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- PDB-3b4y: FGD1 (Rv0407) from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b4y
タイトルFGD1 (Rv0407) from Mycobacterium tuberculosis
要素PROBABLE F420-DEPENDENT GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FGD1
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM-barrel / non-prolyl cis-peptide bulge / F420 binding / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme-F420) / glucose-6-phosphate dehydrogenase (coenzyme F420) activity / Cell redox homeostasis / coenzyme F420 binding / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / peptidoglycan-based cell wall / cell redox homeostasis / carbohydrate metabolic process / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase-related / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME F420 / CITRATE ANION / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Bashiri, G. / Squire, C.J. / Moreland, N.M. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of F420-dependent glucose-6-phosphate dehydrogenase FGD1 involved in the activation of the anti-tuberculosis drug candidate PA-824 reveal the basis of coenzyme and substrate binding
著者: Bashiri, G. / Squire, C.J. / Moreland, N.J. / Baker, E.N.
履歴
登録2007年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE F420-DEPENDENT GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FGD1
B: PROBABLE F420-DEPENDENT GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FGD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3386
ポリマ－79,4122
非ポリマー1,9254
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area22470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.078, 89.907, 80.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-397-

HOH

21B-402-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROBABLE F420-DEPENDENT GLUCOSE-6-PHOSPHATE DEHYDROGENASE FGD1 / Glucose-6-phosphate dehydrogenase / F420-dependent


分子量: 39706.125 Da / 分子数: 2 / 変異: L243(MSE) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37-Rv / 遺伝子: Rv0407 / プラスミド: pYUB1049 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): mc2 4517
参照: UniProt: P96253, UniProt: P9WNE1*PLUS, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-F42 / COENZYME F420 / 補酵素F420


分子量: 773.593 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36N5O18P
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.4M tri-sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月1日 / 詳細: osmic
放射モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25.18 Å / Num. all: 47109 / Num. obs: 47019 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 13127 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: an in-house apo structure (itself solved by Se-MAD)

解像度: 1.95→24.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.78 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23434 2330 5 %RANDOM
Rwork0.19174 ---
all0.19385 44565 --
obs0.19385 44565 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.083 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5140 0 114 195 5449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.9757376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4945668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44323.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.30115820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4481543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.23575
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3070.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7521.53404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2125282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07232322
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5874.52090
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 171 -
Rwork0.319 3070 -
obs--92.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8916-0.194-0.25750.67070.02840.82060.0367-0.0976-0.02980.1313-0.01680.06340.1116-0.0028-0.01990.1814-0.0291-0.0008-0.14170.0093-0.0592-8.84425.62536.252
20.60890.1147-0.14230.550.06380.56980.03030.0438-0.0214-0.1502-0.0077-0.03340.08670.0105-0.02260.21110.02110.0021-0.1468-0.0031-0.05664.18624.1543.802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 334
2X-RAY DIFFRACTION1A338
3X-RAY DIFFRACTION1A337
4X-RAY DIFFRACTION2B3 - 334
5X-RAY DIFFRACTION2B338
6X-RAY DIFFRACTION2B337

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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