PDB-3b8o: Structure of WzzE- Bacterial Polysaccharide Co-polymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b8o

タイトル

Structure of WzzE- Bacterial Polysaccharide Co-polymerase

要素

Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / WZZ / WzzE / Bacterial Polysaccharide Co-polymerase / Inner membrane / Lipopolysaccharide biosynthesis / Membrane / Transmembrane / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobacterial common antigen biosynthetic process / protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Tocilj, A. / Matte, A. / Cygler, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Bacterial polysaccharide co-polymerases share a common framework for control of polymer length
著者: Tocilj, A. / Munger, C. / Proteau, A. / Morona, R. / Purins, L. / Ajamian, E. / Wagner, J. / Papadopoulos, M. / Van Den Bosch, L. / Rubinstein, J.L. / Fethiere, J. / Matte, A. / Cygler, M.

履歴

登録	2007年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年4月18日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b8o.cif.gz	367.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b8o.ent.gz	301.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b8o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b8mC 3b8nC 3b8pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wl1-3 4wl1-2 4wl1-1 4wl1-4 6a7h-d 6a8j-d 7l6o-d 21111 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

B: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

C: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

D: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

E: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

F: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

G: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

H: Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE

247 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.438, 108.299, 122.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.150, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A
1	2	C
2	2	A
1	3	D
2	3	A
1	4	E
2	4	A
1	5	F
2	5	A
1	6	G
2	6	A
1	7	H
2	7	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 55 - 319 / Label seq-ID: 1 - 265

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	B	B
2	1	A	A
1	2	C	C
2	2	A	A
1	3	D	D
2	3	A	A
1	4	E	E
2	4	A	A
1	5	F	F
2	5	A	A
1	6	G	G
2	6	A	A
1	7	H	H
2	7	A	A

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7

#1: タンパク質	Lipopolysaccharide biosynthesis protein wzzE 分子量: 30913.971 Da / 分子数: 8 / 断片: Periplasmic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: wzzE, wzz / プラスミド: pGEX-4T1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AG01
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.36 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: PEG 3350, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 298K, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 117899 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.297 / % possible all: 78.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	2.39	39.41	96920	3205
ANO_1	0.759	0	2.39	39.41	94689	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	10.34-39.41	0	1200	165
ISO_1	7.44-10.34	0	2149	179
ISO_1	6.11-7.44	0	2752	173
ISO_1	5.31-6.11	0	3280	178
ISO_1	4.76-5.31	0	3711	173
ISO_1	4.35-4.76	0	4107	178
ISO_1	4.03-4.35	0	4469	175
ISO_1	3.77-4.03	0	4849	177
ISO_1	3.56-3.77	0	5044	171
ISO_1	3.37-3.56	0	5417	171
ISO_1	3.22-3.37	0	5686	180
ISO_1	3.08-3.22	0	5972	173
ISO_1	2.96-3.08	0	6219	179
ISO_1	2.86-2.96	0	6469	173
ISO_1	2.76-2.86	0	6655	177
ISO_1	2.67-2.76	0	6812	174
ISO_1	2.59-2.67	0	6708	138
ISO_1	2.52-2.59	0	5890	115
ISO_1	2.45-2.52	0	5180	87
ISO_1	2.39-2.45	0	4351	69
ANO_1	10.34-39.41	0.349	1187	0
ANO_1	7.44-10.34	0.33	2143	0
ANO_1	6.11-7.44	0.345	2746	0
ANO_1	5.31-6.11	0.374	3280	0
ANO_1	4.76-5.31	0.423	3706	0
ANO_1	4.35-4.76	0.46	4105	0
ANO_1	4.03-4.35	0.521	4468	0
ANO_1	3.77-4.03	0.582	4846	0
ANO_1	3.56-3.77	0.682	5026	0
ANO_1	3.37-3.56	0.683	5414	0
ANO_1	3.22-3.37	0.732	5680	0
ANO_1	3.08-3.22	0.781	5958	0
ANO_1	2.96-3.08	0.824	6197	0
ANO_1	2.86-2.96	0.861	6421	0
ANO_1	2.76-2.86	0.894	6558	0
ANO_1	2.67-2.76	0.919	6652	0
ANO_1	2.59-2.67	0.944	6384	0
ANO_1	2.52-2.59	0.958	5432	0
ANO_1	2.45-2.52	0.964	4646	0
ANO_1	2.39-2.45	0.971	3840	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	36.551	97.063	71.671	SE	28.37	0.13
2	70.245	91.35	50.169	SE	27.57	0.12
3	90.996	112.026	50.033	SE	30.19	0.13
4	31.326	117.172	69.83	SE	44.61	0.13
5	61.653	130.764	114.64	SE	58.43	0.15
6	72.891	106.037	72.225	SE	27.27	0.12
7	99.392	96.693	28.414	SE	51.38	0.12
8	45.202	130.544	84.813	SE	51.13	0.12
9	93.423	132.041	70.052	SE	45.16	0.11
10	77.212	143.015	114.705	SE	58.8	0.13
11	78.112	85.851	70.087	SE	44	0.14
12	65.268	112.136	69.433	SE	31.03	0.1
13	70.974	135.057	96.646	SE	50.46	0.12
14	49.851	121.073	91.064	SE	49.48	0.12
15	102.622	132.899	73.133	SE	29.07	0.11
16	32.685	143.213	116.158	SE	55.67	0.12
17	51.347	129.353	96.578	SE	48.63	0.11
18	65.822	125.482	49.441	SE	30.16	0.1
19	85.276	119.899	48.087	SE	38.24	0.1
20	7.974	126.866	124.733	SE	62.01	0.14
21	-3.511	136.447	148.293	SE	45.78	0.1
22	79.49	149.447	116.065	SE	77.41	0.14
23	41.943	133.72	114.49	SE	51.41	0.12
24	107.743	97.998	22.953	SE	56.06	0.12
25	74.873	124.775	46.329	SE	26.97	0.09
26	28.315	159.201	96.77	SE	48.36	0.12
27	23.579	114.499	124.843	SE	56.17	0.14
28	77.528	95.169	73.648	SE	26.24	0.09
29	-8.405	126.857	154.576	SE	53.47	0.12
30	44.153	91.105	69.411	SE	33.26	0.09
31	27.643	136.722	90.43	SE	71.52	0.13
32	25.839	108.002	123.641	SE	59.92	0.11
33	32.101	107.864	73.291	SE	37.63	0.1
34	-25.952	120.456	148.897	SE	58.26	0.13
35	29.425	149.141	114.664	SE	65.64	0.14
36	13.901	123.63	123.296	SE	61.78	0.1
37	17.347	122.434	142.888	SE	51.38	0.1
38	-28.301	112.828	154.6	SE	29.02	0.07
39	-11.611	123.713	124.93	SE	63.78	0.12
40	-20.87	114.25	123.479	SE	59.56	0.11
41	25.348	144.503	84.764	SE	18.21	0.06
42	-2.116	128.109	142.821	SE	45.6	0.1
43	-24.138	108.281	124.85	SE	59.79	0.12
44	19.745	160.563	91.446	SE	54.59	0.1
45	67.523	133.869	116.133	SE	47.2	0.09
46	75.782	83.576	48.407	SE	21.44	0.07
47	48.302	131.602	116.011	SE	66.71	0.11
48	108.874	91.711	34.661	SE	64.26	0.1
49	73.501	128.258	91.041	SE	28.48	0.07
50	19.974	129.05	148.689	SE	78.22	0.11
51	-5.205	125.922	123.469	SE	78.9	0.11
52	109.454	121.783	85.793	SE	100.99	0.08
53	-27.647	139.11	141.162	SE	115.65	0.13
54	29.119	165.807	84.993	SE	60.85	0.09
55	21.589	100.917	85.722	SE	68.94	0.08
56	92.111	126.22	98.519	SE	106.17	0.1
57	81.577	135.721	33.802	SE	74	0.07
58	88.1	102.276	85.725	SE	107.5	0.11
59	66.245	126.37	84.872	SE	39.45	0.05
60	26.187	118.205	98.341	SE	105.02	0.12
61	79.246	106.833	98.226	SE	113.95	0.11
62	-18.978	117.22	143.669	SE	138.38	0.11
63	113.985	130.909	98.141	SE	93.11	0.1
64	30.533	96.311	98.379	SE	113.55	0.12
65	34.59	140.156	95.77	SE	109.35	0.1
66	86.327	126.42	21.49	SE	140.4	0.13
67	12.732	131.269	154.511	SE	34.54	0.06
68	65.891	22.024	85.602	SE	58.06	0.06
69	38.152	18.863	34.128	SE	56.53	0.04
70	64.221	22.436	21.466	SE	58.43	0.06
71	33.947	33.61	92.981	SE	54.76	0.03
72	9.558	11.24	96.635	SE	60.63	0.1

Phasing dm

FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.61 / 反射: 83750 / Reflection acentric: 80833 / Reflection centric: 2917

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.4-29.924	0.93	0.94	0.83	3680	3341	339
4.6-7.4	0.89	0.89	0.72	11283	10712	571
3.7-4.6	0.88	0.89	0.75	14097	13578	519
3.3-3.7	0.83	0.83	0.71	14252	13806	446
2.8-3.3	0.62	0.62	0.45	25242	24550	692
2.6-2.8	0.4	0.41	0.24	15196	14846	350

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→47.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 15.903 / SU ML: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26562	5290	5 %	RANDOM
R_work	0.22333	-	-	-
obs	0.22546	101074	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.193 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14376	0	0	395	14771

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	14640
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.365	1.942	19800
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.735	5	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.631	24.216	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.111	15	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.462	15	144
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	2128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	6843
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.295	0.2	10046
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	547
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.264	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.849	3	9098
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.765	6	14184
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.93	4	6379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.459	8	5616
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / 数: 1797 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	medium positional	0.39	0.5
2	C	medium positional	0.27	0.5
3	D	medium positional	0.32	0.5
4	E	medium positional	0.25	0.5
5	F	medium positional	0.39	0.5
6	G	medium positional	0.27	0.5
7	H	medium positional	0.36	0.5
1	B	medium thermal	0.85	2
2	C	medium thermal	0.7	2
3	D	medium thermal	0.76	2
4	E	medium thermal	0.78	2
5	F	medium thermal	0.79	2
6	G	medium thermal	0.7	2
7	H	medium thermal	0.72	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	343	-
R_work	0.241	7112	-
obs	-	-	93.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3511	-2.8882	0.6997	2.7941	0.1546	3.6985	-0.0605	0.0125	-0.1877	0.1361	0.0599	0.3154	0.0369	-0.2252	0.0006	-0.2053	0.0102	-0.0265	-0.197	0.0115	-0.0939	56.145	16.406	44.018
2	0.128	0.6315	1.3623	3.1371	6.5087	16.5009	-0.2227	0.2343	0.1352	-0.5748	0.141	-0.0955	-0.291	-0.0413	0.0817	0.3191	-0.0356	-0.0145	0.2248	-0.0225	0.0328	53.299	2.267	4.859
3	2.4568	-0.3339	0.1036	4.5154	-0.7099	1.6532	-0.0653	-0.2343	-0.0126	-0.054	-0.0177	0.041	-0.2061	-0.1198	0.0829	-0.1898	0.0189	-0.0086	-0.1612	-0.0216	-0.1607	63.421	-10.583	44.285
4	2.9691	1.89	5.0412	1.8339	4.8034	12.5888	-0.0775	0.4503	-0.0817	-0.4127	0.0389	-0.0587	-0.3946	0.1601	0.0386	0.4204	-0.0023	-0.0583	0.0804	-0.022	-0.0394	52.062	-18.842	4.941
5	2.8465	1.9286	-0.5145	4.4249	-0.8462	2.8375	-0.0239	-0.0917	0.0491	0.0316	0.0132	-0.0434	-0.1438	-0.0334	0.0107	-0.2226	-0.0092	0.0152	-0.1646	-0.0077	-0.1191	49.387	-35.674	44.334
6	3.7369	-0.9504	6.1209	0.3918	-0.75	14.3636	0.1472	0.7185	-0.0536	-0.3096	-0.317	-0.0686	-0.0646	0.2951	0.1698	0.1342	-0.0136	0.0282	0.3476	-0.0136	0.0111	35.566	-32.63	5.038
7	3.0143	0.3853	-0.7451	1.8666	-0.6132	2.9142	-0.0418	0.0423	0.0212	0.2118	0.0543	-0.0085	-0.2442	0.1137	-0.0125	-0.1979	0.0337	0.0289	-0.1833	-0.0007	-0.1276	22.53	-43.454	44.181
8	1.7935	-1.9578	4.5187	3.1187	-4.8185	11.3979	0.0429	0.4325	-0.1969	-0.486	0.1076	0.1606	0.0942	0.2031	-0.1505	0.0699	-0.0753	0.0023	0.343	0.0366	-0.0039	14.505	-31.645	4.924
9	3.1333	-1.6665	-0.2965	2.7451	-0.2611	3.6284	-0.0295	-0.0459	0.0918	0.0093	0.0032	-0.1468	0.0068	0.2182	0.0263	-0.2363	0.0424	0.006	-0.1839	-0.0032	-0.1677	-2.269	-29.573	44.014
10	0.3492	0.797	-1.2822	2.8041	-5.9406	16.3228	-0.2105	0.3139	-0.0858	-0.6198	0.103	-0.0005	0.1572	-0.0344	0.1074	0.3049	-0.008	0.0202	0.1466	0.0111	-0.0441	0.464	-15.552	4.803
11	1.5895	-0.4509	-0.4549	3.1179	0.7824	1.7641	0.007	-0.1389	0.0616	-0.0818	-0.0245	-0.0157	0.1477	0.2149	0.0175	-0.2267	0.0123	-0.0015	-0.1519	-0.0125	-0.1631	-9.615	-2.606	44.197
12	2.8766	1.921	-4.9117	1.696	-4.4389	11.6369	0.0306	0.4596	0.1796	-0.3467	0.0446	0.0406	0.0798	-0.1584	-0.0751	0.4676	0.0742	0.092	0.1215	0.0536	-0.0083	1.784	5.536	4.84
13	2.6084	2.422	0.0647	3.1484	0.003	2.7731	0.0407	-0.0969	-0.0491	0.0765	-0.0539	-0.0487	0.1719	0.0776	0.0132	-0.2075	-0.0344	0.0005	-0.1178	-0.0121	-0.0814	4.474	22.22	44.011
14	4.4755	-1.1605	-5.7945	0.4394	0.664	12.5782	0.2827	0.8589	0.1739	-0.3373	-0.3855	0.0071	-0.1588	-0.1813	0.1028	0.1682	0.0024	0.0328	0.4111	0.0253	0.041	18.184	19.417	4.852
15	3.5813	0.5987	0.9578	2.5752	0.9432	2.6277	0.0142	0.0576	-0.0059	0.2495	-0.0297	-0.0682	0.2436	-0.2213	0.0155	-0.2069	-0.0008	-0.0041	-0.1431	0.0415	-0.1047	31.235	30.128	44.168
16	1.6416	-2.0206	-4.5824	3.4529	5.6072	12.7928	0.1119	0.3614	0.1842	-0.5541	0.1453	-0.2431	-0.2306	-0.3834	-0.2572	0.0711	-0.1022	0.0213	0.4073	-0.0207	0.0503	39.346	18.446	4.808

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	55 - 65	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	95 - 181	41 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	307 - 319	253 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	66 - 85	12 - 31
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	182 - 306	128 - 252
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	55 - 65	1 - 11
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	95 - 181	41 - 127
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	307 - 319	253 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	66 - 85	12 - 31
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	182 - 306	128 - 252
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	55 - 65	1 - 11
12	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	95 - 181	41 - 127
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	307 - 319	253 - 265
14	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	66 - 85	12 - 31
15	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	182 - 306	128 - 252
16	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	55 - 65	1 - 11
17	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	95 - 181	41 - 127
18	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	307 - 319	253 - 265
19	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	66 - 85	12 - 31
20	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	182 - 306	128 - 252
21	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	55 - 65	1 - 11
22	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	95 - 181	41 - 127
23	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	307 - 319	253 - 265
24	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	66 - 85	12 - 31
25	X-RAY DIFFRACTION	10	E	E	182 - 306	128 - 252
26	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	55 - 65	1 - 11
27	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	95 - 181	41 - 127
28	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	307 - 319	253 - 265
29	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	66 - 85	12 - 31
30	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	182 - 306	128 - 252
31	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	55 - 65	1 - 11
32	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	95 - 181	41 - 127
33	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	307 - 319	253 - 265
34	X-RAY DIFFRACTION	14	G	G	66 - 85	12 - 31
35	X-RAY DIFFRACTION	14	G	G	182 - 306	128 - 252
36	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	55 - 65	1 - 11
37	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	95 - 181	41 - 127
38	X-RAY DIFFRACTION	15	H	H	307 - 319	253 - 265
39	X-RAY DIFFRACTION	16	H	H	66 - 85	12 - 31
40	X-RAY DIFFRACTION	16	H	H	182 - 306	128 - 252

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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