PDB-3bg6: Pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor, E542K mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bg6

タイトル

Pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor, E542K mutant

要素

Pyranose oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GMC OXIDOREDUCTASE / E542K MUTANT / ROSSMANN FOLD / PHBH FOLD / HOMOTETRAMER / 8-ALPHA-(N3) HISTIDYL FLAVINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trametes multicolor (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Tan, T.C. / Divne, C.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2009
タイトル: Improving thermostability and catalytic activity of pyranose 2-oxidase from Trametes multicolor by rational and semi-rational design
著者: Spadiut, O. / Leitner, C. / Salaheddin, C. / Varga, B. / Vertessy, B.G. / Tan, T.C. / Divne, C. / Haltrich, D.

履歴

登録	2007年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bg6.cif.gz	954.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bg6.ent.gz	788.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bg7C 3blyC 2igoS 1tt0 2igk 2igm 2ign S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lsh-d 2igo-1 2ign-1 2ign-2 2igo-2 2igk-2 4moj-d 1tzl-1 3fdy-1 2igm-1 3k4n-1 3k4m-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose oxidase

B: Pyranose oxidase

C: Pyranose oxidase

D: Pyranose oxidase

E: Pyranose oxidase

F: Pyranose oxidase

G: Pyranose oxidase

H: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

562 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Pyranose oxidase

B: Pyranose oxidase

C: Pyranose oxidase

D: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Pyranose oxidase

F: Pyranose oxidase

G: Pyranose oxidase

H: Pyranose oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
281 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	168.863, 103.746, 169.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Pyranose oxidase / Pyranose 2-oxidase 分子量: 69413.852 Da / 分子数: 8 / 変異: E542K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trametes multicolor (菌類) / 遺伝子: p2o / プラスミド: pET21(D+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7ZA32, pyranose oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2546 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 12-14(w/v)% monomethylether PEG 2000, 0.1M Mes, 50mM MgCl2, 25% glycerol, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 603616 / Num. obs: 603616 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_sym value: 0.137 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.75 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 49624 / R_sym value: 0.588 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2IGO

2igo

解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.432 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19787	6061	1 %	RANDOM
R_work	0.16569	-	-	-
all	0.16601	597554	-	-
obs	0.16601	597554	98.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	0 Å²	0.34 Å²
2-	-	0.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36392	0	424	2546	39362

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	37792
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	25416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.887	1.961	51408
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.008	3	61920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.801	5	4608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.524	24.464	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.244	15	6096
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.213	15	216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.166	0.2	5600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	41968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	7568
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	7704
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	27402
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	18792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	19400
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.22	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.337	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.274	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.13	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.561	1.5	29293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.384	1.5	9232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.84	2	37512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.048	3	17069
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.205	4.5	13896

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.792 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	904	-
R_work	0.204	86146	-
obs	-	-	97.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1493	-0.2257	-0.0317	0.9136	0.3873	1.2475	-0.0669	-0.0783	0.0022	0.074	0.0424	0.1341	0.0531	-0.0727	0.0245	-0.0522	0.0206	0.0142	-0.0734	-0.017	0.0087	-17.407	18.182	105.397
2	0.7381	-0.401	0.095	1.0252	-0.0267	0.5009	0.0225	-0.0012	-0.0221	-0.0574	0.0024	0.1613	0.0016	-0.0712	-0.0249	-0.0687	0.0152	-0.0112	-0.0815	-0.0246	-0.0136	-16.864	21.826	96.099
3	0.8341	-0.256	-0.2923	0.6974	0.0964	0.5175	-0.0344	-0.0402	0.0802	0.0604	0.0393	0.0187	-0.0732	-0.0076	-0.0048	-0.0381	0.0248	-0.0116	-0.0741	-0.0403	-0.0098	-8.621	31.117	103.774
4	0.8254	-0.0799	0.09	0.2231	-0.0555	0.3419	-0.0308	-0.1035	0.0163	0.0874	0.0954	-0.0084	0.0017	0.0604	-0.0646	-0.0274	0.0321	-0.0109	-0.0523	-0.0569	-0.0417	8.544	18.033	111.971
5	0.4052	-0.1474	0.1115	0.5394	-0.0434	0.3132	-0.0156	-0.0212	0.0441	0.0785	0.049	-0.0884	0.035	0.0735	-0.0334	-0.0481	0.0302	-0.0156	-0.0435	-0.0677	-0.0427	17.915	10.49	102.415
6	0.1035	0.2266	-0.2613	1.3292	0.155	1.294	-0.0149	0.0766	-0.0705	0.0384	0.0192	-0.0911	0.0876	0.0779	-0.0043	-0.0051	0.0293	-0.0128	-0.0658	-0.0163	-0.0023	0.206	0.516	102.602
7	0.0098	-0.0806	-0.0653	0.6606	0.5356	0.4342	-0.0364	0.0077	0.0141	-0.0795	0.0568	-0.0275	-0.0088	0.0746	-0.0204	-0.0119	-0.0101	0.0144	-0.0193	-0.028	0.0054	2.739	11.606	73.931
8	0.9811	0.1873	0.0916	1.037	0.0909	0.6539	-0.0553	-0.1039	-0.0144	0.1645	0.0741	0.1425	0.0584	-0.0597	-0.0189	0.0301	0.0118	0.0422	-0.0789	0.0201	-0.0388	-13.909	-20.333	108.276
9	0.5428	-0.1079	0.1945	1.1246	-0.4743	0.6794	-0.0276	-0.0742	-0.0245	0.23	0.0173	-0.0063	0.0002	-0.0266	0.0103	0.0323	0.0071	0.0082	-0.0976	0.0035	-0.0798	-4.525	-23.636	109.971
10	0.4024	-0.1112	-0.3152	0.8981	-0.145	0.691	-0.0138	-0.0002	-0.0805	0.0736	0.0375	0.1042	0.1507	-0.0108	-0.0237	0.0262	-0.0127	0.0038	-0.0937	0.0106	-0.0308	-9.541	-32.848	99.817
11	0.3755	-0.2081	-0.0502	0.2947	-0.1324	0.8743	-0.017	0.0498	-0.0593	0.0133	0.053	0.1022	0.0569	-0.0623	-0.036	-0.0359	-0.0227	-0.0109	-0.0789	-0.0008	-0.0147	-13.689	-19.455	81.475
12	0.3158	-0.0638	0.0626	0.3278	-0.1145	0.4845	0.0133	0.0404	0.0313	-0.0023	0.0125	0.0304	0.0143	0.0272	-0.0258	-0.0451	-0.0098	-0.0018	-0.0744	-0.0086	-0.0359	-2.43	-11.218	75.125
13	1.5547	-0.5762	-0.0723	1.3222	0.3827	0.1176	0.0376	0.0522	0.0685	-0.0699	-0.0125	-0.0147	-0.0551	0.0613	-0.0251	0.0012	0.0129	0.0014	-0.0686	0.0054	-0.0145	-7.595	-1.899	92.477
14	0.1535	0.3636	0.0432	0.8613	0.1024	0.0122	-0.0031	-0.02	-0.0435	0.0597	0.0745	-0.1452	0.0794	0.0637	-0.0714	-0.0256	0.0266	-0.0157	-0.0249	-0.044	-0.0179	21.311	-11.975	96.968
15	1.3507	0.1867	0.6103	1.0063	-0.3042	1.0227	-0.0039	0.3741	0.0007	-0.1173	-0.026	-0.1645	0.0848	0.2638	0.0299	-0.1524	0.0385	0.0304	0.1363	-0.0856	-0.0274	64.229	-2.12	69.335
16	1.144	-0.2021	0.2961	0.819	-0.3618	0.8568	0.0208	0.1154	-0.1458	-0.1018	0.0007	-0.1516	0.1596	0.2026	-0.0215	-0.1367	0.0554	0.0095	0.0471	-0.1008	-0.0257	61.314	-9.492	75.518
17	1.3586	-0.2228	-0.037	0.4031	-0.2724	0.8346	-0.0492	-0.0145	0.0322	0.0715	0.005	-0.1612	0.0168	0.2292	0.0441	-0.1496	0.0222	-0.024	0.0835	-0.0789	0.0069	65.468	1.085	84.699
18	0.8008	-0.3962	-0.1463	0.7197	-0.0993	0.3777	-0.0178	0.049	0.2135	0.0209	-0.0047	-0.1413	-0.0589	0.1684	0.0225	-0.1322	-0.0472	-0.0152	0.027	-0.0614	0.0005	51.018	18.58	80.27
19	0.5376	-0.2068	0.1496	0.5832	-0.111	0.3396	-0.0454	0.0522	0.1057	-0.0111	0.0517	-0.0463	-0.0361	0.1068	-0.0063	-0.1113	-0.0231	-0.0082	0.0048	-0.0537	-0.0228	35.84	16.831	81.843
20	2.1267	0.9181	0.2878	0.4984	-0.0411	1.2131	-0.0651	0.1971	0.0704	0.0039	0.0483	0.0216	-0.0954	0.0334	0.0167	-0.102	-0.0155	-0.0012	0.0602	-0.0483	-0.0671	41.346	7.061	64.742
21	0.9558	0.4399	0.3674	0.2204	0.1743	0.1427	0.0247	-0.0567	-0.0127	0.0327	0.0443	-0.0302	0.0703	0.0212	-0.069	-0.0498	0.0269	-0.0096	0.0124	-0.0569	-0.0358	31.855	-15.162	84.062
22	1.1973	-0.2837	-0.0842	0.6156	-0.3861	1.7065	-0.0192	0.21	0.031	-0.1545	-0.0199	-0.1858	0.0274	0.2848	0.0391	-0.0874	-0.0534	0.0525	0.119	-0.0253	-0.0932	40.793	3.989	39.05
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精密化 TLSグループ

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3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	552 - 618	552 - 618
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	159 - 253	159 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	354 - 551	354 - 551
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	80 - 110	80 - 110
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	111 - 158	111 - 158
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	44 - 79	44 - 79
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	254 - 353	254 - 353
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	552 - 618	552 - 618
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	159 - 253	159 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	354 - 551	354 - 551
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	80 - 110	80 - 110
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	111 - 158	111 - 158
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	C	44 - 79	44 - 79
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	C	254 - 353	254 - 353
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	552 - 618	552 - 618
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	159 - 253	159 - 253
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	C	354 - 551	354 - 551
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	80 - 110	80 - 110
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	111 - 158	111 - 158
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	D	44 - 79	44 - 79
23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	D	254 - 353	254 - 353
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	D	552 - 618	552 - 618
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	D	159 - 253	159 - 253
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	D	354 - 551	354 - 551
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	D	80 - 110	80 - 110
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	D	111 - 158	111 - 158
29	X-RAY DIFFRACTION	29	E	E	44 - 79	44 - 79
30	X-RAY DIFFRACTION	30	E	E	254 - 353	254 - 353
31	X-RAY DIFFRACTION	31	E	E	552 - 618	552 - 618
32	X-RAY DIFFRACTION	32	E	E	159 - 253	159 - 253
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	E	354 - 551	354 - 551
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	E	80 - 110	80 - 110
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	E	111 - 158	111 - 158
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	F	44 - 79	44 - 79
37	X-RAY DIFFRACTION	37	F	F	254 - 353	254 - 353
38	X-RAY DIFFRACTION	38	F	F	552 - 618	552 - 618
39	X-RAY DIFFRACTION	39	F	F	159 - 253	159 - 253
40	X-RAY DIFFRACTION	40	F	F	354 - 551	354 - 551
41	X-RAY DIFFRACTION	41	F	F	80 - 110	80 - 110
42	X-RAY DIFFRACTION	42	F	F	111 - 158	111 - 158
43	X-RAY DIFFRACTION	43	G	G	44 - 79	44 - 79
44	X-RAY DIFFRACTION	44	G	G	254 - 353	254 - 353
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64	X-RAY DIFFRACTION	64	H	P	801	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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