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- PDB-3bb1: Crystal structure of Toc34 from Pisum sativum in complex with Mg2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bb1
タイトルCrystal structure of Toc34 from Pisum sativum in complex with Mg2+ and GMPPNP
要素Translocase of chloroplast 34
キーワードHYDROLASE / Rossmann fold / GTPase domain / chloroplast import / GTP-binding / Membrane / Nucleotide-binding / Outer membrane / Protein transport / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast outer membrane / protein-transporting ATPase activity / intracellular protein transport / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / hydrolase activity / GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Chloroplast protein import component Toc34 / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / TRIETHYLENE GLYCOL / Translocase of chloroplast 34
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Koenig, P. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: The GTPase cycle of the chloroplast import receptors Toc33/Toc34: implications from monomeric and dimeric structures.
著者: Koenig, P. / Oreb, M. / Hofle, A. / Kaltofen, S. / Rippe, K. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translocase of chloroplast 34
B: Translocase of chloroplast 34
C: Translocase of chloroplast 34
D: Translocase of chloroplast 34
E: Translocase of chloroplast 34
F: Translocase of chloroplast 34
G: Translocase of chloroplast 34
H: Translocase of chloroplast 34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,28232
ポリマ－240,0578
非ポリマー5,22524
水5,891327
1
A: Translocase of chloroplast 34
B: Translocase of chloroplast 34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3508
ポリマ－60,0142
非ポリマー1,3356
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Translocase of chloroplast 34
D: Translocase of chloroplast 34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1997
ポリマ－60,0142
非ポリマー1,1855
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Translocase of chloroplast 34
F: Translocase of chloroplast 34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4429
ポリマ－60,0142
非ポリマー1,4277
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Translocase of chloroplast 34
H: Translocase of chloroplast 34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2918
ポリマ－60,0142
非ポリマー1,2776
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.776, 180.061, 90.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Translocase of chloroplast 34 / psToc34 / 34 kDa chloroplast outer envelope protein / GTP-binding protein OEP34 / GTP-binding protein IAP34


分子量: 30007.146 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-266 / 変異: E10G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: TOC34 / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q41009, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

-
非ポリマー , 5種, 351分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.66 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M di-potassiumphosphate 20% PEG3350, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 73060 / Num. obs: 72688 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 65.4 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3462 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0008精密化
DNAデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1H65

1h65


解像度: 2.8→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 29.167 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.066 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28231 3668 5 %RANDOM
Rwork0.2242 ---
obs0.22714 69019 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.756 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.83 Å20 Å20 Å2
2--2.75 Å20 Å2
3----5.58 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15155 0 320 327 15802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02215752
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0210486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0552.00421442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.457325808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.52451961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.42825.065616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.443152733
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8871580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2720.22526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.24309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.211687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1960.27755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.28620
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0140.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1230.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3350.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8521.510631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1121.54017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.308215916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76136552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.774.55510
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 274 -
Rwork0.282 4881 -
obs--97.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6696-0.9184-0.40241.00050.22921.2894-0.02580.10650.09210.0174-0.0425-0.0219-0.06740.22010.0683-0.1993-0.06530.0036-0.02680.0369-0.04231.353259.290152.9363
22.7432-0.5218-0.70421.5353-0.10752.09270.11360.3611-0.0502-0.1327-0.0791-0.00080.0503-0.076-0.0345-0.17820.0520.01370.06290.0016-0.154720.350539.516629.6199
31.4125-0.4024-0.47130.87540.35122.0624-0.0936-0.0802-0.110.06-0.0065-0.01270.1286-0.05710.1001-0.1855-0.00790.0144-0.0929-0.0334-0.049555.851321.094946.8681
42.4652-0.9980.33682.0245-0.12732.0054-0.084-0.226-0.22860.12860.20340.1385-0.0135-0.2628-0.1195-0.20960.03830.04250.01790.0139-0.140729.214928.557768.3028
50.8942-0.36110.25291.4755-0.54822.1227-0.03690.0605-0.0002-0.0319-0.1056-0.0676-0.03150.1490.1425-0.1227-0.0111-0.0216-0.16240.0105-0.047567.847833.881390.0315
61.5782-0.6357-0.02991.92940.11271.84820.21720.13010.1366-0.1783-0.1389-0.2729-0.2255-0.0449-0.0783-0.01430.05160.0192-0.17940.0341-0.101960.351160.411568.7375
70.8392-0.65210.20481.9822-0.11560.9337-0.04130.03350.01090.2192-0.05410.10440.2384-0.05040.0954-0.0255-0.04210.0626-0.18870.0079-0.052129.779988.890683.0392
81.5258-0.88960.1812.9056-0.46391.5033-0.1635-0.1820.09720.50220.2589-0.1613-0.0822-0.0864-0.09540.17530.1296-0.0188-0.1855-0.0218-0.227748.391669.7268106.7256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5E8 - 258
6X-RAY DIFFRACTION6F8 - 257
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 258
8X-RAY DIFFRACTION8H8 - 258

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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