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万見
- PDB-3b6v: Crystal structure of the motor domain of human kinesin family mem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b6v
タイトルCrystal structure of the motor domain of human kinesin family member 3C in complex with ADP
要素Kinesin-like protein KIF3C
キーワードMOTOR PROTEIN / Kinesin / Structural Genomics Consortium / motor domain / ADP / SGC / ATP-binding / Microtubule / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary tip / Intraflagellar transport / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / MHC class II antigen presentation / microtubule binding ...ciliary tip / Intraflagellar transport / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / MHC class II antigen presentation / microtubule binding / microtubule / cilium / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...Kinesin motor domain / Kinesin / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF3C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zhu, H. / Tempel, W. / Shen, Y. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Motor domain of human kinesin family member 3C in complex with ADP.
著者: Zhu, H. / Tempel, W. / Shen, Y. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2007年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF3C
B: Kinesin-like protein KIF3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,91314
ポリマ－86,0102
非ポリマー90312
水19811
1
A: Kinesin-like protein KIF3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4576
ポリマ－43,0051
非ポリマー4525
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Kinesin-like protein KIF3C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4578
ポリマ－43,0051
非ポリマー4527
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.739, 47.588, 116.951
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Authors state that the biological unit of this protein is unknown.

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF3C


分子量: 43005.090 Da / 分子数: 2 / 断片: Motor domain: Residues 7-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF3C / プラスミド: pET28-MHP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon(+) RIL / 参照: UniProt: O14782
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG MME550, 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40 Å / Num. obs: 20103 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Χ2: 1.79 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.7-2.82.50.4716861.449182.4
2.8-2.9130.38319591.32196.1
2.91-3.043.30.33620041.554198.1
3.04-3.23.60.25720591.272199.8
3.2-3.43.60.19220391.348199.8
3.4-3.663.60.15120651.782199.7
3.66-4.033.60.1320422.472199.1
4.03-4.623.60.0820561.961199.7
4.62-5.813.50.07320801.996199.2
5.81-403.40.05521132.459197.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1II6

1ii6


解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / WRfactor Rfree: 0.261 / WRfactor Rwork: 0.189 / SU B: 28.773 / SU ML: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.345 / ESU R Free: 0.37 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Atomic temperature factors are residuals from TLS refinement. Programs coot, molprobity, scwrl have also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 726 3.7 %thin shells
Rwork0.202 ---
all0.205 ---
obs-19837 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20 Å20.73 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---1.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4506 0 64 11 4581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224641
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9796300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83937306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2535596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12324.023174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75815728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0271525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02893
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.2859
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.22995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1740.22176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22585
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2090.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.57923135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.30121228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.36634809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49821749
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.21331491
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.7700.2891352151389.359
2.77-2.84500.2681349142894.468
2.845-2.9270.3641340.2331203140595.16
2.927-3.01600.2131326137696.366
3.016-3.1140.2711110.2171175131098.168
3.114-3.22200.2221262128398.363
3.222-3.3420.311030.2141135125398.803
3.342-3.47600.2121157117798.301
3.476-3.6290.274400.1841109116598.627
3.629-3.8030.251510.1911036109998.908
3.803-4.0050.252760.196952105597.441
4.005-4.24400.17399599999.6
4.244-4.530.225540.15986992799.569
4.53-4.88400.15987688199.432
4.884-5.3360.192490.1874880199.501
5.336-5.9420.296290.21371175098.667
5.942-6.8170.363320.25763467199.255
6.817-8.2430.319170.21453556098.571
8.243-11.2410.305120.17642645596.264
11.241-300.235180.21426130093
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5391-0.7746-1.20771.29150.28921.68830.02190.35940.0324-0.1698-0.01460.1684-0.0548-0.1806-0.0073-0.00920.0289-0.0295-0.05020.02490.0054-20.331416.181116.731
22.9814-0.0158-0.98470.95830.05551.3620.0056-0.1573-0.16160.0959-0.0157-0.03210.20990.11530.01010.00010.0637-0.0226-0.06210.0161-0.06571.5945-7.223438.9023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 381
2X-RAY DIFFRACTION2B7 - 372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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