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Yorodumi- PDB-3bb1: Crystal structure of Toc34 from Pisum sativum in complex with Mg2... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bb1 | ||||||
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Title | Crystal structure of Toc34 from Pisum sativum in complex with Mg2+ and GMPPNP | ||||||
Components | Translocase of chloroplast 34 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Rossmann fold / GTPase domain / chloroplast import / GTP-binding / Membrane / Nucleotide-binding / Outer membrane / Protein transport / Transmembrane / Transport | ||||||
Function / homology | Function and homology information chloroplast outer membrane / protein-transporting ATPase activity / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / intracellular protein transport / hydrolase activity / GTP binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pisum sativum (garden pea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Koenig, P. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2008 Title: The GTPase cycle of the chloroplast import receptors Toc33/Toc34: implications from monomeric and dimeric structures. Authors: Koenig, P. / Oreb, M. / Hofle, A. / Kaltofen, S. / Rippe, K. / Sinning, I. / Schleiff, E. / Tews, I. | ||||||
History |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bb1.cif.gz | 395.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bb1.ent.gz | 322.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bb1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3bb1_validation.pdf.gz | 2.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3bb1_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | 3bb1_validation.xml.gz | 87.6 KB | Display | |
Data in CIF | 3bb1_validation.cif.gz | 115.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/3bb1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3bb3C 3bb4C 1h65S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
#1: Protein | Mass: 30007.146 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP residues 1-266 / Mutation: E10G Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pisum sativum (garden pea) / Gene: TOC34 / Plasmid: pET21d / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q41009, Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement |
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-Non-polymers , 5 types, 351 molecules
#2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-GNP / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 0.2M di-potassiumphosphate 20% PEG3350, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.0723 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2006 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0723 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→50 Å / Num. all: 73060 / Num. obs: 72688 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 65.4 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 15.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.85 Å / Redundancy: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 3462 / Rsym value: 0.471 / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1H65 Resolution: 2.8→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 29.167 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.066 / ESU R Free: 0.386 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.756 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.371 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→49.88 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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