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- PDB-3bhh: Crystal structure of human calcium/calmodulin-dependent protein k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bhh
タイトルCrystal structure of human calcium/calmodulin-dependent protein kinase IIB isoform 1 (CAMK2B)
要素Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain
キーワードTRANSFERASE / CAMK2B / CAM2 / CAMK2 / CaM kinase II beta chain / CAMK II beta subunit / Calcium/calmodulion dependent protein kinase II beta / EC:2.7.1.123 / MGC29528 / Proline rich calmodulin dependent protein kinase / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Calmodulin-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / positive regulation of synapse maturation / regulation of dendritic spine development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / regulation of neuron migration / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity ...regulation of skeletal muscle adaptation / regulation of synapse structural plasticity / calcium- and calmodulin-dependent protein kinase complex / positive regulation of synapse maturation / regulation of dendritic spine development / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / Trafficking of AMPA receptors / regulation of neuron migration / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Phase 0 - rapid depolarisation / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / regulation of calcium ion transport / Long-term potentiation / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of neuronal synaptic plasticity / HSF1-dependent transactivation / regulation of protein localization to plasma membrane / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / RAF activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / long-term synaptic potentiation / endocytic vesicle membrane / Interferon gamma signaling / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / nervous system development / actin binding / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / cell differentiation / calmodulin binding / neuron projection / protein phosphorylation / postsynaptic density / protein serine kinase activity / centrosome / signal transduction / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5CP / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. ...Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Calcium/Calmodulin-Dependent Protein Kinase IIB Isoform 1 (CAMK2B).
著者: Filippakopoulos, P. / Rellos, P. / Niesen, F. / Burgess, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / Pike, A.C.W. / Ugochukwu, E. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S.
履歴
登録2007年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,9796
ポリマ－134,2594
非ポリマー7212
水4,720262
1
A: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9252
ポリマ－33,5651
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9252
ポリマ－33,5651
非ポリマー3601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5651
ポリマ－33,5651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5651
ポリマ－33,5651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.400, 79.200, 98.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.500, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
12C
22D
32C
42D
13A
23B
33C
43D

NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111METMETASPASPAA10 - 192 - 11
211METMETASPASPBB10 - 192 - 11
321SERSERTHRTHRAA26 - 9418 - 86
421SERSERTHRTHRBB26 - 9418 - 86
112METMETILEILECC10 - 202 - 12
212METMETILEILEDD10 - 202 - 12
322VALVALTHRTHRCC28 - 9420 - 86
422VALVALTHRTHRDD28 - 9420 - 86
113GLYGLYLEULEUAA95 - 30087 - 292
213GLYGLYLEULEUBB95 - 30087 - 292
313GLYGLYLEULEUCC95 - 30087 - 292
413GLYGLYLEULEUDD95 - 30087 - 292

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II beta chain / CaM-kinase II beta chain / CaM kinase II subunit beta / CaMK-II subunit beta


分子量: 33564.625 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 11-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAMK2B, CAM2, CAMKB / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(R3)
参照: UniProt: Q13554, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-5CP / [4-({4-[(5-cyclopropyl-1H-pyrazol-3-yl)amino]-6-(methylamino)pyrimidin-2-yl}amino)phenyl]acetonitrile


分子量: 360.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H20N8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 50% PEG 300, 0.2M NaCl, 0.1M Na/KPO4 pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97649 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97649 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.78 Å / Num. all: 50945 / Num. obs: 50690 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.1157 / Rsym value: 0.1157 / Net I/σ(I): 9.77
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.65 % / Rmerge(I) obs: 0.4431 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique all: 5776 / Rsym value: 0.4431 / % possible all: 97.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.78 Å
Translation2.5 Å47.78 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 50687
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
11.3-10030.40.642507
8.53-11.325.10.86665
7.13-8.5333.90.874822
6.25-7.1343.50.845964
5.63-6.2545.60.8241064
5.17-5.6346.50.8521171
4.8-5.1741.70.8881261
4.51-4.838.20.8891339
4.26-4.5135.60.91431
4.05-4.2635.80.8971515
3.86-4.0536.40.8871568
3.7-3.8637.10.8781639
3.56-3.737.20.8711689
3.43-3.5636.30.8741778
3.32-3.4338.40.871852
3.22-3.3237.90.8681901
3.12-3.2237.90.8681964
3.04-3.12370.8662034
2.96-3.04390.8572044
2.88-2.9638.90.8762111
2.81-2.88400.8742185
2.75-2.8139.40.8722237
2.69-2.7537.10.8712289
2.64-2.6937.30.8612304
2.58-2.6438.20.8662373
2.53-2.5838.20.8652425
2.49-2.5338.40.8712466
2.44-2.4937.30.8672547
2.4-2.4439.40.8492542

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2V7O

2v7o


解像度: 2.4→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.862 / SU B: 20.258 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.289 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 2575 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.225 48113 --
obs0.225 48113 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4 Å20 Å2-2.35 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8617 0 54 262 8933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0218880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.94712112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1223.00113740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.07751141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06223.526363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36151291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8871543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021824
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.25769
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.24487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0620.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4020.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.71235837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.24532312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18659063
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.58583498
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.597113043
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A471TIGHT POSITIONAL0.050.05
11B503MEDIUM POSITIONAL0.050.5
11C471TIGHT THERMAL0.190.5
11D503MEDIUM THERMAL0.152
22A465TIGHT POSITIONAL0.060.05
22B430MEDIUM POSITIONAL0.070.5
22C465TIGHT THERMAL0.170.5
22D430MEDIUM THERMAL0.172
33A1212TIGHT POSITIONAL0.050.05
33B1212TIGHT POSITIONAL0.050
33C1212TIGHT POSITIONAL0.060
33D1212TIGHT POSITIONAL0.060
33A1214MEDIUM POSITIONAL0.060.5
33B1214MEDIUM POSITIONAL0.050
33C1214MEDIUM POSITIONAL0.060
33D1214MEDIUM POSITIONAL0.060
33A1212TIGHT THERMAL0.170.5
33B1212TIGHT THERMAL0.170
33C1212TIGHT THERMAL0.190
33D1212TIGHT THERMAL0.170
33A1214MEDIUM THERMAL0.152
33B1214MEDIUM THERMAL0.140
33C1214MEDIUM THERMAL0.170
33D1214MEDIUM THERMAL0.150
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 171 -
Rwork0.278 3435 -
all-3606 -
obs--96.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7544-0.24740.31982.01820.66312.0164-0.0814-0.09760.08890.1760.0069-0.071-0.1173-0.0370.07450.0334-0.02930.00970.0378-0.00570.064726.327463.397631.0364
22.5057-0.41050.8813.4645-0.82283.20780.04420.0563-0.1237-0.16950.00980.20670.0815-0.0968-0.0540.0155-0.0337-0.0111-0.0311-0.0449-0.009217.54949.330416.3436
32.0048-0.66371.35961.506-0.28892.06030.02110.0812-0.02450.04480.0281-0.06020.01830.1494-0.04930.0168-0.02310.04350.02730.01960.011330.809630.227-11.6798
42.01470.08250.79293.0238-0.0844.5481-0.18820.05640.1609-0.09050.0393-0.0878-0.32790.0820.1488-0.00990.0214-0.0141-0.00770.0530.012321.439243.9177-26.3117
50.4913-0.17570.95060.9756-0.66241.9534-0.0847-0.15240.03030.23570.0821-0.1172-0.10340.05970.00260.0389-0.00010.00230.06230.00380.085815.683814.175726.0144
62.0422-0.8532-0.41111.95630.42221.83230.0253-0.02120.0544-0.0875-0.0376-0.1036-0.08210.05770.0123-0.0526-0.0221-0.0158-0.06040.0104-0.028110.825222.10726.1194
71.0067-0.26681.44241.09660.11132.3044-0.04640.1599-0.15610.05930.11060.07770.0488-0.0203-0.06420.03540.00090.04090.05370.00320.055555.816340.143823.167
82.67220.75260.49962.60410.07232.54670.14220.152-0.21330.10070.104-0.30750.28370.1992-0.24620.00850.0514-0.0395-0.032-0.03730.004772.47332.457835.363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 1631 - 155
2X-RAY DIFFRACTION2AA164 - 301156 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3BB10 - 1632 - 155
4X-RAY DIFFRACTION4BB164 - 301156 - 293
5X-RAY DIFFRACTION5CC10 - 1632 - 155
6X-RAY DIFFRACTION6CC164 - 300156 - 292
7X-RAY DIFFRACTION7DD10 - 1632 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8DD164 - 300156 - 292

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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