PDB-3bb9: Crystal structure of a putative ketosteroid isomerase (sfri_1973)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bb9

タイトル

Crystal structure of a putative ketosteroid isomerase (sfri_1973) from shewanella frigidimarina ncimb 400 at 1.80 A resolution

要素

Putative orphan protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / Putative orphan protein

機能・相同性情報

生物種

Shewanella frigidimarina (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative ketosteroid isomerase (YP_750657.1) from Shewanella frigidimarina NCIMB 400 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年11月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月20日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bb9.cif.gz	173.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bb9.ent.gz	138.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bb9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bb9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bb9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ni4-d 2cl2-d 7lb9-d 3dct-d 1vp5-1 2gu5-2 2p76-5 4nii-d 7ldi-d 2gg2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 378123

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative orphan protein

B: Putative orphan protein

C: Putative orphan protein

D: Putative orphan protein

E: Putative orphan protein

F: Putative orphan protein

ヘテロ分子

99 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative orphan protein

B: Putative orphan protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative orphan protein

D: Putative orphan protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Putative orphan protein

F: Putative orphan protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
32.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.558, 113.820, 137.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 28 - 147 / Label seq-ID: 29 - 148

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	Putative orphan protein 分子量: 16391.559 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella frigidimarina (バクテリア) 株: NCIMB 400 / 遺伝子: YP_750657.1, Sfri_1973 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q082J6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG ...REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE REMARK 999 LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. REMARK 999

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.689 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.155 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: NANODROP, 0.2M K/Na Tartrate, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537, 0.9797

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月4日

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9537	1
2	0.9797	1

反射

解像度: 1.8→29.361 Å / Num. obs: 61505 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.85	3.1	0.833	0.9	13221	4217	0.833	92.3
1.85-1.9	3.2	0.669	1.1	13842	4310	0.669	97.3
1.9-1.95	3.4	0.508	1.1	14044	4169	0.508	96.3
1.95-2.01	3.4	0.383	2	14100	4144	0.383	98.1
2.01-2.08	3.5	0.32	2.4	13920	4007	0.32	98.7
2.08-2.15	3.5	0.27	2.8	13757	3899	0.27	97.8
2.15-2.23	3.5	0.226	3.3	13350	3769	0.226	98.6
2.23-2.32	3.5	0.191	3.7	12948	3656	0.191	99.4
2.32-2.43	3.5	0.172	4.4	12370	3498	0.172	98.8
2.43-2.55	3.5	0.135	5.5	11973	3380	0.135	99
2.55-2.68	3.5	0.115	6.4	11325	3211	0.115	99.3
2.68-2.85	3.5	0.095	7.7	10735	3065	0.095	99.4
2.85-3.04	3.5	0.082	8.6	10093	2886	0.082	99.5
3.04-3.29	3.5	0.066	10.6	9411	2689	0.066	99.4
3.29-3.6	3.5	0.052	12.7	8531	2468	0.052	99.5
3.6-4.02	3.3	0.048	13.4	7429	2235	0.048	98.9
4.02-4.65	3.1	0.045	14	6169	1997	0.045	98.1
4.65-5.69	3.5	0.049	12.4	6002	1735	0.049	99.9
5.69-8.05	3.5	0.049	13.5	4736	1370	0.049	99.8
8.05-29.361	3.2	0.038	15.9	2550	800	0.038	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→29.361 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.693 / SU ML: 0.102 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.14
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	3117	5.1 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.178	61450	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.971 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.68 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.361 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5635	0	40	611	6286

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	5926
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3787
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.55	1.925	8033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.896	3	9324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.925	5	772
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	46.523	24.748	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.961	15	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.96	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.3	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.3	3901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.5	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.5	3186
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.5	781
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.146	0.5	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.3	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.3	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.201	0.5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.123	3	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.925	3	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.963	5	6065
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.269	8	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.915	11	1968

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	615	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
2	B	615	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
3	C	615	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
4	D	615	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
5	E	615	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
6	F	615	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
1	A	630	LOOSE POSITIONAL	0.41	5
2	B	630	LOOSE POSITIONAL	0.73	5
3	C	630	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
4	D	630	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
5	E	630	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
6	F	630	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
1	A	615	MEDIUM THERMAL	1.6	2
2	B	615	MEDIUM THERMAL	1.47	2
3	C	615	MEDIUM THERMAL	1.55	2
4	D	615	MEDIUM THERMAL	1.47	2
5	E	615	MEDIUM THERMAL	1.31	2
6	F	615	MEDIUM THERMAL	1.48	2
1	A	630	LOOSE THERMAL	3.27	10
2	B	630	LOOSE THERMAL	3.16	10
3	C	630	LOOSE THERMAL	3.06	10
4	D	630	LOOSE THERMAL	2.95	10
5	E	630	LOOSE THERMAL	2.74	10
6	F	630	LOOSE THERMAL	3.33	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	239	-
R_work	0.274	3977	-
all	-	4216	-
obs	-	-	91.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5413	0.2113	-0.6213	2.4407	-1.2456	0.9339	-0.0793	0.0126	-0.1371	-0.0217	0.232	0.1213	0.0107	-0.2586	-0.1527	-0.0497	0.0041	-0.0029	0.0063	0.0252	-0.0255	4.2751	88.6539	17.8935
2	0.1865	-0.0298	0.0313	0.8677	0.1623	0.3608	-0.0112	-0.0216	-0.0066	0.0515	0.026	-0.0675	-0.0178	0.0024	-0.0148	-0.004	0.0177	0.0055	-0.0431	0.0081	-0.0295	20.7344	103.1763	20.0082
3	1.7508	0.1308	-1.1382	1.0148	0.2225	0.9886	-0.0449	0.2244	-0.0821	-0.0513	-0.0592	-0.0286	0.0027	-0.0917	0.1042	-0.0631	-0.0034	0.0011	-0.0049	-0.0042	-0.0452	4.1201	72.9967	44.825
4	0.8123	-0.2592	0.1972	2.0205	-0.2718	0.7471	0.0157	0.03	0.0122	0.1952	-0.0382	0.1915	-0.0784	0.0077	0.0225	-0.0415	-0.0147	0.0303	-0.0582	-0.0203	-0.0202	-13.2051	78.919	57.6223
5	0.3419	-0.2891	-0.1749	0.972	0.1249	0.8094	0.0092	-0.0584	0.0976	0.0069	0.0007	-0.0319	0.0103	0.1736	-0.0098	-0.0411	-0.0016	0.0034	-0.0013	-0.0018	-0.0314	25.3914	62.7259	21.8049
6	0.6624	0.3476	-0.1817	1.3067	-0.6375	1.5897	-0.0389	-0.0104	-0.0265	-0.0607	-0.0464	0.06	0.0607	0.0289	0.0853	-0.0429	0.025	0.0031	-0.0617	-0.0079	-0.0189	9.8545	52.5213	9.6547

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	23 - 147	24 - 148
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	23 - 147	24 - 148
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	23 - 147	24 - 148
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	23 - 147	24 - 148
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	23 - 147	24 - 148
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	28 - 147	29 - 148

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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+
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