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- PDB-3bb0: Crystal Structure of a Trapped Phosphate-Intermediate in Vanadium... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bb0
タイトルCrystal Structure of a Trapped Phosphate-Intermediate in Vanadium Apochloroperoxidase Catalyzing a Dephosphorylation Reaction
要素Vanadium chloroperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Protein phosphate-intermediate complex / phospatase activity / Chloride / Metal-binding / Peroxidase / Secreted / Vanadium
機能・相同性
機能・相同性情報


chloride peroxidase / chloride peroxidase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Vanadium chloroperoxidase, N-terminal / Vanadium chloroperoxidase N-terminal domain / Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle ...Vanadium chloroperoxidase, N-terminal / Vanadium chloroperoxidase N-terminal domain / Vanadium-containing Chloroperoxidase, domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 2 / Vanadium-containing Chloroperoxidase; domain 1 / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase / Bromoperoxidase/chloroperoxidase C-terminal / PAP2 superfamily / Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHITE ION / Vanadium chloroperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Curvularia inaequalis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Messerschmidt, A. / Macedo-Ribeiro, S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a trapped phosphate intermediate in vanadium apochloroperoxidase catalyzing a dephosphorylation reaction
著者: Macedo-Ribeiro, S. / Renirie, R. / Wever, R. / Messerschmidt, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1996
タイトル: X-ray structure of a vanadium-containing enzyme: chloroperoxidase from the fungus Curvularia inaequalis
著者: Messerschmidt, A. / Wever, R.
#2: ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 1999
タイトル: X-ray crystal structures of active site mutants of the vanadium-containing chloroperoxidase from the fungus Curvularia inaequalis
著者: Macedo-Ribeiro, S. / Hemrika, W. / Renirie, R. / Wever, R. / Messerschmidt, A.
履歴
登録2007年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vanadium chloroperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9434
ポリマ－67,6721
非ポリマー2713
水14,322795
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.060, 128.060, 103.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1003-

HOH

21A-1029-

HOH

31A-1656-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Vanadium chloroperoxidase / VCPO / Vanadium chloride peroxidase


分子量: 67671.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Curvularia inaequalis (菌類) / 遺伝子: CPO / プラスミド: pTNT14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ1991 / 参照: UniProt: P49053, chloride peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-PO3 / PHOSPHITE ION / ホスファイト


分子量: 78.972 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONFLICT MAY BE A SEQUENCING ERROR (THE CODON FOR ARG VARIES BY ONE NUCLEOTIDE CHANGE WITH PRO ...THIS CONFLICT MAY BE A SEQUENCING ERROR (THE CODON FOR ARG VARIES BY ONE NUCLEOTIDE CHANGE WITH PRO ONLY) OR AN INCORRECT READING OF THE RNA-POLYMERASE. IN PDB ENTRIES 1VNC AND 1VNS THE RESIDUE WAS DETERMINED AS GLUTAMATE FROM THE X-RAY STRUCTURES BUT THE RESOLUTION OF THIS STRUCTURE DETERMINATION IS BETTER AND IDENTIFIES THE RESIDUE UNAMBIGUOUSLY AS ARGININE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3 micro-l of protein solution (5mg/ml in 5mM MOPS, pH 7.5), 3 micro-l precipitating buffer (1.7M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 0.3 micro-l 10mM cysteine-HCl) , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 3 micro-l of protein solution (5mg/ml in 5mM MOPS, pH 7.5), 3 micro-l precipitating buffer (1.7M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 0.3 micro-l 10mM cysteine-HCl) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 101188 / Num. obs: 100278 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 5046 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345Imageplate softwareデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VNS

1vns


解像度: 1.5→14.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.066 / SU ML: 0.041 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19391 5076 5.1 %RANDOM
Rwork0.17283 ---
obs0.17391 95202 100 %-
all-96066 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.863 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å2-0.08 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.23 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.08 Å0.071 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.085 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→14.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4498 0 14 796 5308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224643
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9516346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2355.035577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.55823.656227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.8115669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1281535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023712
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.23221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7151.52947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.14224662
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64331925
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4294.51684
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 363 -
Rwork0.197 6883 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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