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- PDB-3b78: Structure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b78
タイトルStructure of the eEF2-ExoA(R551H)-NAD+ complex
要素
  • Elongation factor 2
  • Exotoxin A
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN/TRANSFERASE / elongation factor / toxin / ADP-ribosylation / toxin-substrate complex / Cytoplasm / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Protein biosynthesis / RNA-binding / rRNA-binding / Glycosyltransferase / NAD / Transferase / BIOSYNTHETIC PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / nucleotidyltransferase activity ...NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase / NAD+-diphthamide ADP-ribosyltransferase activity / Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / nucleotidyltransferase activity / maintenance of translational fidelity / ribosome binding / protein-folding chaperone binding / toxin activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Yeast translation eEF2 (G' domain) / Yeast translation eEF2 (G' domain) / Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 ...Yeast translation eEF2 (G' domain) / Yeast translation eEF2 (G' domain) / Exotoxin A catalytic domain / Exotoxin A, binding / Exotoxin A, middle domain / Exotoxin A, middle domain superfamily / Exotoxin A catalytic / Exotoxin A binding / Exotoxin A, targeting / Diphtheria Toxin; domain 1 / Diphtheria Toxin, domain 1 / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation factors / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal Protein S5; domain 2 / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Exotoxin A / Elongation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jorgensen, R. / Merrill, A.R.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: The nature and character of the transition state for the ADP-ribosyltransferase reaction.
著者: Jorgensen, R. / Wang, Y. / Visschedyk, D. / Merrill, A.R.
履歴
登録2007年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor 2
B: Exotoxin A
C: Elongation factor 2
D: Exotoxin A
E: Elongation factor 2
F: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,8959
ポリマ－347,9056
非ポリマー1,9903
水8,971498
1
A: Elongation factor 2
B: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6323
ポリマ－115,9682
非ポリマー6631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Elongation factor 2
D: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6323
ポリマ－115,9682
非ポリマー6631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: Elongation factor 2
F: Exotoxin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,6323
ポリマ－115,9682
非ポリマー6631
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)327.136, 68.128, 190.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.994, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Elongation factor 2 / EF-2 / Translation elongation factor 2 / Eukaryotic elongation factor 2 / eEF2 / Ribosomal translocase


分子量: 93549.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32324
#2: タンパク質 Exotoxin A / NAD-dependent ADP-ribosyltransferase


分子量: 22418.928 Da / 分子数: 3 / Fragment: catalytic domain / Mutation: R551H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: eta / プラスミド: pPH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bb101
参照: UniProt: P11439, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE ILE->VAL AND GLY->SER SEQUCE CONFLICTS AT RESIDUES 432 AND 540 IN THE UNIPROT DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 7% PEG-10000, 3.5mM MPD, 100 mM HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日
詳細: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam defining slits
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 144422 / Num. obs: 134457 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Χ2: 1.045 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 10308 / Χ2: 1.027 / % possible all: 72.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.5→46.55 Å / FOM work R set: 0.818 / Isotropic thermal model: isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ml
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2810 2.11 %Test set chosen from eEF2-ExoA(E546H)-NAD+
Rwork0.206 ---
all0.206 142482 --
obs0.206 132950 93.31 %-
溶媒の処理Bsol: 50.672 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 352 Å2 / Biso mean: 71.95 Å2 / Biso min: 4.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.216 Å20 Å2-0.43 Å2
2--8.636 Å20 Å2
3----5.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23986 0 132 498 24616
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5911
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1741
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021
X-RAY DIFFRACTIONf_nbd_refined4.1241
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.5431 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3568 123 -
Rwork0.2976 --
obs-4833 70 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1493-0.0302-0.00030.5235-0.72061.0890.0102-0.01910.11980.15730.13690.0509-0.4131-0.15-0.12590.44220.05710.08410.39770.06550.2236-25.383820.191332.7188
20.16760.02630.18880.7082-0.57641.22420.07330.0642-0.0376-0.13070.04410.02110.05260.0207-0.10970.24680.00970.05390.17320.02710.0677-16.673210.908120.2468
30.1677-0.03660.15860.6169-0.96591.11810.070.06360.07480.23290.01270.0796-0.098-0.0887-0.09770.28690.0130.03320.20670.00390.1439-14.194728.50473.4865
40.3344-0.1071-0.13960.6248-0.73691.5277-0.0731-0.0679-0.04850.11650.35120.2753-0.3251-0.5869-0.2590.2720.03950.11310.48530.05020.2244-28.5469.911538.2843
50.1103-0.1719-0.01870.3631-0.80981.23060.10750.0282-0.00080.23770.0582-0.1091-0.2638-0.2312-0.1140.31950.05250.030.27810.00120.2803-15.88942.128152.3101
60.1897-0.05030.09360.6569-0.25230.7908-0.0114-0.0166-0.0412-0.19850.0197-0.1631-0.1294-0.0801-0.05420.2029-0.0789-0.01760.09340.03570.1196-8.2779-11.161162.0801
70.2990.01860.39880.5265-0.3330.9189-0.1339-0.23830.0085-0.03450.18860.00750.0536-0.3473-0.17260.0477-0.0766-0.02660.13320.01550.1632-15.1242-19.48873.4712
80.3738-0.1580.14720.8255-0.77731.03910.11630.1952-0.1129-0.41070.01040.02230.30970.2786-0.05650.3034-0.0176-0.00670.1789-0.0040.1224-4.6369-16.597344.2032
90.09250.1247-0.05350.58940.3610.3889-0.08720.32360.2119-0.2836-0.04240.2064-0.132-0.04450.09250.0377-0.1135-0.02260.13360.05920.224419.0431-2.231182.1579
100.60390.0130.82070.1943-0.01840.86630.1382-0.44580.0855-0.1484-0.08620.070.2844-0.5106-0.01770.0006-0.0793-0.00560.1559-0.00760.19883.8025-7.289691.1153
110.10150.14160.13060.60560.39161.007-0.1871-0.1724-0.06160.44230.19180.02310.5398-0.1890.1382-0.23-0.2960.09-0.14660.0930.077314.463-9.888198.5671
120.20430.0082-0.13810.22740.26470.6806-0.0075-0.072-0.21690.06760.15240.12280.43990.0855-0.07260.1279-0.005-0.014-0.03940.01070.16618.2314-16.492686.9283
130.14390.04580.20360.75110.05151.13270.16430.01280.2451-0.0503-0.19940.0508-0.80.44710.01850.6387-0.16720.0470.35330.01620.297326.142753.597528.077
140.32580.03430.46680.2615-0.02010.45890.02230.2461-0.0063-0.1292-0.0756-0.0231-0.22270.50550.06750.4084-0.07380.03150.42050.09270.044431.695140.928916.7869
150.2761-0.03990.720.80810.00250.29040.00660.35240.1303-0.5730.00120.0768-0.04620.50730.03510.7712-0.29590.01980.60450.20320.297432.604654.0301-3.7894
160.59370.19410.21970.41150.25310.5972-0.1012-0.16510.1403-0.1209-0.02430.1438-0.25540.04490.11270.2578-0.06980.02610.2338-0.04250.157722.866345.267236.0553
17-0.1598-0.05670.33780.5347-0.22030.5-0.0754-0.0026-0.02840.2247-0.0013-0.31160.0622-0.0020.05980.2258-0.0416-0.03950.351-0.02170.396436.873938.112950.4273
180.31620.02870.19820.5873-0.42130.6463-0.08670.04680.107-0.01770.0970.0340.0518-0.14-0.02050.0269-0.0317-0.05280.07340.06850.211444.597923.357560.5451
190.3210.01780.08820.06630.03950.2033-0.1992-0.06980.24470.06060.16350.0494-0.0462-0.0815-0.16150.0017-0.0805-0.01420.03210.07670.198138.524815.877573.949
200.4462-0.35630.41450.5404-0.15620.7728-0.00880.4038-0.0533-0.2876-0.0864-0.0620.21160.36250.12750.1996-0.03170.00140.36290.07740.139745.173516.456943.5523
210.61820.41670.05810.4250.16120.1126-0.05940.48870.3508-0.3166-0.0290.0865-0.316-0.0880.053-0.0404-0.1808-0.03410.07420.01010.192873.252432.448880.9436
220.43550.22260.33570.53860.14760.16720.0728-0.2097-0.0787-0.1524-0.0010.11730.0927-0.3402-0.00080.1631-0.0485-0.03580.10340.00670.256757.85627.986589.7283
230.01420.110.07960.49230.70361.2708-0.2369-0.0282-0.15430.4612-0.02310.28150.5769-0.1839-0.0103-0.2588-0.2985-0.0272-0.35610.05370.125868.30125.215797.4651
240.25270.1552-0.09170.25560.24340.6644-0.02640.0048-0.19290.00080.18260.06710.32060.0367-0.08860.13110.0038-0.02480.023-0.02130.231371.744118.242385.978
250.1096-0.1409-0.020.1221-0.11390.22780.160.11040.2016-0.3033-0.2655-0.3212-0.082-0.00060.01381.22990.57830.59941.03320.43781.2886-81.0006-13.178631.9156
260.11180.0723-0.06830.3096-0.37840.3597-0.1673-0.11290.0559-0.49390.1315-0.1673-0.0267-0.07580.01881.52450.72410.40571.09280.31150.5376-72.5593-22.683619.5482
270.0966-0.11170.0470.2531-0.2210.0919-0.06470.17970.0735-0.1203-0.1516-0.1560.1007-0.21160.06191.53240.19710.05651.54320.08770.967-69.4834-4.90993.0449
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310.2568-0.0046-0.08490.3027-0.00110.26270.043-0.02680.30370.02690.01770.00170.03920.1162-0.02670.0203-0.0584-0.01010.06340.02120.1792-70.1205-52.865872.5683
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain A and resid 2:88AA288
22chain A and resid 89:227AA89227
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2121chain D and resid 399:455DD399455
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3636chain F and resid 576:605FF576605

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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