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- PDB-3bck: Crystal Structure of Staphylococcus aureus DsbA T153V -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bck
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus aureus DsbA T153V
要素Disulfide bond protein A
キーワードOXIDOREDUCTASE / thiol-disulfide oxidoreductase / redox protein / protein folding / redox active centre
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Disulfide bond protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Heras, B. / Thony-Meyer, L. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Staphylococcus aureus DsbA Does Not Have a Destabilizing Disulfide: A NEW PARADIGM FOR BACTERIAL OXIDATIVE FOLDING
著者: Heras, B. / Kurz, M. / Jarrott, R. / Shouldice, S.R. / Frei, P. / Robin, G. / Cemazar, M. / Thony-Meyer, L. / Glockshuber, R. / Martin, J.L.
履歴
登録2007年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disulfide bond protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8081
ポリマ－21,8081
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.085, 72.085, 92.575
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Disulfide bond protein A / Thiol:disulfide oxidoreductase DsbA


分子量: 21808.006 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in database 24-199 / 変異: T153V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: BB270 / 遺伝子: AAG41993 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9EYL5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18378 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 28-30% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月3日 / 詳細: Osmic Confocal Max-Flux optics
放射モノクロメーター: Osmic Confocal MaxFlux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→62.43 Å / Num. all: 19271 / Num. obs: 19271 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.06 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.07 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1817 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BCI

3bci


解像度: 1.95→62.43 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 910 -RANDOM
Rwork0.223 ---
all-19903 --
obs-19156 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.3 Å22.08 Å20 Å2
2--7.3 Å20 Å2
3----14.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→62.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 0 154 1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.035
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 141 -
Rwork0.412 --
obs-2880 91.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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