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- PDB-3bcq: Crystal structure of oxy-hemoglobin from Brycon cephalus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bcq
タイトルCrystal structure of oxy-hemoglobin from Brycon cephalus
要素
  • Alpha-chain hemoglobin
  • Beta-chain hemoglobin
キーワードTRANSPORT PROTEIN/OXYGEN BINDING / hemoglobin / fish / brycon cephalus / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport / TRANSPORT PROTEIN-OXYGEN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Alpha-chain hemoglobin / Beta-chain hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Brycon cephalus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Poy, C.D. / Leopoldino, A.M. / Rahal, P. / de Azevedo, W.F. / Rodriguez, G.O.B. / Murakami, M.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of oxy-hemoglobin from Brycon cephalus
著者: Poy, C.D. / Leopoldino, A.M. / Rahal, P. / de Azevedo, W.F. / Rodriguez, G.O.B. / Murakami, M.T.
履歴
登録2007年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-chain hemoglobin
B: Beta-chain hemoglobin
C: Alpha-chain hemoglobin
D: Beta-chain hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,25912
ポリマ－63,6654
非ポリマー2,5948
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12440 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area22440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.366, 54.039, 101.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Alpha-chain hemoglobin


分子量: 15854.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brycon cephalus (魚類) / 組織: blood / 参照: UniProt: A1YZP4
#2: タンパク質 Beta-chain hemoglobin


分子量: 15978.403 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Brycon cephalus (魚類) / 組織: blood / 参照: UniProt: D0VWS2*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHOR, THESE DIFFERENCES IN ALPHA CHAIN, BETWEEN THE DATABASE AND SEQRES, CAME ...ACCORDING TO THE AUTHOR, THESE DIFFERENCES IN ALPHA CHAIN, BETWEEN THE DATABASE AND SEQRES, CAME FROM SOME MISTAKES IN THE PREVIOUS DNA SEQUENCING. THE SEQUENCE PRESENTED IN THE SEQRES WAS CONFIRMED BY A NEW DNA SEQUENCING (N=3), HOWEVER THESE DATA WAS NOT REFRESHED YET. THERE IS NO UNP REFERENCE SEQUENCE DATABASE FOR BETA-CHAIN HEMOGLOBIN AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.437 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.437 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.89 Å / Num. obs: 20385

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XQ5

1xq5


解像度: 2.4→19.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 8.924 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.948 / ESU R Free: 0.356 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27944 1042 5.1 %RANDOM
Rwork0.1662 ---
obs0.17175 19316 86.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.582 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.04 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4502 0 180 90 4772
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0224821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7132.0626600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.6575578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.27224.054185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.08215785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2691518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2170.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023616
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2830.22618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3310.23268
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3480.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3550.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3780.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2981.52964
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.26424655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.68732183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3834.51934
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 79 -
Rwork0.176 1433 -
obs--88.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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