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- PDB-3b79: Crystal structure of the N-terminal peptidase C39 like domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b79
タイトルCrystal structure of the N-terminal peptidase C39 like domain of the toxin secretion ATP-binding protein from Vibrio parahaemolyticus
要素Toxin secretion ATP-binding protein
キーワードNUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Membrane / Nucleotide-binding / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, type I secretion system / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily ...ATPase, type I secretion system / Peptidase C39, bacteriocin processing / Peptidase family C39 domain profile. / Cysteine proteinases / Type 1 protein exporter / Cathepsin B; Chain A / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Alpha-Beta Complex / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin secretion ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.37 Å
データ登録者Kim, Y. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the N-terminal peptidase C39 like domain of the toxin secretion ATP-binding protein from Vibrio parahaemolyticus.
著者: Kim, Y. / Li, H. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin secretion ATP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3351
ポリマ－14,3351
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.173, 46.173, 105.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-223-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Toxin secretion ATP-binding protein


分子量: 14335.123 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase C39 like domain: Residues 1-126 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
生物種: Vibrio parahaemolyticus / 株: RIMD 2210633 / Serotype O3:K6 / 遺伝子: VPA1736 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87FE3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.0 M Ammonium citrate (dibasic), 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.37→42.33 Å / Num. all: 24811 / Num. obs: 24811 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.6 % / Biso Wilson estimate: 14.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 1.37→1.42 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 2406 / Rsym value: 0.394 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.37→42.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.694 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.063
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 2508 10.1 %RANDOM
Rwork0.155 ---
all0.158 22212 --
obs0.158 22212 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.387 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.37→42.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1154 0 0 173 1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6622.0271637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.555166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6752548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8115226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.848158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3010.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.2855
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8971.5785
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.56521250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5563453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9964.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.92331238
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.7763173
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.85831154
LS精密化 シェル解像度: 1.37→1.406 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 201 -
Rwork0.19 1568 -
obs-1769 98.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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