PDB-3bfh: Crystal structure of a pheromone binding protein from Apis mellif...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bfh

タイトル

Crystal structure of a pheromone binding protein from Apis mellifera in complex with hexadecanoic acid

要素

Pheromone-binding protein ASP1

キーワード

PHEROMONE BINDING PROTEIN / Honeybee / Apis mellifera / signal transduction / queen mandibular pheromone / hexadecanoic acid / PHEROMONE-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of the honey bee PBP pheromone and pH-induced conformational change
著者: Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2007年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bfh.cif.gz	39.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bfh.ent.gz	26.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bfh_validation.pdf.gz	609.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bfh_full_validation.pdf.gz	611.7 KB	表示
XML形式データ	3bfh_validation.xml.gz	5.2 KB	表示
CIF形式データ	3bfh_validation.cif.gz	7.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/3bfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bf/3bfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bfaC 3bfbC 3cabC 3cdnC 1r5r PDB 未公開エントリS 2h8v 3bjh C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3d76-d 1ts8-d 3ayq-d 2qws-d 3bfa-d 3bfb-d 1pey-1 3uda-3 4owj-5 1gsw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pheromone-binding protein ASP1

ヘテロ分子

13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.260, 84.348, 47.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-122- HOH
2	1	A-123- HOH
3	1	A-173- HOH
4	1	A-193- HOH

#1: タンパク質	Pheromone-binding protein ASP1 分子量: 13194.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-144 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U9J6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月29日 / 詳細: toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→58.72 Å / Num. all: 11157 / Num. obs: 11157 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 32.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1604 / R_sym value: 0.459 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1R5R

1r5r
PDB 未公開エントリ

解像度: 2→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.913 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21032	984	8.8 %	RANDOM
R_work	0.1726	-	-	-
all	0.17609	10190	-	-
obs	0.17609	10190	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.11 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.138 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	899	0	19	82	1000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	962
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.985	1305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.057	3.007	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.14	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.753	27.234	47
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.837	15	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.319	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	156
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	620
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	461
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.214	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.696	1.5	753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.197	1.5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.952	2	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.546	3	426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.265	4.5	345

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	73	-
R_work	0.207	737	-
obs	-	737	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.672	-0.4383	2.5541	2.8707	-1.4049	5.7576	0.1561	0.0013	0.5917	0.0582	-0.4017	-0.5391	-0.1502	0.6657	0.2456	-0.1953	-0.0431	0.0747	-0.2	0.0162	-0.0901	11.4053	11.5904	-4.3133
2	3.5615	-3.1876	-0.1577	4.1502	2.0518	4.8494	-0.4512	-0.1328	0.7278	0.2406	-0.0273	-0.6862	-0.9197	0.8898	0.4785	0.1807	-0.3118	-0.1618	0.4768	-0.2559	0.2593	20.6888	17.444	9.7374
3	9.155	0.8497	3.5158	10.3178	-1.5492	10.3588	-0.3626	-0.9203	1.2712	0.3165	-0.2265	-0.6324	-0.8856	0.1443	0.5891	-0.1239	-0.0453	-0.0374	-0.064	-0.145	-0.0261	7.4975	15.9212	5.1742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 69	4 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	70 - 88	70 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	89 - 119	89 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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