.1M Tris-Hcl, 1.9-2.1M (NH4)2SO4, pH 7.9, Vapor diffusion, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: multilayer mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40.65 Å / Num. all: 6206 / Num. obs: 6026 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0717 / Rsym value: 0.0717 / Net I/σ(I): 10.08 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.1297 / Mean I/σ(I) obs: 0.1297 / Num. unique all: 897 / Rsym value: 0.1297 / % possible all: 85.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2OQT 解像度: 2.4→27.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 7.265 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.114 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.719 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.232 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.397→2.459 Å / Total num. of bins used: 20
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