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- PDB-3bjv: The Crystal Structure of a putative PTS IIA(PtxA) from Streptococ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bjv
タイトルThe Crystal Structure of a putative PTS IIA(PtxA) from Streptococcus mutans
要素RmpA
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta three layer sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / kinase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PTS EIIA type-2 domain / Phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system, EIIA 2 / PTS_EIIA type-2 domain profile. / Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / Phosphotransferase/anion transporter / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ascorbate-specific PTS system EIIA component
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lei, J. / Liang, Y.H. / Su, X.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of phosphotransferase system enzymes PtxB (IIB(Asc)) and PtxA (IIA(Asc)) from Streptococcus mutans
著者: Lei, J. / Li, L.-F. / Su, X.-D.
履歴
登録2007年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RmpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6961
ポリマ－17,6961
非ポリマー00
水81145
1
A: RmpA

A: RmpA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3922
ポリマ－35,3922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area1970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.754, 40.754, 169.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RmpA / Putative PTS system / enzyme IIA component


分子量: 17696.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: ptxA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q93DA9, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.9
詳細: 0.1M Tris-Hcl, 1.9-2.1M (NH4)2SO4, pH 7.9, Vapor diffusion, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日
放射モノクロメーター: multilayer mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40.65 Å / Num. all: 6206 / Num. obs: 6026 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0717 / Rsym value: 0.0717 / Net I/σ(I): 10.08
反射 シェル解像度: 2.4→2.54 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.1297 / Mean I/σ(I) obs: 0.1297 / Num. unique all: 897 / Rsym value: 0.1297 / % possible all: 85.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.51 Å27.28 Å
Translation2.51 Å27.28 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
PROTEUM PLUSデータ収集
PROTEUM PLUSデータ削減
PROTEUM PLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OQT

2oqt


解像度: 2.4→27.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 7.265 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.114 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 835 14 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.191 6170 --
obs0.166 5982 96.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.24 Å20 Å2
3----0.48 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.232 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1203 0 0 45 1248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8261.9851670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.395155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.46225.10647
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.38515214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.65154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02902
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1351.5798
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77321270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.083478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3134.5400
LS精密化 シェル解像度: 2.397→2.459 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 44 -
Rwork0.157 272 -
all-316 -
obs-316 75.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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