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万見
- PDB-3b8z: High Resolution Crystal Structure of the Catalytic Domain of ADAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b8z
タイトルHigh Resolution Crystal Structure of the Catalytic Domain of ADAMTS-5 (Aggrecanase-2)
要素protein ADAMTS-5
キーワードHYDROLASE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / pulmonary valve morphogenesis / myoblast fusion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / extracellular matrix binding / aortic valve morphogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / endocardial cushion morphogenesis / extracellular matrix disassembly ...Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / pulmonary valve morphogenesis / myoblast fusion / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / extracellular matrix binding / aortic valve morphogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / endocardial cushion morphogenesis / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / integrin binding / peptidase activity / heparin binding / : / endopeptidase activity / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum lumen / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M12B, ADAM-TS5 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain ...Peptidase M12B, ADAM-TS5 / Thrombospondin type 1 domain / ADAMTS/ADAMTS-like, Spacer 1 / ADAMTS/ADAMTS-like / ADAMTS, cysteine-rich domain 2 / ADAMTS/ADAMTS-like, cysteine-rich domain 3 / : / ADAM-TS Spacer 1 / ADAMTS cysteine-rich domain 2 / ADAMTS cysteine-rich domain / ADAM, cysteine-rich domain / ADAM Cysteine-Rich Domain / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-294 / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Shieh, H.-S. / Williams, J.M. / Mathis, K.J. / Tortorella, M.D. / Tomasselli, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: High resolution crystal structure of the catalytic domain of ADAMTS-5 (aggrecanase-2).
著者: Shieh, H.S. / Mathis, K.J. / Williams, J.M. / Hills, R.L. / Wiese, J.F. / Benson, T.E. / Kiefer, J.R. / Marino, M.H. / Carroll, J.N. / Leone, J.W. / Malfait, A.M. / Arner, E.C. / Tortorella, M.D. / Tomasselli, A.
履歴
登録2007年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein ADAMTS-5
B: protein ADAMTS-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,33012
ポリマ－48,0682
非ポリマー1,26210
水9,296516
1
A: protein ADAMTS-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6656
ポリマ－24,0341
非ポリマー6315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: protein ADAMTS-5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6656
ポリマ－24,0341
非ポリマー6315
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.057, 44.487, 76.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 protein ADAMTS-5 / E.C.3.4.24.- / A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5 / ADAM-TS 5 / ADAM-TS5 / ...A disintegrin and metalloproteinase with thrombospondin motifs 5 / ADAM-TS 5 / ADAM-TS5 / Aggrecanase-2 / ADMP-2 / ADAM-TS 11


分子量: 24034.135 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 変異: L282K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAMTS5, ADAMTS11, ADMP2 / プラスミド: pPHA79257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MON208(W3110,rpoH358,lacIQ,ompT::Kan)
参照: UniProt: Q9UNA0, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-294 / N-hydroxy-4-({4-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]phenyl}sulfonyl)tetrahydro-2H-pyran-4-carboxamide


分子量: 445.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18F3NO6S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 516 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, ammonium acetate, pH 8.5, vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 67485 / Num. obs: 67485 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.453.30.4162260.66988.9
1.45-1.513.50.29565740.70894.5
1.51-1.583.50.22366510.74494.7
1.58-1.663.50.17566870.78795.2
1.66-1.763.60.1366420.84195.3
1.76-1.93.60.09367890.92696.7
1.9-2.093.60.06768561.13397.6
2.09-2.393.70.0569731.23398.3
2.39-3.023.70.04169811.31899
3.02-303.60.0371061.46498.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→26.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.159 / SU ML: 0.047 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 3395 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
all0.187 67485 --
obs0.187 67471 95.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.132 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å20.16 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→26.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 68 516 3920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0213468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2571.9624708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2675432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25124.026154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67915580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4021520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022640
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.21689
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2378
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0770.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7791.52187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37323434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88931398
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0054.51274
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 219 -
Rwork0.281 4243 -
all-4462 -
obs--85.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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