PDB-3bg5: Crystal Structure of Staphylococcus Aureus Pyruvate Carboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bg5

タイトル

Crystal Structure of Staphylococcus Aureus Pyruvate Carboxylase

要素

Pyruvate carboxylase

キーワード

LIGASE / TIM barrel / ATP-binding / Nucleotide-binding / Pyruvate

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

Helix Hairpins - #310 / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2790 / pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Xiang, S. / Tong, L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of human and Staphylococcus aureus pyruvate carboxylase and molecular insights into the carboxyltransfer reaction.
著者: Xiang, S. / Tong, L.

履歴

登録	2007年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bg5.cif.gz	1.6 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bg5.ent.gz	1.4 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bg/3bg5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bg3C 3bg9C 1rqh C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hnv-d 3hb9-d 3hbl-d 4hnu-d 4hnt-d 5944 3tw6-2 3ho8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (6)
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アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (6)
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バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (3)
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ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
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アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyruvate carboxylase

B: Pyruvate carboxylase

C: Pyruvate carboxylase

D: Pyruvate carboxylase

ヘテロ分子

527 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Pyruvate carboxylase

C: Pyruvate carboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
264 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Pyruvate carboxylase

D: Pyruvate carboxylase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
263 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.428, 256.083, 126.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	D
3	2	B
1	3	A
2	3	B
3	3	C
4	3	D
5	3	A
6	3	B
7	3	C
8	3	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	A	A	495 - 1093	487 - 1084
2	1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	495 - 1093	487 - 1084
3	1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	C	C	495 - 1093	487 - 1084
4	1	1	ASP	ASP	ASN	ASN	D	D	495 - 1093	487 - 1084
1	1	2	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	1101 - 1178	1092 - 1169
2	1	2	LYS	LYS	GLU	GLU	D	D	1101 - 1178	1092 - 1169
3	1	2	LYS	LYS	GLU	GLU	B	B	1101 - 1178	1092 - 1169
1	1	3	GLN	GLN	ILE	ILE	A	A	36 - 167	26 - 157
2	1	3	GLN	GLN	ILE	ILE	B	B	36 - 167	26 - 157
3	1	3	GLN	GLN	ILE	ILE	C	C	36 - 167	26 - 157
4	1	3	GLN	GLN	ILE	ILE	D	D	36 - 167	26 - 157
5	2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	267 - 494	257 - 486
6	2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	267 - 494	257 - 486
7	2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	267 - 494	257 - 486
8	2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	267 - 494	257 - 486

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Pyruvate carboxylase 分子量: 131168.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: pycA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Star / 参照: UniProt: Q99UY8, UniProt: A0A0H3JRU9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL 分子量: 228.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₂S
#4: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#5: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 200 mM ammonium tartrate, 20% (w/v) PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 145707 / Num. obs: 131856 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.416 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0003	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 33.842 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.392 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2676	6975	5 %	RANDOM
R_work	0.21458	-	-	-
obs	0.21724	131856	98.48 %	-
all	-	138831	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.705 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	0 Å²	1.92 Å²
2-	-	-2.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	34293	0	150	0	34443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	35097
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.106	1.956	47498
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.288	5	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.648	24.874	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.792	15	6214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.358	15	196
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	5309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	26521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	16089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	24042
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	980
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.155	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.38	1.5	22162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.69	2	34981
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.786	3	14398
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.349	4.5	12517
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	4764	loose positional	0.72	5
1	2	B	4764	loose positional	0.87	5
1	3	C	4764	loose positional	1.52	5
1	4	D	4764	loose positional	0.58	5
2	1	A	576	loose positional	0.74	5
2	2	D	576	loose positional	1.15	5
2	3	B	576	loose positional	0.72	5
3	1	A	2842	loose positional	0.6	5
3	2	B	2842	loose positional	0.81	5
3	3	C	2842	loose positional	0.61	5
3	4	D	2842	loose positional	0.72	5
1	1	A	4764	loose thermal	3.15	10
1	2	B	4764	loose thermal	3.85	10
1	3	C	4764	loose thermal	3.89	10
1	4	D	4764	loose thermal	5.53	10
2	1	A	576	loose thermal	1.94	10
2	2	D	576	loose thermal	4.31	10
2	3	B	576	loose thermal	5.48	10
3	1	A	2842	loose thermal	4.46	10
3	2	B	2842	loose thermal	4.45	10
3	3	C	2842	loose thermal	2.52	10
3	4	D	2842	loose thermal	2.26	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.446	496	-
R_work	0.34	9448	-
obs	-	-	96.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0745	-0.8439	-0.5483	4.239	-0.4257	1.9696	0.0844	-0.1442	0.1275	-0.2597	0.0296	-0.8931	-0.2222	0.0853	-0.114	-0.1559	-0.0419	0.0355	-0.2006	-0.0287	0.0755	75.5542	51.8455	0.3552
2	1.2375	0.6596	0.1528	3.2343	-1.0746	1.8605	-0.0464	0.0346	-0.0106	-0.2714	0.0014	0.225	-0.273	-0.055	0.0449	-0.0404	-0.0182	-0.2282	-0.2261	0.0159	-0.1128	48.3849	64.0447	-17.0086
3	1.2846	-0.031	-0.2741	3.2083	0.1086	3.0417	0.1023	-0.2591	0.2216	0.3607	-0.0174	0.3635	-0.2882	-0.2333	-0.0849	-0.0619	0.0393	0.197	-0.091	-0.1301	-0.1048	63.002	153.7242	59.6705
4	2.7116	0.9219	0.1857	2.2056	-0.2605	4.6357	0.1676	-0.1521	-0.0663	-0.488	0.1448	-0.7226	0.1609	0.4158	-0.3124	-0.0018	-0.2324	0.1634	-0.0962	-0.1717	0.052	91.3217	156.6947	40.7595
5	0.5385	0.1808	-0.0262	0.9792	0.1353	0.4887	-0.0201	0.0976	-0.0959	-0.185	0.0396	-0.2055	0.1342	0.048	-0.0195	-0.1329	-0.0201	0.1126	-0.0334	-0.0282	0.0311	81.8613	115.2077	-20.5261
6	0.4862	0.0303	0.2366	1.3894	-0.5242	1.0377	0.0087	-0.1247	0.0082	0.1294	0.028	-0.1259	0.0091	0.2772	-0.0367	-0.0207	0.1866	-0.0739	0.1608	0.0087	-0.1673	81.3634	95.211	62.1295
7	1.0864	0.2856	-0.452	0.6052	0.0958	1.6758	-0.1343	-0.0509	0.0032	0.0264	0.1686	0.2158	0.0676	-0.2164	-0.0343	0.0289	0.0963	0.014	-0.0276	0.0824	-0.0485	46.3909	76.7477	47.4175
8	0.6082	-0.3515	0.0816	0.6262	0.2141	0.3144	-0.0345	0.0025	-0.0199	0.0327	0.0375	0.1115	-0.0264	0.0127	-0.003	-0.1202	-0.0136	-0.0002	-0.0645	0.0517	0.0477	52.8383	140.6425	-5.123
9	2.202	-0.1216	1.0609	2.6274	2.7493	8.7515	-0.3653	0.4488	-0.0479	-0.018	0.3944	-0.2276	0.199	0.6581	-0.0291	-0.0016	0.0565	0.0354	-0.0059	-0.0604	-0.0018	85.6178	88.0869	28.2467
10	25.1843	-9.9494	3.0055	16.276	-7.2222	7.8514	0.0476	0.2854	0.4626	0.2899	0.45	0.7238	-0.5344	-0.5315	-0.4976	-0.0119	0.087	-0.0063	-0.0103	0.0085	-0.0048	26.4392	102.9792	37.5781
11	4.5213	-2.694	-0.3756	5.1117	1.7237	3.2862	-0.4154	-0.3297	-0.1798	0.464	0.3876	-0.2303	0.2212	0.2254	0.0279	-0.279	0.008	-0.0703	-0.1533	0.0352	-0.1418	89.1366	120.8316	12.9802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	36 - 167	26 - 157
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	239 - 494	229 - 486
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	36 - 167	26 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	239 - 494	229 - 486
5	X-RAY DIFFRACTION	3	D	D	36 - 167	26 - 157
6	X-RAY DIFFRACTION	3	D	D	239 - 494	229 - 486
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	36 - 167	26 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	239 - 494	229 - 486
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	495 - 1093	487 - 1084
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	495 - 1093	487 - 1084
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	495 - 1093	487 - 1084
12	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	495 - 1093	487 - 1084
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	1094 - 1178	1085 - 1169
14	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	1101 - 1178	1092 - 1169
15	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	1094 - 1178	1085 - 1169

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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