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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b5q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative sulfatase (NP_810509.1) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.40 A resolution | ||||||
![]() | Putative sulfatase yidJ | ||||||
![]() | HYDROLASE / NP_810509.1 / Putative Sulfatase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucuronate-2-sulfatase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 硫酸エステル加水分解酵素 / arylsulfatase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a putative sulfatase (NP_810509.1) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 2.40 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 485.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 497.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 56.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: LYS / End label comp-ID: ILE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 15 - 477 / Label seq-ID: 16 - 478
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詳細 | CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THAT THE PROTEIN IS MONOMERIC. THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION IS SUPPORTED BY SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY. |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54342.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Bacteroides thetaiotaomicron / 株: VPI-5482, DSM 2079, NCTC 10582 / 遺伝子: NP_810509.1, BT_1596 / プラスミド: speedET / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 398分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION REMARK 999 TAG ...REMARK 999 SEQUENCE: THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.61 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: NANODROP, 20.0% PEG 8000, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→29.907 Å / Num. obs: 47977 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 40.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 4.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ZINC HAS BEEN MODELED IN THE STRUCTURE BASED ON AN ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER ELECTRON DENSITY MAP AND COORDINATION GEOMETRY. 4. 1,2-ETHANEDIOL, HEPES AND PARTIAL PEG MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITIONS HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 5. THERE ARE THREE RAMACHANDRAN OUTLIERS AT POSITIONS A166, B168 AND B297.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.428 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.907 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 5961 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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