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- PDB-3bfq: Crystal structure of truncated FimG (FimGt) in complex with the d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bfq
タイトルCrystal structure of truncated FimG (FimGt) in complex with the donor strand peptide of FimF (DSF)
要素
  • Protein fimF
  • Protein fimG
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/STRUCTURAL PROTEIN / Incomplete Ig-like fold / donor strand exchange / Cell projection / Fimbrium / CELL ADHESION / STRUCTURAL PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pilus assembly / pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / cell adhesion
類似検索 - 分子機能
Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein FimF / Protein FimG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Eidam, O. / Capitani, G. / Grutter, M.G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Infinite Kinetic Stability against Dissociation of Supramolecular Protein Complexes through Donor Strand Complementation
著者: Puorger, C. / Eidam, O. / Capitani, G. / Erilov, D. / Grutter, M.G. / Glockshuber, R.
履歴
登録2007年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / pdbx_entity_src_syn ...database_2 / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Protein fimG
F: Protein fimF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4653
ポリマ－15,4062
非ポリマー591
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2440 Å2
ΔGint-16.1 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.050, 24.500, 54.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.77, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein fimG


分子量: 13665.835 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 36-167 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: W3110 / 遺伝子: fimG / プラスミド: pTrc99a vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08190
#2: タンパク質・ペプチド Protein fimF


分子量: 1739.910 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 23-37 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08189
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 80 mM NaCl, 27.5% PEG 1500, 20 mM cobalt chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.90002 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月25日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.90002 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 12.9 / 数: 66395 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 0.97 / D res high: 1.34 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 25442 / % possible obs: 96.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
2.893093.910.0581.267
2.292.8997.110.0551.088
22.299810.0580.97
1.82298.710.0680.986
1.691.8298.910.0860.873
1.591.6999.210.1080.955
1.511.599910.1320.843
1.441.5197.710.1690.834
1.391.4495.910.2030.852
1.341.3984.510.2340.862
反射解像度: 1.34→22 Å / Num. obs: 25442 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 1.34→1.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 3.17 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
精密化解像度: 1.34→15 Å / Num. parameters: 11505 / Num. restraintsaints: 13930 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.179 985 RANDOM
obs0.132 24435 -
原子変位パラメータBiso mean: 19.168 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.34→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1081 0 1 172 1254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0305
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.056
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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