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- PDB-3b62: EmrE multidrug transporter in complex with P4P, P21 crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b62
タイトルEmrE multidrug transporter in complex with P4P, P21 crystal form
要素Multidrug transporter emrE
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HELICAL MEMBRANE PROTEIN / MULTIDRUG RESISTANCE TRANSPORTER / SMR / Antiport / Inner membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


EmrE multidrug transporter complex / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transport / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Small drug/metabolite transporter protein family / Small multidrug resistance protein / Small Multidrug Resistance protein
類似検索 - ドメイン・相同性
TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / Multidrug transporter EmrE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Chang, G. / Chen, Y.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: X-ray structure of EmrE supports dual topology model.
著者: Chen, Y.J. / Pornillos, O. / Lieu, S. / Ma, C. / Chen, A.P. / Chang, G.
履歴
登録2007年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug transporter emrE
B: Multidrug transporter emrE
C: Multidrug transporter emrE
D: Multidrug transporter emrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5326
ポリマ－47,8534
非ポリマー6792
水00
1
A: Multidrug transporter emrE
B: Multidrug transporter emrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2663
ポリマ－23,9272
非ポリマー3391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Multidrug transporter emrE
D: Multidrug transporter emrE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2663
ポリマ－23,9272
非ポリマー3391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.5, 42.7, 115.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 109.1, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Multidrug transporter emrE / Efflux-multidrug resistance protein emrE / Methyl viologen resistance protein C / Ethidium resistance protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 11963.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: emrE, eb, mvrC / プラスミド: pIVEX / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P23895
#2: 化合物 ChemComp-P4P / TETRAPHENYLPHOSPHONIUM / テトラフェニルホスホニウム


分子量: 339.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 100-200 mM calcium chloride, 100 mM Tris, 11-14% (w/v) PEG 2,000 MME, and 0.3-0.6% (w/v) NG, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9790, 0.9793, 0.9184
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月21日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97931
30.91841
反射解像度: 3.7→20 Å / Num. obs: 3394 / % possible obs: 72.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique all: 1001 / Rsym value: 0.428

-
解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 4.4→19.8 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: The structure contains CA atoms only.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.364 345 -RANDOM
Rwork0.343 ---
obs-3394 72.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 182.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--99.05 Å20 Å25.65 Å2
2--63.92 Å20 Å2
3---35.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.4→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数364 0 50 0 414
LS精密化 シェル解像度: 4.4→4.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.053
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 55 -
Rwork0.367 --
obs-477 69.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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