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- PDB-3bfk: Crystal structure of Plasmodium falciparum Rab11a in complex with GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bfk
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum Rab11a in complex with GDP
要素Small GTPase Rab11
キーワードHYDROLASE / Malaria / Rab / GTPase / Structural Genomics Consortium / SGC / GTP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RAB geranylgeranylation / rhoptry / small GTPase-mediated signal transduction / vesicle-mediated transport / small monomeric GTPase / recycling endosome / G protein activity / endosome / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases ...: / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-11A
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Sukumar, D. / Hassanali, A. / Lin, L. / Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...Pizarro, J.C. / Sukumar, D. / Hassanali, A. / Lin, L. / Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Hui, R. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Plasmodium falciparum Rab11a in complex with GDP.
著者: Pizarro, J.C. / Sukumar, D. / Hassanali, A. / Lin, L. / Wernimont, A.K. / Lew, J. / Kozieradzki, I. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Bochkarev, A. / Hui, R.
履歴
登録2007年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small GTPase Rab11
B: Small GTPase Rab11
C: Small GTPase Rab11
D: Small GTPase Rab11
E: Small GTPase Rab11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,93513
ポリマ－103,4425
非ポリマー2,4928
水7,746430
1
A: Small GTPase Rab11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1322
ポリマ－20,6881
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Small GTPase Rab11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3164
ポリマ－20,6881
非ポリマー6273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Small GTPase Rab11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2243
ポリマ－20,6881
非ポリマー5352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Small GTPase Rab11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1322
ポリマ－20,6881
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Small GTPase Rab11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1322
ポリマ－20,6881
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.490, 48.371, 119.236
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.360, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Small GTPase Rab11


分子量: 20688.467 Da / 分子数: 5 / 断片: Residues 6-185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: PF13_0119 / プラスミド: pET15-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rossetta Oxford / 参照: UniProt: Q76NM4, small monomeric GTPase
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 26% PEG 4000, 100mM Na Citrate, 200mM NH4 Acetate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月6日 / 詳細: Rh-coated Si mirror for vertical focusing
放射モノクロメーター: Bent triangular asymmetric cut Si(111) for horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 91227 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Χ2: 1.184 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.77-1.832.80.80183680.585190.5
1.83-1.913.30.70990140.657197.6
1.91-1.993.40.49290880.801198.1
1.99-2.13.40.34691291.035198.2
2.1-2.233.30.27590991.198198.5
2.23-2.43.40.23591781.399198.7
2.4-2.643.40.21392201.482199
2.64-3.033.30.18292681.518199.1
3.03-3.813.30.15993101.537199.4
3.81-503.20.14895531.42199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OIV

1oiv


解像度: 1.8→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.408 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 4367 5 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 87258 98.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.274 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6620 0 158 430 7208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.989789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.977311830
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5635898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.24825.14358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.992151335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3311538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027900
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.24468
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.23247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.23488
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1930.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.280.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8211.54388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1651.51729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30926806
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.70733313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.64.52936
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 279 -
Rwork0.327 5772 -
all-6051 -
obs--93.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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