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- PDB-3bh7: Crystal structure of the RP2-Arl3 complex bound to GDP-AlF4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bh7
タイトルCrystal structure of the RP2-Arl3 complex bound to GDP-AlF4
要素
  • ADP-ribosylation factor-like protein 3
  • Protein XRP2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein-Protein complex / GTPase Activating protein and GTPase / Retinitis pigmentosa / GTP-binding / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Disease mutation / Membrane / Palmitate / Phosphoprotein / Sensory transduction / Vision / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / periciliary membrane compartment / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport ...Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / Trafficking of myristoylated proteins to the cilium / photoreceptor cell development / periciliary membrane compartment / protein localization to ciliary membrane / intraciliary transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / ciliary transition zone / photoreceptor connecting cilium / Golgi to plasma membrane transport / small GTPase-mediated signal transduction / smoothened signaling pathway / mitotic cytokinesis / axoneme / cilium assembly / cytoplasmic microtubule / centriole / visual perception / GTPase activator activity / kidney development / spindle microtubule / GDP binding / unfolded protein binding / protein transport / protein folding / midbody / microtubule binding / cytoplasmic vesicle / ciliary basal body / nuclear body / cilium / Golgi membrane / GTPase activity / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / GTP binding / magnesium ion binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein XRP2 / Tubulin binding cofactor C-like domain / Tubulin binding cofactor C / Pectate Lyase C-like - #70 / Adenylate cyclase-associated CAP, C-terminal superfamily / CARP motif / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / Domain in CAPs (cyclase-associated proteins) and X-linked retinitis pigmentosa 2 gene product. / C-CAP/cofactor C-like domain / C-CAP/cofactor C-like domain profile. ...Protein XRP2 / Tubulin binding cofactor C-like domain / Tubulin binding cofactor C / Pectate Lyase C-like - #70 / Adenylate cyclase-associated CAP, C-terminal superfamily / CARP motif / ADP-ribosylation factor-like protein 2/3 / Domain in CAPs (cyclase-associated proteins) and X-linked retinitis pigmentosa 2 gene product. / C-CAP/cofactor C-like domain / C-CAP/cofactor C-like domain profile. / Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase (NDPK)-like domain profile. / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAFLUOROALUMINATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Protein XRP2 / ADP-ribosylation factor-like protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Veltel, S. / Gasper, R. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The retinitis pigmentosa 2 gene product is a GTPase-activating protein for Arf-like 3
著者: Veltel, S. / Gasper, R. / Eisenacher, E. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2007年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月5日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor-like protein 3
B: Protein XRP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7825
ポリマ－58,2122
非ポリマー5703
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-21.1 kcal/mol
Surface area20170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.698, 77.943, 97.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor-like protein 3


分子量: 18384.799 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 14-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: ARL3 / プラスミド: pGEX4T5-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q9WUL7
#2: タンパク質 Protein XRP2


分子量: 39827.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RP2 / プラスミド: pGEX4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: O75695

-
非ポリマー , 4種, 222分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ALF / TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト


分子量: 102.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF4
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.4M potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.73 Å / Num. all: 44554 / Num. obs: 44554 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 5.3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.076 Å2 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 20.03
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 6262 / Rsym value: 0.323 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KSG, 2BX6

1ksg

2bx6


解像度: 1.9→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.731 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26194 2228 5 %RANDOM
Rwork0.23185 ---
obs0.23336 42324 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3745 0 34 219 3998
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223873
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.9635254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2515479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02124.946184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35515671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5691521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22663
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0690.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1040.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5281.52455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87923840
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.10831633
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7424.51411
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 161 -
Rwork0.27 3066 -
obs-3066 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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