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万見
- PDB-3bbp: Rab6-GTP:GCC185 Rab binding domain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bbp
タイトルRab6-GTP:GCC185 Rab binding domain complex
要素
  • GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
  • Ras-related protein Rab-6A
キーワードProtein Transport/Splicing / Golgi complex / GRIP domain / Rab GTPase / Arl GTPase / Golgin / Rab effector / CLASP protein / Acetylation / Alternative splicing / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Prenylation / Protein transport / Transport / Coiled coil / Cytoplasm / Polymorphism / Protein Transport-Splicing COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / recycling endosome to Golgi transport / peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / late endosome to Golgi transport / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / microtubule anchoring / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network ...regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / recycling endosome to Golgi transport / peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / late endosome to Golgi transport / endosome to plasma membrane transport vesicle / protein localization to Golgi membrane / microtubule anchoring / early endosome to Golgi transport / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / acrosomal membrane / microtubule organizing center organization / Golgi ribbon formation / protein localization to Golgi apparatus / Pre-NOTCH Processing in Golgi / intra-Golgi vesicle-mediated transport / myosin V binding / RAB geranylgeranylation / protein targeting to lysosome / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / retrograde transport, endosome to Golgi / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / TBC/RABGAPs / antigen processing and presentation / endomembrane system / secretory granule membrane / small monomeric GTPase / trans-Golgi network membrane / intracellular protein transport / trans-Golgi network / small GTPase binding / neuron projection development / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cytoplasmic vesicle / ciliary basal body / protein domain specific binding / Golgi membrane / GTPase activity / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / Golgi apparatus / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GCC2, Rab binding domain / Rab binding domain / GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain profile. / golgin-97, RanBP2alpha,Imh1p and p230/golgin-245 / : / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases ...GCC2, Rab binding domain / Rab binding domain / GRIP domain / GRIP domain / GRIP domain profile. / golgin-97, RanBP2alpha,Imh1p and p230/golgin-245 / : / : / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ras-related protein Rab-6A / GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schweizer Burguete, A. / Fenn, T.D. / Brunger, A.T. / Pfeffer, S.R.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Rab and Arl GTPase family members cooperate in the localization of the golgin GCC185.
著者: Burguete, A.S. / Fenn, T.D. / Brunger, A.T. / Pfeffer, S.R.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ras-related protein Rab-6A
B: Ras-related protein Rab-6A
C: Ras-related protein Rab-6A
D: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
E: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
F: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,66212
ポリマ－96,0196
非ポリマー1,6426
水00
1
A: Ras-related protein Rab-6A
B: Ras-related protein Rab-6A
D: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
E: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1088
ポリマ－64,0134
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ras-related protein Rab-6A
F: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
ヘテロ分子

C: Ras-related protein Rab-6A
F: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1088
ポリマ－64,0134
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
3
D: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2
E: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3072
ポリマ－16,3072
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
手法PISA
4
A: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4013
ポリマ－23,8531
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4013
ポリマ－23,8531
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
C: Ras-related protein Rab-6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4013
ポリマ－23,8531
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
F: GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1531
ポリマ－8,1531
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.599, 168.599, 168.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

-
要素

#1: タンパク質 Ras-related protein Rab-6A / Rab-6


分子量: 23853.113 Da / 分子数: 3 / 変異: Q72L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAB6A, RAB6 / プラスミド: pET47b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P20340
#2: タンパク質 GRIP and coiled-coil domain-containing protein 2 / Golgi coiled-coil protein GCC185 / Ran-binding protein 2-like 4 / RanBP2L4 / CTCL tumor antigen se1- ...Golgi coiled-coil protein GCC185 / Ran-binding protein 2-like 4 / RanBP2L4 / CTCL tumor antigen se1-1 / CLL-associated antigen KW-11 / Renal carcinoma antigen NY-REN-53


分子量: 8153.262 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 1446-1511 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCC2, KIAA0336, RANBP2L4 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8IWJ2
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 200mM CNNaS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL7-110.9785
シンクロトロンSSRL BL11-120.9791
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年5月4日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年5月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.97911
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 28379 / Num. obs: 28379 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.25 / Rsym value: 0.183 / Net I/σ(I): 10.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GIL

2gil


解像度: 3→50 Å / 交差検証法: random / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 1271 -
Rwork0.228 --
obs0.228 25240 88.4 %
all-25240 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4757 0 99 0 4856

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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