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- PDB-3b84: Crystal structure of the human BTB domain of the Krueppel related... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b84
タイトルCrystal structure of the human BTB domain of the Krueppel related Zinc Finger Protein 3 (HKR3)
要素Zinc finger and BTB domain-containing protein 48
キーワードTRANSCRIPTION / BTB / Krueppel related zinc finger protein 3 / HKR3 / ZBTB48 / zinc finger / oncogene / Structural Genomics Consortium / SGC / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere maintenance via telomere lengthening / double-stranded telomeric DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomere zinc finger-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Cooper, C. / Keates, T. / Salah, E. / Pilka, E. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Cooper, C. / Keates, T. / Salah, E. / Pilka, E. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human BTB domain of the Krueppel related Zinc Finger Protein 3 (HKR3).
著者: Filippakopoulos, P. / Bullock, A. / Cooper, C. / Keates, T. / Salah, E. / Pilka, E. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Knapp, S.
履歴
登録2007年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年6月14日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_type ...atom_site / atom_type / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger and BTB domain-containing protein 48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3865
ポリマ－13,0561
非ポリマー3304
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.375, 50.375, 86.093
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-906-

HOH

21A-957-

HOH

31A-958-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Zinc finger and BTB domain-containing protein 48 / Krueppel-related zinc finger protein 3 / Protein HKR3


分子量: 13055.898 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 4-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZBTB48, HKR3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(R3) / 参照: UniProt: P10074
#2: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子量: 103.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Bis-tris pH 6.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.98248 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98248 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. all: 13630 / Num. obs: 13630 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.084 / Χ2: 1.027 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.761 / Mean I/σ(I) obs: 2.075 / Num. unique all: 1336 / Rsym value: 0.761 / Χ2: 1.064 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å43.63 Å
Translation1.74 Å43.63 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NN2

2nn2


解像度: 1.74→43.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.431 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 673 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
all0.188 13592 --
obs0.188 13592 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.351 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20.51 Å20 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数852 0 10 64 926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022901
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9411209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2953.0041464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7175112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.7612340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70115141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.97155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021009
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02209
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.2446
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.10.2460
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2930.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5063566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0583234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.7295885
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6138370
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.08411324
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.78 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 50 -
Rwork0.229 935 -
all-985 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.9036 Å / Origin y: 12.5079 Å / Origin z: 2.6814 Å
111213212223313233
T-0.1145 Å2-0.027 Å20.0185 Å2--0.1385 Å20.0013 Å2---0.1511 Å2
L2.1408 °21.2356 °21.9973 °2-2.1244 °21.1786 °2--4.42 °2
S0.027 Å °0.2655 Å °-0.1898 Å °-0.1654 Å °0.0943 Å °-0.0183 Å °0.3124 Å °0.2309 Å °-0.1213 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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