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- PDB-3bep: Structure of a sliding clamp on DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bep
タイトルStructure of a sliding clamp on DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(P*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DTP*DAP*DT)-3')
  • DNA polymerase III subunit beta
キーワードTRANSFERASE / TRANSCRIPTION/DNA / beta subunit / sliding clamp / E. coli polymerase III / DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / 3'-5' exonuclease activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit ...DNA Polymerase III; Chain A, domain 2 / DNA Polymerase III, subunit A, domain 2 / DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit / : / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5CY / DNA / DNA (> 10) / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Georgescu, R.E. / Kim, S.S. / Yurieva, O. / Kuriyan, J. / Kong, X.-P. / O'Donnell, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Structure of a sliding clamp on DNA
著者: Georgescu, R.E. / Kim, S.S. / Yurieva, O. / Kuriyan, J. / Kong, X.-P. / O'Donnell, M.
履歴
登録2007年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(P*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DTP*DAP*DT)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DG)-3')
A: DNA polymerase III subunit beta
B: DNA polymerase III subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0385
ポリマ－88,5674
非ポリマー4721
水10,881604
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.203, 70.080, 73.872
Angle α, β, γ (deg.)113.284, 92.073, 99.361
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DCP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DGP*DTP*DAP*DT)-3')


分子量: 2979.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA labeled at 5' end by dye CY5 (labeled as residue name 5CY). Only half of dye is visible in density
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DG)-3')


分子量: 4325.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 DNA polymerase III subunit beta / E.C.2.7.7.7


分子量: 40630.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaN / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0A988, DNA-directed DNA polymerase
#4: 化合物 ChemComp-5CY / 1-(3-hydroxypropyl)-2-{(1E,3E,5E)-5-[1-(3-hydroxypropyl)-3,3-dimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene]penta-1,3-dien-1-y l}-3,3-dimethyl-3H-indolium / N,N'-(dipropyl)-tetramethylindodicarbocyanine / 1-(3-ヒドロキシプロピル)-2-[5-[1-(3-ヒドロキシプロピル)-3,3-ジメチル-2,3-ジヒドロ-1H-(以下略)


分子量: 471.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.9
詳細: 26% PEG 400, 75mM MES (pH 5.9), 75mM CaCl2, 5% glycerol, 0.5% DMSO, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 40011
2MES11
3CaCl2,11
4glycerol11
5DMSO11
6PEG 40012
7MES12
8CaCl2,12
9glycerol12
10DMSO12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.959 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 53902 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.92→1.99 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Num. unique all: 4438 / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2POL

2pol


解像度: 1.92→36.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 69018.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 5132 10.2 %random
Rwork0.21 ---
obs-50476 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BULK SOLVENT MODEL USED / Bsol: 53.6359 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.33 Å27.07 Å2-2.83 Å2
2---2.58 Å2-2.53 Å2
3----4.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→36.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5688 487 18 604 6797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.303
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
LS精密化 シェル解像度: 1.92→2.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 730 10.4 %
Rwork0.286 6272 -
obs--76 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4un_par.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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