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- PDB-3bfx: Crystal structure of human sulfotransferase SULT1C1 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bfx
タイトルCrystal structure of human sulfotransferase SULT1C1 in complex with PAP
要素Sulfotransferase 1C2
キーワードTRANSFERASE / SULFOTRANSFERASE / PAP / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Alternative splicing / Cytoplasm / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase / aryl sulfotransferase activity / Cytosolic sulfonation of small molecules / sulfation / sulfotransferase activity / amine metabolic process / lysosome / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sulfotransferase domain / Sulfotransferase domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Sulfotransferase 1C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dong, A. / Dombrovski, L. / Loppnau, P. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Human Sulfotransferases Sult1B1 and Sult1C1 Complexed with the Cofactor Product Adenosine-3'-5'-Diphosphate (Pap).
著者: Dombrovski, L. / Dong, A. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2007年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年12月4日ID: 2ETG
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfotransferase 1C2
B: Sulfotransferase 1C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5644
ポリマ－69,7102
非ポリマー8542
水9,224512
1
A: Sulfotransferase 1C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7093
ポリマ－34,8551
非ポリマー8542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sulfotransferase 1C2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8551
ポリマ－34,8551
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.824, 40.536, 154.612
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.83, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Sulfotransferase 1C2 / Sulfotransferase 1C1 / SULT1C#1 / ST1C2 / humSULTC2


分子量: 34854.875 Da / 分子数: 2 / 変異: C293S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SULT1C2, SULT1C1 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O00338, 転移酵素; 硫黄を含む基を移すもの; スルホトランスキナーゼ類
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / アデノシン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 1.0M Na Citrate, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月24日 / 詳細: Si 111
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 54077 / Num. obs: 54077 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.205 / % possible all: 70.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
Coot0.0.33モデル構築
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XV1

1xv1
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.702 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Program COOT 0.0.33 also has been used in refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1670 3.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.184 52393 --
obs0.184 52393 95.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20 Å21.35 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3----1.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4225 0 54 512 4791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9455967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7765500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60624.253221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.57915787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6251522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023347
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.22993
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.11.52601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67724099
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58832140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0224.51868
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 103 -
Rwork0.215 2862 -
obs--71.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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