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万見
- PDB-3b36: Structure of M26L DJ-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b36
タイトルStructure of M26L DJ-1
要素Protein DJ-1
キーワードCHAPERONE / PARKINSON'S DISEASE / PFPI / THIJ / Cytoplasm / Disease mutation / Nucleus / Oncogene / Oxidation / Parkinson disease / Phosphorylation / Polymorphism / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization ...positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / tyrosine 3-monooxygenase activator activity / cellular response to glyoxal / L-dopa decarboxylase activator activity / detoxification of hydrogen peroxide / methylglyoxal catabolic process to lactate / guanine deglycation, methylglyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / cellular detoxification of methylglyoxal / regulation of supramolecular fiber organization / negative regulation of death-inducing signaling complex assembly / negative regulation of TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / positive regulation of L-dopa biosynthetic process / glyoxalase (glycolic acid-forming) activity / negative regulation of protein K48-linked deubiquitination / negative regulation of nitrosative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / glycolate biosynthetic process / detection of oxidative stress / glyoxal metabolic process / guanine deglycation / methylglyoxal metabolic process / detoxification of mercury ion / ubiquitin-protein transferase inhibitor activity / protein deglycase / mercury ion binding / protein deglycase activity / hydrogen peroxide metabolic process / positive regulation of dopamine biosynthetic process / positive regulation of autophagy of mitochondrion / superoxide dismutase copper chaperone activity / oxidoreductase activity, acting on peroxide as acceptor / positive regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / lactate biosynthetic process / protein repair / peptidase inhibitor activity / cellular detoxification of aldehyde / peroxiredoxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3価のアルコールのエステル加水分解酵素 / small protein activating enzyme binding / regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / detoxification of copper ion / positive regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein sumoylation / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of protein export from nucleus / cupric ion binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / membrane hyperpolarization / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / oxygen sensor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / insulin secretion / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / nuclear androgen receptor binding / androgen receptor signaling pathway / dopamine uptake involved in synaptic transmission / ubiquitin-specific protease binding / cytokine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cuprous ion binding / regulation of neuron apoptotic process / signaling receptor activator activity / membrane depolarization / regulation of synaptic vesicle endocytosis / single fertilization / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / regulation of mitochondrial membrane potential / removal of superoxide radicals / SUMOylation of transcription cofactors / adult locomotory behavior / Late endosomal microautophagy / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / adherens junction / mitochondrion organization / positive regulation of protein-containing complex assembly / enzyme activator activity / PML body / Chaperone Mediated Autophagy / mitochondrial intermembrane space / autophagy / Aggrephagy / positive regulation of protein localization to nucleus / kinase binding / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / synaptic vesicle / glucose homeostasis / peptidase activity / cell body / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / : / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Parkinson disease protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Lakshminarasimhan, M. / Maldonado, M.T. / Zhou, W. / Fink, A.L. / Wilson, M.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural Impact of Three Parkinsonism-Associated Missense Mutations on Human DJ-1.
著者: Lakshminarasimhan, M. / Maldonado, M.T. / Zhou, W. / Fink, A.L. / Wilson, M.A.
履歴
登録2007年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,71310
ポリマ－20,1811
非ポリマー5329
水3,801211
1
A: Protein DJ-1
ヘテロ分子

A: Protein DJ-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,42720
ポリマ－40,3632
非ポリマー1,06418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area5290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.818, 74.818, 75.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein DJ-1 / Oncogene DJ1 / Parkinson disease protein 7


分子量: 20181.289 Da / 分子数: 1 / 変異: M26I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PARK7 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99497
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 30% PEG 3000, 100 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.542
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月10日
放射モノクロメーター: OSMIC BLUE CONFOCAL MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→64.82 Å / Num. obs: 39440 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 36.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 13 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P5F

1p5f


解像度: 1.5→64.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 0.766 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17486 1976 5 %RANDOM
Rwork0.16588 ---
obs0.16633 37433 99.91 %-
all-37433 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→64.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1468 0 33 211 1712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221519
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1652.0092048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.635207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.42525.19252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.74515281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.895158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2080.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6311.51025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.90421598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6093542
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6134.5450
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 135 -
Rwork0.253 2723 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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