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- PDB-3bfv: crystal structure of the chimerical protein CapAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bfv
タイトルcrystal structure of the chimerical protein CapAB
要素Membrane protein CapA1, Protein tyrosine kinase,Protein tyrosine kinase
キーワードTRANSFERASE / chimerical protein / P-loop protein / Capsule biogenesis/degradation / Exopolysaccharide synthesis / Membrane / Transmembrane / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide transport / carbohydrate:proton symporter activity / polysaccharide biosynthetic process / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide export protein MPA1-like / Exopolysaccharide synthesis protein / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Polysaccharide export protein MPA1-like / Exopolysaccharide synthesis protein / CobQ/CobB/MinD/ParA nucleotide binding domain / Polysaccharide chain length determinant N-terminal domain / Chain length determinant protein / : / AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / non-specific protein-tyrosine kinase / Capsular biosynthesis protein / Capsular polysaccharide type 8 biosynthesis protein cap8A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Olivares-Illana, V. / Meyer, P. / Morera, S. / Nessler, S.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for the Regulation Mechanism of the Tyrosine Kinase CapB from Staphylococcus aureus.
著者: Olivares-Illana, V. / Meyer, P. / Bechet, E. / Gueguen-Chaignon, V. / Soulat, D. / Lazereg-Riquier, S. / Mijakovic, I. / Deutscher, J. / Cozzone, A.J. / Laprevote, O. / Morera, S. / Grangeasse, C. / Nessler, S.
履歴
登録2007年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月9日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.32018年6月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.align_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.42018年6月27日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein CapA1, Protein tyrosine kinase,Protein tyrosine kinase
B: Membrane protein CapA1, Protein tyrosine kinase,Protein tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9006
ポリマ－59,9972
非ポリマー9034
水7,530418
1
A: Membrane protein CapA1, Protein tyrosine kinase,Protein tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4503
ポリマ－29,9991
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Membrane protein CapA1, Protein tyrosine kinase,Protein tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4503
ポリマ－29,9991
非ポリマー4522
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.460, 52.520, 68.110
Angle α, β, γ (deg.)107.71, 89.95, 110.32
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Membrane protein CapA1, Protein tyrosine kinase,Protein tyrosine kinase


分子量: 29998.740 Da / 分子数: 2
断片: FUSION PROTEIN CONSISTS OF UNP RESIDUES 194-222 (P72367) and 1-230 (A8YPQ5) OF CAPA1 AND CAPB2,FUSION PROTEIN CONSISTS OF UNP RESIDUES 194-222 (A8YPQ6) and 1-230 (A8YPQ5) OF CAPA1 AND CAPB2
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: cap8A, capB2 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P72367, UniProt: A8YPQ5, UniProt: A8YPQ6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.22 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.8
詳細: 23 % PEG 1000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.80

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873
検出器検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
10.9SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 39022 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.35
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rsym value: 0.303 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1ION

1ion


解像度: 1.8→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 2.532 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 2054 5 %RANDOM
Rwork0.178 ---
obs0.18 39022 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20.01 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3728 0 56 418 4202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223850
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.9945242
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7135480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77225.802162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20415672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0821516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.21827
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22731
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0940.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5861.52484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93523934
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.42131532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2314.51308
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 152 -
Rwork0.224 2898 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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