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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bb1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Toc34 from Pisum sativum in complex with Mg2+ and GMPPNP | ||||||
要素 | Translocase of chloroplast 34 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Rossmann fold / GTPase domain / chloroplast import / GTP-binding / Membrane / Nucleotide-binding / Outer membrane / Protein transport / Transmembrane / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast outer membrane / protein-transporting ATPase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / intracellular protein transport / hydrolase activity / GTP binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Koenig, P. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: The GTPase cycle of the chloroplast import receptors Toc33/Toc34: implications from monomeric and dimeric structures. 著者: Koenig, P. / Oreb, M. / Hofle, A. / Kaltofen, S. / Rippe, K. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bb1.cif.gz | 395.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bb1.ent.gz | 322.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bb1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bb1_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bb1_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3bb1_validation.xml.gz | 87.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bb1_validation.cif.gz | 115.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bb1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 30007.146 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-266 / 変異: E10G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: TOC34 / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q41009, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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-非ポリマー , 5種, 351分子
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GNP / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.66 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.2M di-potassiumphosphate 20% PEG3350, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 73060 / Num. obs: 72688 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 65.4 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3462 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1H65 解像度: 2.8→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 29.167 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.066 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.756 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.371 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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