PDB-3b3d: B.subtilis YtbE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3b3d

タイトル

B.subtilis YtbE

要素

Putative morphine dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Aldo-keto Reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

: / 酸化還元酵素
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Zhou, Y.F. / Li, L.F. / Liang, Y.H. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Structural and biochemical analyses of YvgN and YtbE from Bacillus subtilis
著者: Lei, J. / Zhou, Y.F. / Li, L.F. / Su, X.-D.

履歴

登録	2007年10月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3b3d.cif.gz	182.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3b3d.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3b3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3b3d_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3b3d_full_validation.pdf.gz	476 KB	表示
XML形式データ	3b3d_validation.xml.gz	34 KB	表示
CIF形式データ	3b3d_validation.cif.gz	48.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/3b3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/3b3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3d3fC 3f7jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1a80-d 5eiw-1 5q0u-2 5wz1-5 4g5d-2 4okb-d 3oof-1 5wz1-6 5q1h-4 3rl3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Putative morphine dehydrogenase

B: Putative morphine dehydrogenase

C: Putative morphine dehydrogenase

ヘテロ分子

106 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative morphine dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative morphine dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative morphine dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.106, 89.170, 115.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative morphine dehydrogenase / YtbE protein 分子量: 35355.867 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: ytbE / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34678
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.13 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.3, 50mM calcium chloride, 20% PEGMME550, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: BSRF

/ ビームライン: 3W1A / 波長: 1.2579 Å

検出器

タイプ: Mar / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.2579 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 37940 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Χ²: 0.852 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	9.6	0.387	3810	0.477	1	100
2.38-2.48	9.1	0.316	3845	0.589	1	100
2.48-2.59	9.1	0.258	3850	0.64	1	100
2.59-2.73	9.5	0.222	3848	0.709	1	100
2.73-2.9	9.8	0.171	3877	0.618	1	100
2.9-3.12	10	0.134	3872	0.655	1	100
3.12-3.44	9.7	0.106	3892	0.785	1	100
3.44-3.93	8.3	0.131	3036	1.996	1	77.7
3.93-4.95	9.6	0.072	3775	1.087	1	95.1
4.95-50	9.4	0.072	4135	1.311	1	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	41.55 Å
Translation	2.5 Å	41.55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 15.002 / SU ML: 0.192 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26037	1885	5 %	RANDOM
R_work	0.19232	-	-	-
obs	0.19586	35898	97.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6697	0	4	256	6957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	6829
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.733	1.945	9263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.663	5	839
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.301	24.956	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.5	15	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.795	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	4588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.034	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.317	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.784	1.5	4294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.292	2	6691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.213	3	2931
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.28	4.5	2572
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	122	-
R_work	0.196	2673	-
all	-	2795	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6628	0.6887	0.207	2.2549	0.0599	1.1435	0.0129	-0.0874	-0.0676	0.0822	-0.0273	-0.0858	0.0349	0.0331	0.0144	-0.1085	0.0081	0	-0.1232	0.0157	-0.139	-13.2039	23.7002	-7.8781
2	0.5288	-0.0124	0.0031	1.2035	-0.5193	2.9734	-0.0368	-0.0175	0.0091	0.0022	0.0273	0.0304	-0.0328	0.2658	0.0095	-0.1057	0.0191	0.0119	-0.0765	-0.0021	-0.1056	-18.1837	16.3937	-46.3281
3	0.812	0.1609	0.3908	2.49	0.2207	1.9886	0.0084	0.1224	-0.049	-0.2142	-0.0595	0.0488	-0.0872	-0.1614	0.051	-0.1152	0.0231	0.0217	-0.0383	0.0027	-0.1242	-24.1828	58.4875	-26.8236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 277	35 - 311
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 277	38 - 311
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 277	35 - 311

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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