PDB-3b6c: Crystal structure of the Streptomyces coelicolor TetR family prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b6c

タイトル

Crystal structure of the Streptomyces coelicolor TetR family protein ActR in complex with (S)-DNPA

要素

ActII protein

キーワード

TRANSCRIPTION / transcriptional repressor / DNA-binding protein / TetR family / actinorhodin / (S)-DNPA / ligand / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Willems, A.R. / Junop, M.S.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the Streptomyces coelicolor TetR-like protein ActR alone and in complex with actinorhodin or the actinorhodin biosynthetic precursor (S)-DNPA.
著者: Willems, A.R. / Tahlan, K. / Taguchi, T. / Zhang, K. / Lee, Z.Z. / Ichinose, K. / Junop, M.S. / Nodwell, J.R.

履歴

登録	2007年10月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3b6c.ent.gz	140.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3b6c_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b6c_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3b6c_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	3b6c_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/3b6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b6/3b6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2optSC 3b6aC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2opt-d 3b6a-2 3b6a-4 3b6a-3 3b6a-1 2xgc-1 2xgc-2 1gri-d 6h0v-d 3zqf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ActII protein

B: ActII protein

ヘテロ分子

51.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.969, 79.396, 103.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ActII protein / Putative transcriptional regulatory protein 分子量: 25200.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア) 株: M145 / 遺伝子: actII / プラスミド: pPROEX-HTa / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53901
#2: 化合物	ChemComp-SDN / [(3S)-9-hydroxy-1-methyl-10-oxo-4,10-dihydro-3H-benzo[g]isochromen-3-yl]acetic acid / 4,10-dihydro-9-hydroxy-1-methyl-10-oxo-3-H-naphtho-[2,3-c]-pyran-3-(S)-acetic acid / (3S)-1-メチル-9-ヒドロキシ-10-オキソ-3,4-ジヒドロ-10H-ナフト[2,3-c]ピラン-3-酢酸分子量: 286.279 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₄O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THE CA INDEX NUMBER OF COMPOUND SDN IS 224586-86-1.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 14% PEG4000, 91mM sodium acetate, 45mM Bis-Tris, 23mM KCl, 9.1mM taurine, 4.6mM Tris, 0.45mM DTT and, after dehydration, less than 100 ug (S)-DNPA, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日 / 詳細: collimating and focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Si (111) 2 crystals (not a channel-cut) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→49.23 Å / Num. obs: 19458 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.63 % / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.47 % / R_merge(I) obs: 0.211 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング
CCP4	6.0.0	位相決定
Coot	0.1.2	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2OPT

2opt

解像度: 2.3→41.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 22.324 / SU ML: 0.267 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.236 / ESU R Free: 0.366 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28703	743	5 %	RANDOM
R_work	0.24392	-	-	-
obs	0.24605	14054	70.04 %	-
all	-	19458	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.439 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3082	0	66	146	3294

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.021	3199
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.92	2.015	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	9.262	3	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.666	5	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.099	23.088	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.245	15	531
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.685	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2413
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.3	0.3	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.419	0.3	2
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.335	0.5	2254
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.245	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.269	0.5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.343	0.3	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.431	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.354	2	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.404	3	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.829	2	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.81	3	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	26	-
R_work	0.327	685	-
obs	-	-	46.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6069	0.3061	-3.1671	1.4435	-1.1181	4.2432	-0.122	-0.1185	-0.138	0.0681	-0.1184	-0.0653	-0.1649	0.1267	0.2404	-0.0193	-0.0399	-0.0721	0.0398	0.0234	-0.0239	-7.0679	-10.2235	-7.1095
2	10.9013	0.6799	1.2635	0.0674	-0.184	2.9109	-0.145	0.4159	0.0592	0.1021	-0.0645	-0.0106	0.1216	0.0369	0.2096	-0.0128	-0.0514	-0.013	-0.054	-0.0588	0.064	-28.6895	-11.3779	-1.2513
3	4.6332	-1.4839	-1.4132	2.3122	-1.5421	2.597	-0.1569	0.4774	0.1813	0.2801	-0.0068	0.12	-0.3738	-0.0654	0.1637	-0.0316	-0.0326	-0.0458	-0.0552	-0.0121	-0.0388	-31.5264	-4.3231	-2.4954
4	10.816	-1.6577	6.0901	9.6683	2.5864	7.22	1.01	-0.6051	-0.4133	0.3493	-0.2161	-0.1972	1.0421	0.1828	-0.7938	0.1432	-0.1255	0.0163	-0.1214	-0.1026	-0.1947	-29.825	-7.1625	31.0533
5	6.8872	-5.6722	1.2199	5.8658	-2.4858	2.0528	-0.3651	-0.2185	-0.0612	0.29	0.1542	0.1998	0.4488	-0.8357	0.2109	0.0767	-0.0589	-0.0045	-0.017	-0.0962	-0.0365	-37.0181	-9.4242	9.2379
6	5.659	2.0469	4.9962	3.5211	-2.2749	10.4035	-0.4711	0.9744	0.633	-0.1739	0.0927	-0.0855	-0.1051	1.3172	0.3784	-0.1307	-0.1734	0.0966	0.2165	0.1388	-0.1181	-8.0371	13.47	24.7055
7	12.4786	1.7024	2.0882	0.6184	-0.8578	4.194	0.0551	-0.2053	0.6959	0.4176	-0.2612	0.3403	-0.2883	0.1179	0.2061	0.0143	-0.0131	0.1149	-0.1992	-0.1069	0.01	-33.015	8.8109	21.8409
8	3.8664	1.8109	0.2717	2.6418	-1.0119	3.9448	0.1118	0.1638	0.0664	0.0959	-0.2495	0.2353	0.1123	0.3911	0.1377	0.011	0.0148	0.0817	-0.1248	-0.0214	-0.0342	-29.8923	4.375	16.993
9	2.6225	-0.9367	-1.8685	1.9147	1.8928	2.2905	0.2914	0.6534	0.4886	-0.11	-0.1761	0.0077	-0.7296	-0.5489	-0.1153	-0.0505	0.0556	-0.0454	0.0815	0.1164	-0.0365	-33.5393	4.9226	-5.1477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	28 - 91	3 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	92 - 130	67 - 105
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	131 - 177	106 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	190 - 218	165 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	219 - 241	194 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	29 - 76	4 - 51
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	77 - 107	52 - 82
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	108 - 177	83 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	189 - 242	164 - 217

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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