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- PDB-3bgw: The Structure Of A DnaB-Like Replicative Helicase And Its Interac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bgw
タイトルThe Structure Of A DnaB-Like Replicative Helicase And Its Interactions With Primase
要素DNAB-Like Replicative Helicase
キーワードREPLICATION / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / DNA 5'-3' helicase / DNA replication, synthesis of primer / DNA replication / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. ...DNAb Helicase; Chain A / DNAb Helicase; Chain A / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA 5'-3' helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage SPP1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.91 Å
データ登録者Wang, G. / Klein, M.G. / Tokonzaba, E. / Zhang, Y. / Holden, L.G. / Chen, X.S.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: The structure of a DnaB-family replicative helicase and its interactions with primase.
著者: Wang, G. / Klein, M.G. / Tokonzaba, E. / Zhang, Y. / Holden, L.G. / Chen, X.S.
履歴
登録2007年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNAB-Like Replicative Helicase
B: DNAB-Like Replicative Helicase
C: DNAB-Like Replicative Helicase
D: DNAB-Like Replicative Helicase
E: DNAB-Like Replicative Helicase
F: DNAB-Like Replicative Helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)300,0866
ポリマ－300,0866
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area29730 Å2
手法PISA
2
D: DNAB-Like Replicative Helicase
E: DNAB-Like Replicative Helicase
F: DNAB-Like Replicative Helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,0433
ポリマ－150,0433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
手法PISA
3
A: DNAB-Like Replicative Helicase
B: DNAB-Like Replicative Helicase
C: DNAB-Like Replicative Helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,0433
ポリマ－150,0433
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.634, 184.411, 184.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22C
32E
13B
23D
33F
14A
24B
34C
44D
54E
64F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNALAALA4AA12 - 9214 - 94
21ASNASNALAALA4BB12 - 9214 - 94
31ASNASNALAALA4CC12 - 9214 - 94
41ASNASNALAALA4DD12 - 9214 - 94
51ASNASNALAALA4EE12 - 9214 - 94
61ASNASNALAALA4FF12 - 9214 - 94
12SERSERGLUGLU4AA93 - 14695 - 148
22SERSERGLUGLU4CC93 - 14695 - 148
32SERSERGLUGLU4EE93 - 14695 - 148
13SERSERGLUGLU4BB93 - 14695 - 148
23SERSERGLUGLU4DD93 - 14695 - 148
33SERSERGLUGLU4FF93 - 14695 - 148
14GLYGLYLEULEU1AA173 - 435175 - 437
24GLYGLYLEULEU1BB173 - 435175 - 437
34GLYGLYLEULEU1CC173 - 435175 - 437
44GLYGLYLEULEU1DD173 - 435175 - 437
54GLYGLYLEULEU1EE173 - 435175 - 437
64GLYGLYLEULEU1FF173 - 435175 - 437

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
DNAB-Like Replicative Helicase


分子量: 50014.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 属: Lambda-like viruses / 遺伝子: G40P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q38152
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes (pH 7.5), 1 1.25 M MgAc, and 0.02 0.04% n-octylglucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.9→40 Å / Num. all: 35965 / Num. obs: 35317 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 3.9→4.04 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.0508 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3242 / Rsym value: 0.082 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.91→38.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.825 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.811 / SU B: 159.178 / SU ML: 0.983 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions.The bad geometry on ASN174 in chains A and F is due to low resolution. The structure is the best authors can do at this resolution with the ...詳細: Hydrogens have been added in the riding positions.The bad geometry on ASN174 in chains A and F is due to low resolution. The structure is the best authors can do at this resolution with the currently available crystallography program.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34889 1750 5 %RANDOM
Rwork0.33801 ---
obs0.33858 33329 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 119.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.91→38.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19724 0 0 0 19724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.02220017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.611.96326976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.22452491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.53925.133974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.164153743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.41115132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.23027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0215018
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2560.38943
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.513825
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.5973
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3430.376
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3670.52
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.463212794
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83320071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.18227988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.32236905
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
41A2093tight positional0.120.05
42B2093tight positional0.080.05
43C2093tight positional0.090.05
44D2093tight positional0.080.05
45E2093tight positional0.090.05
46F2093tight positional0.130.05
11A626medium positional0.160.5
12B626medium positional0.130.5
13C626medium positional0.10.5
14D626medium positional0.10.5
15E626medium positional0.10.5
16F626medium positional0.090.5
21A381medium positional0.210.5
22C381medium positional0.290.5
23E381medium positional0.30.5
31B381medium positional0.170.5
32D381medium positional0.320.5
33F381medium positional0.30.5
41A2093tight thermal0.040.5
42B2093tight thermal0.030.5
43C2093tight thermal0.020.5
44D2093tight thermal0.020.5
45E2093tight thermal0.020.5
46F2093tight thermal0.030.5
11A626medium thermal0.12
12B626medium thermal0.062
13C626medium thermal0.042
14D626medium thermal0.042
15E626medium thermal0.042
16F626medium thermal0.042
21A381medium thermal0.082
22C381medium thermal0.052
23E381medium thermal0.052
31B381medium thermal0.052
32D381medium thermal0.072
33F381medium thermal0.052
LS精密化 シェル解像度: 3.91→4.013 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 93 -
Rwork0.392 2142 -
obs--85.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6847-1.29282.43681.0569-0.6211.79640.0699-0.38550.1535-0.02930.08210.15420.0682-0.2326-0.152-0.8431-0.02010.075-0.4955-0.1284-0.918329.111-35.3388.245
23.3027-1.33612.57391.7474-0.97833.0151-0.0646-0.27790.53010.2399-0.0905-0.152-0.51620.20110.1551-0.5379-0.1027-0.0521-0.171-0.3448-0.564347.614-23.20532.949
31.1420.36440.54264.2287-0.78711.0529-0.2056-0.561-0.19190.79460.1539-0.3215-0.15960.43290.05170.307-0.0191-0.23490.5692-0.1853-0.178944.467-21.24965.143
43.11423.22610.81737.54531.08490.268-0.1848-0.63820.16830.95260.18210.3160.5954-0.15020.00270.4958-0.0020.31780.67780.0147-0.243915.324-36.26973.647
52.5519-2.8824-2.14124.68183.45483.4608-0.2996-0.5149-0.52470.7119-0.15720.66550.643-0.15410.45680.1328-0.4072-0.0750.61690.1981-0.0628-9.965-46.5155.512
62.7866-1.208-1.61614.08861.69085.22660.3031-0.4718-0.26810.8022-0.17290.2029-0.2914-0.4339-0.1302-0.5187-0.3393-0.0857-0.16950.0028-0.71962.784-47.18824.886
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 43614 - 438
2X-RAY DIFFRACTION2BB12 - 43614 - 438
3X-RAY DIFFRACTION3CC12 - 43614 - 438
4X-RAY DIFFRACTION4DD12 - 43614 - 438
5X-RAY DIFFRACTION5EE12 - 43614 - 438
6X-RAY DIFFRACTION6FF12 - 43614 - 438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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