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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3b5d | ||||||
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タイトル | EmrE multidrug transporter in complex with TPP, C2 crystal form | ||||||
![]() | Multidrug transporter emrE | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / HELICAL MEMBRANE PROTEIN / MULTIDRUG RESISTANCE TRANSPORTER / SMR / Antiport / Inner membrane / Transmembrane / Joint Center for Innovative Membrane Protein Technologies | ||||||
機能・相同性 | ![]() EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chang, G. / Chen, Y.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structure of EmrE supports dual topology model. 著者: Chen, Y.J. / Pornillos, O. / Lieu, S. / Ma, C. / Chen, A.P. / Chang, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 9.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 698.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 701 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11963.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-P4P / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.77 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 100-200 mM calcium chloride, 100 mM Tris, 11-14% (w/v) PEG 2,000 MME , and 0.3-0.6% (w/v) NG, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日 / 詳細: Mirrors | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 3077 / Num. obs: 3077 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 44.4 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.6 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique all: 286 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 34.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 201 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.077
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