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万見
- PDB-3bbz: Structure of the nucleocapsid-binding domain from the mumps virus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bbz
タイトルStructure of the nucleocapsid-binding domain from the mumps virus phosphoprotein
要素P protein
キーワードVIRAL PROTEIN / REPLICATION / molten globule
機能・相同性P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / BROMIDE ION / FORMIC ACID / Phosphoprotein
機能・相同性情報
生物種Mumps virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kingston, R.L. / Gay, L.S. / Baase, W.S. / Matthews, B.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of the nucleocapsid-binding domain from the mumps virus polymerase; an example of protein folding induced by crystallization
著者: Kingston, R.L. / Gay, L.S. / Baase, W.S. / Matthews, B.W.
履歴
登録2007年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P protein
B: P protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,34710
ポリマ－10,9112
非ポリマー4368
水93752
1
A: P protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6735
ポリマ－5,4551
非ポリマー2184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: P protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6735
ポリマ－5,4551
非ポリマー2184
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: P protein
ヘテロ分子

B: P protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,34710
ポリマ－10,9112
非ポリマー4368
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_845-x+3,y-1/2,-z+1/21
Buried area2500 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area5750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)23.992, 55.485, 60.019
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド P protein / phosphoprotein


分子量: 5455.335 Da / 分子数: 2 / 断片: nucleocapsid-binding domain, UNP residues 343-391 / 変異: C356S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mumps virus (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn vaccine / プラスミド: pET41A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star (DE3) / 参照: UniProt: Q9J4L6
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.7
詳細: 0.2M Alanine/KOH pH 9.7, 3.6-4.6M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.110.92
シンクロトロンSSRL BL9-120.954,0.979
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2004年12月2日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年6月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double Crystal Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double Crystal Si(111)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
20.9541
30.9791
反射解像度: 2.1→41.27 Å / Num. all: 4915 / Num. obs: 4915 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 484 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→40.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 5.771 / SU ML: 0.154 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.318 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 238 4.9 %RANDOM
Rwork0.18994 ---
all0.19254 4915 --
obs0.19254 4677 97.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.779 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数751 0 2 70 823
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6061.9781013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.487596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.55925.62532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.51515165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.897156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.2516
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.20.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3621.5522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9542778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9663279
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3944.5234
LS精密化 シェル最高解像度: 2.1 Å / Num. reflection Rwork: 345 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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