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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bi3 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of AlkB protein bound to dsDNA containing 1meA/A with cofactors | ||||||
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![]() | Oxidoreductase/DNA / Dioxygenase / protein DNA interaction / alkylation repair / DNA damage / DNA repair / Iron / Metal-binding / Oxidoreductase / Oxidoreductase-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to methyl methanesulfonate / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair ...response to methyl methanesulfonate / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yi, C. / Yang, C.-G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of DNA/RNA repair enzymes AlkB and ABH2 bound to dsDNA. 著者: Yang, C.G. / Yi, C. / Duguid, E.M. / Sullivan, C.T. / Jian, X. / Rice, P.A. / He, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 22314.504 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic repair domain / 変異: S129C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 BC
#2: DNA鎖 | 分子量: 4074.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#3: DNA鎖 | 分子量: 3950.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
-非ポリマー , 3種, 170分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-MN / |
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#5: 化合物 | ChemComp-AKG / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% (w/v) PEG 8K, 100 mM Sodium Chloride, 25 mM magnesium chloride, 0.1M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 24645 / Num. obs: 24645 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 69.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.669 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -6.5917 Å / Origin y: 1.7121 Å / Origin z: -23.2903 Å
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