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- PDB-3bhs: Nitrosomonas europaea Rh50 and mechanism of conduction by Rhesus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bhs
タイトルNitrosomonas europaea Rh50 and mechanism of conduction by Rhesus protein family of channels
要素Ammonium transporter family protein Rh50
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ammonia / Rhesus / Rh50 / Channel / Amt / Nitrosomonas / Rh50 Ammonium transporter family / Rh50 Ammonia Transporter / Membrane Protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium homeostasis / ammonium channel activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Blood group Rhesus C/E/D polypeptide / Ammonium transporter fold / Ammonium transporter AmtB like domains / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ammonium transporter family
類似検索 - 構成要素
生物種Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Gruswitz, F. / Ho, C.-M. / del Rosario, M.C. / Westhoff, C.M. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Nitrosomonas europaea Rh50 and mechanism of conduction by Rhesus protein family of channels.
著者: Gruswitz, F. / Ho, C.-M. / del Rosario, M.C. / Westhoff, C.M. / Stroud, R.M.
履歴
登録2007年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ammonium transporter family protein Rh50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5181
ポリマ－42,5181
非ポリマー00
水2,774154
1
A: Ammonium transporter family protein Rh50

A: Ammonium transporter family protein Rh50

A: Ammonium transporter family protein Rh50


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,5553
ポリマ－127,5553
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.675, 96.675, 137.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-579-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ammonium transporter family protein Rh50 / Rh-like protein


分子量: 42518.465 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 26-425 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: Rh50, NE0448 / プラスミド: pET52 3C/LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q82X47
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1:1 microliter drop ratio of (Protein in 0.02M HEPES pH 7.4, 0.1M NaCl, 0.04M B-octyl glucoside, 2mM Dithiothreitol) and (100mM HEPES, 25% PEG 400). Cryoprotected with 10% Glycerol, pH 7.0, ...詳細: 1:1 microliter drop ratio of (Protein in 0.02M HEPES pH 7.4, 0.1M NaCl, 0.04M B-octyl glucoside, 2mM Dithiothreitol) and (100mM HEPES, 25% PEG 400). Cryoprotected with 10% Glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 78 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月29日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 32561 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.07 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3221 / Rsym value: 0.395 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NS1

2ns1


解像度: 1.99→40.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 3.951 / SU ML: 0.111 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23666 1646 5.1 %RANDOM
Rwork0.19628 ---
all0.19831 32561 --
obs0.1963 30705 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.769 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20.96 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----2.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→40.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 0 154 2960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.9653904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92934469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6895378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35623.57198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.96115440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.362159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1980.21536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21354
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0680.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0910.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2380.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.19222377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9862787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.73632974
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.68121155
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5543930
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 112 -
Rwork0.264 2180 -
obs--93.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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