PDB-3b8n: Structure of FepE- Bacterial Polysaccharide Co-polymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b8n

タイトル

Structure of FepE- Bacterial Polysaccharide Co-polymerase

要素

Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / WZZ / FepE / Bacterial Polysaccharide Co-polymerase / METAL TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

protein tyrosine kinase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Tocilj, A. / Matte, A. / Cygler, M.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Bacterial polysaccharide co-polymerases share a common framework for control of polymer length
著者: Tocilj, A. / Munger, C. / Proteau, A. / Morona, R. / Purins, L. / Ajamian, E. / Wagner, J. / Papadopoulos, M. / Van Den Bosch, L. / Rubinstein, J.L. / Fethiere, J. / Matte, A. / Cygler, M.

履歴

登録	2007年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3b8n.ent.gz	346.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b8/3b8n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3b8mC 3b8oC 3b8pC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e2l-d 3b8m-1 5019 6lcl-1 6623 1930 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

B: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

C: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

D: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

E: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

F: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

G: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

H: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

I: Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

286 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.670, 160.670, 276.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TRP / Beg label comp-ID: TRP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 65 - 330 / Label seq-ID: 13 - 278

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I

#1: タンパク質	Ferric enterobactin (Enterochelin) transport 分子量: 31735.908 Da / 分子数: 9 / 断片: residues 65-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: fepE / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XBV8

#1: タンパク質

Ferric enterobactin (Enterochelin) transport

分子量: 31735.908 Da / 分子数: 9 / 断片: residues 65-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: fepE / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XBV8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.612717 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: Sodium Citrate Na3C6H5O7, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.8 % / Av σ(I) over netI: 6.6 / 数: 413237 / R_merge(I) obs: 0.167 / Χ²: 1.67 / D res high: 3.37 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 109859 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.25	50	98.6	1	0.036	1.645	3.8
5.76	7.25	99.9	1	0.109	1.607	3.9
5.03	5.76	99.9	1	0.15	1.734	3.9
4.57	5.03	99.9	1	0.163	1.78	3.9
4.25	4.57	99.8	1	0.215	1.734	3.9
4	4.25	99.9	1	0.301	1.685	3.9
3.8	4	99.9	1	0.418	1.677	3.9
3.63	3.8	99.9	1	0.558	1.635	3.8
3.49	3.63	99.9	1	0.763	1.611	3.6
3.37	3.49	98.8	1	0.973	1.539	3.1

反射

解像度: 3→20 Å / Num. obs: 83083 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.078 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3-3.11	7.7	0.365	8240	0.488	1	100
3.11-3.23	8.4	0.265	8241	0.53	1	100
3.23-3.38	8.4	0.199	8226	0.573	1	100
3.38-3.55	8.4	0.151	8258	0.672	1	100
3.55-3.78	8.3	0.123	8259	0.982	1	100
3.78-4.06	8.3	0.093	8276	1.083	1	99.9
4.06-4.47	8.3	0.074	8315	1.287	1	99.8
4.47-5.11	8.4	0.068	8325	1.647	1	99.8
5.11-6.4	8.6	0.068	8390	1.601	1	99.5
6.4-20	8.7	0.037	8553	1.571	1	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set

ID	R cullis acentric	R cullis centric	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	3.8	48.74	36036	3728
ANO_1	0.868	0	3.8	48.74	35994	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	R cullis acentric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	16.1-48.74	0	387	165
ISO_1	11.71-16.1	0	690	174
ISO_1	9.65-11.71	0	912	155
ISO_1	8.4-9.65	0	1101	165
ISO_1	7.53-8.4	0	1266	170
ISO_1	6.89-7.53	0	1408	180
ISO_1	6.39-6.89	0	1534	192
ISO_1	5.98-6.39	0	1644	187
ISO_1	5.65-5.98	0	1775	196
ISO_1	5.36-5.65	0	1881	197
ISO_1	5.11-5.36	0	1947	197
ISO_1	4.9-5.11	0	2038	189
ISO_1	4.71-4.9	0	2171	199
ISO_1	4.54-4.71	0	2215	186
ISO_1	4.39-4.54	0	2320	196
ISO_1	4.25-4.39	0	2383	196
ISO_1	4.12-4.25	0	2474	198
ISO_1	4.01-4.12	0	2567	182
ISO_1	3.9-4.01	0	2618	197
ISO_1	3.8-3.9	0	2705	207
ANO_1	16.1-48.74	0.224	379	0
ANO_1	11.71-16.1	0.283	689	0
ANO_1	9.65-11.71	0.401	910	0
ANO_1	8.4-9.65	0.432	1101	0
ANO_1	7.53-8.4	0.527	1265	0
ANO_1	6.89-7.53	0.62	1407	0
ANO_1	6.39-6.89	0.719	1533	0
ANO_1	5.98-6.39	0.755	1642	0
ANO_1	5.65-5.98	0.814	1772	0
ANO_1	5.36-5.65	0.852	1880	0
ANO_1	5.11-5.36	0.861	1945	0
ANO_1	4.9-5.11	0.909	2035	0
ANO_1	4.71-4.9	0.914	2169	0
ANO_1	4.54-4.71	0.927	2211	0
ANO_1	4.39-4.54	0.948	2319	0
ANO_1	4.25-4.39	0.968	2381	0
ANO_1	4.12-4.25	0.973	2472	0
ANO_1	4.01-4.12	0.98	2565	0
ANO_1	3.9-4.01	0.985	2616	0
ANO_1	3.8-3.9	0.989	2703	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	50.764	117.081	2.833	SE	103.67	0.22
2	35.065	83.742	43.666	SE	117.73	0.25
3	62.301	71.811	40.432	SE	124.55	0.26
4	47.034	106.427	29.933	SE	81.52	0.2
5	100.429	29.233	21.319	SE	131.31	0.19
6	101.167	78.7	38.739	SE	170.28	0.21
7	36.033	31.04	14.418	SE	92.38	0.22
8	20.329	59.387	37.742	SE	92.18	0.24
9	10.34	44.659	14.959	SE	98.22	0.22
10	73.613	94.01	25.012	SE	85.6	0.2
11	41.397	34.548	43.121	SE	127.33	0.15
12	83.674	113.541	5.123	SE	173.47	0.18
13	47.384	46.951	35.797	SE	140.99	0.25
14	120.958	45.942	37.012	SE	82.77	0.18
15	-8.728	122.438	28.182	SE	200.43	0.21
16	6.201	35.689	26.803	SE	172.03	0.2
17	28.421	17.988	10.783	SE	92.13	0.16
18	110.529	46.006	20.462	SE	122.86	0.17
19	77.355	97.486	39.472	SE	217.46	0.22
20	-17.303	105.779	34.451	SE	206.55	0.24
21	92.231	16.858	9.664	SE	165.21	0.21
22	55.109	120.3	32.324	SE	268.55	0.19
23	117.377	59.507	8.285	SE	300	0.14
24	-15.341	70.59	32.943	SE	223.25	0.12
25	-32.561	84.31	9.265	SE	261.96	0.19
26	-5.366	131.509	11.53	SE	229.36	0.19
27	116.358	58.955	7.46	SE	1	0.05
28	-27.127	91.123	26.933	SE	153.13	0.17
29	-19.694	72.147	37.682	SE	66.85	0.06
30	135.919	38.95	9.281	SE	1	0.02

Phasing dm

FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.67 / 反射: 48129 / Reflection acentric: 43823 / Reflection centric: 4306

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.7-29.968	0.95	0.97	0.9	2455	1934	521
6.1-9.7	0.88	0.88	0.84	7533	6615	918
4.9-6.1	0.8	0.81	0.68	9372	8505	867
4.3-4.9	0.79	0.79	0.68	9377	8646	731
3.6-4.3	0.62	0.62	0.54	14056	13133	923
3.4-3.6	0.29	0.3	0.25	5336	4990	346

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.868 / WR_factor R_free: 0.262 / WR_factor R_work: 0.233 / SU B: 20.081 / SU ML: 0.356 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.825 / ESU R Free: 0.453 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.282	3751	5 %	RANDOM
R_work	0.254	-	-	-
all	0.256	-	-	-
obs	-	75106	99.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.348 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.62 Å²	0.31 Å²	0 Å²
2-	-	0.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17478	0	0	0	17478

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	17766
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.979	24039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.39	5	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.528	25.435	828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.396	15	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.071	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	13077
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	7987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	12221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.313	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.221	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.41	1.5	11114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.779	2	17658
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.486	3	7456
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.512	4.5	6381

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	964	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	B	964	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	C	964	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	D	964	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
5	E	964	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
6	F	964	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
7	G	964	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
8	H	964	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
9	I	964	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	979	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
2	B	979	LOOSE POSITIONAL	0.47	5
3	C	979	LOOSE POSITIONAL	0.5	5
4	D	979	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
5	E	979	LOOSE POSITIONAL	0.43	5
6	F	979	LOOSE POSITIONAL	0.62	5
7	G	979	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
8	H	979	LOOSE POSITIONAL	0.45	5
9	I	979	LOOSE POSITIONAL	0.53	5
1	A	964	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
2	B	964	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
3	C	964	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
4	D	964	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
5	E	964	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
6	F	964	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
7	G	964	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
8	H	964	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
9	I	964	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
1	A	979	LOOSE THERMAL	1.5	10
2	B	979	LOOSE THERMAL	1.98	10
3	C	979	LOOSE THERMAL	1.73	10
4	D	979	LOOSE THERMAL	1.69	10
5	E	979	LOOSE THERMAL	1.23	10
6	F	979	LOOSE THERMAL	1.68	10
7	G	979	LOOSE THERMAL	1.52	10
8	H	979	LOOSE THERMAL	1.51	10
9	I	979	LOOSE THERMAL	1.4	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.179	0.385	286	0.317	5081	5367	100
3.179-3.263	0.362	268	0.308	5033	5303	99.962
3.263-3.355	0.348	232	0.313	4883	5118	99.941
3.355-3.456	0.326	260	0.288	4718	4980	99.96
3.456-3.565	0.346	235	0.281	4645	4885	99.898
3.565-3.686	0.282	234	0.264	4417	4656	99.893
3.686-3.82	0.324	216	0.267	4343	4567	99.825
3.82-3.97	0.292	213	0.259	4152	4378	99.703
3.97-4.14	0.278	211	0.246	3979	4201	99.738
4.14-4.332	0.273	192	0.251	3848	4050	99.753
4.332-4.555	0.279	195	0.235	3639	3849	99.61
4.555-4.816	0.26	191	0.231	3461	3661	99.754
4.816-5.127	0.251	176	0.229	3283	3469	99.712
5.127-5.508	0.32	159	0.267	3104	3269	99.816
5.508-5.988	0.32	148	0.303	2859	3019	99.603
5.988-6.621	0.351	129	0.263	2634	2783	99.281
6.621-7.509	0.266	133	0.243	2329	2481	99.234
7.509-8.889	0.257	106	0.196	2064	2194	98.906
8.889-11.488	0.189	96	0.174	1675	1803	98.225
11.488-20	0.225	71	0.238	1208	1304	98.083

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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