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- PDB-3bjb: Crystal structure of a TetR transcriptional regulator from Rhodoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bjb
タイトルCrystal structure of a TetR transcriptional regulator from Rhodococcus sp. RHA1
要素Probable transcriptional regulator, TetR family protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / APC7331 / TetR / Rhodococcus sp. RHA1 / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional repressor KstR, C-terminal / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable transcriptional regulator, TetR family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tan, K. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of a TetR transcriptional regulator from Rhodococcus sp. RHA1.
著者: Tan, K. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
B: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
C: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
D: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
E: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
F: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,12227
ポリマ－138,1056
非ポリマー2,01721
水32418
1
A: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
B: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,80310
ポリマ－46,0352
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
手法PISA
2
C: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
D: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6118
ポリマ－46,0352
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
手法PISA
3
E: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
F: Probable transcriptional regulator, TetR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7079
ポリマ－46,0352
非ポリマー6727
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.767, 93.767, 314.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulator, TetR family protein


分子量: 23017.479 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro05814 / プラスミド: p15Tv Lic / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0S4E5
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5M Ammonnium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97899, 0.97918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978991
20.979181
反射解像度: 2.5→32.46 Å / Num. all: 48913 / Num. obs: 48913 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 85.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXS位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→32.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 25.035 / SU ML: 0.251 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.487 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27762 2468 5.1 %RANDOM
Rwork0.23173 ---
obs0.23403 46259 98.08 %-
all-46259 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→32.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8306 0 105 18 8429
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228502
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.81.97811511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4351060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75122.513374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.087151488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.25315101
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.21353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.24294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.25788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.35125469
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.12738586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42623299
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.08432925
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 170 -
Rwork0.295 2870 -
obs--84.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.82841.28931.61727.82132.30233.0681-0.03610.0243-0.55880.79110.5853-0.43620.94650.4686-0.5492-0.00750.2228-0.0635-0.1019-0.04090.003591.78324.857158.172
21.24190.01840.67543.24892.32393.77130.131-0.0909-0.04790.1396-0.40550.57120.2262-1.05710.2745-0.1045-0.13550.00850.0346-0.043-0.033969.25631.134148.117
33.1601-2.0215-1.27712.42210.91062.4804-0.00540.12080.1418-0.124-0.02930.1972-0.3097-0.14380.0347-0.23280.0254-0.0245-0.3711-0.0095-0.178876.98859.826177.935
41.17730.79541.07563.682-0.12865.45340.06560.0366-0.2107-0.0364-0.07550.68291.1959-0.70170.00990.1201-0.0578-0.0508-0.20.0377-0.015766.71240.291187.827
54.072-3.4110.24613.6303-0.00151.64820.13960.40940.6992-0.511-0.1577-0.6844-0.35340.21510.01820.01540.11350.0007-0.2310.0141-0.024154.19794.18176.364
62.54990.42971.58894.93440.49192.98910.2929-0.5292-0.4070.3325-0.18040.64840.2275-0.8146-0.1125-0.14120.00470.0098-0.12720.0019-0.075440.59787.392196.023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 20117 - 203
2X-RAY DIFFRACTION2BB16 - 20118 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3CC19 - 20221 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4DD21 - 20223 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5EE15 - 20217 - 204
6X-RAY DIFFRACTION6FF16 - 20218 - 204

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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