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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bbz | ||||||
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タイトル | Structure of the nucleocapsid-binding domain from the mumps virus phosphoprotein | ||||||
![]() | P protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / REPLICATION / molten globule | ||||||
機能・相同性 | P/V phosphoprotein, paramyxoviral / Paramyxovirus P/V phosphoprotein C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / BROMIDE ION / FORMIC ACID / Phosphoprotein![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kingston, R.L. / Gay, L.S. / Baase, W.S. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the nucleocapsid-binding domain from the mumps virus polymerase; an example of protein folding induced by crystallization 著者: Kingston, R.L. / Gay, L.S. / Baase, W.S. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 31 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5455.335 Da / 分子数: 2 / 断片: nucleocapsid-binding domain, UNP residues 343-391 / 変異: C356S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FMT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.81 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.7 詳細: 0.2M Alanine/KOH pH 9.7, 3.6-4.6M Ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→41.27 Å / Num. all: 4915 / Num. obs: 4915 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.4 % / Biso Wilson estimate: 13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 5.8 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 484 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.779 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.1 Å / Num. reflection Rwork: 345 / Total num. of bins used: 20 |