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- PDB-3b1w: Crystal structure of an S. thermophilus NFeoB E67A mutant bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1w
タイトルCrystal structure of an S. thermophilus NFeoB E67A mutant bound to GDP
要素Ferrous iron uptake transporter protein B
キーワードMETAL TRANSPORT / G protein / iron transport / GTPase / transmembrane / potassium
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...Helix Hairpins - #1770 / Ferrous iron transport protein B, C-terminal / Ferrous iron transport protein B C terminus / FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ash, M.R. / Maher, M.J. / Guss, J.M. / Jormakka, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: A suite of Switch I and Switch II mutant structures from the G-protein domain of FeoB
著者: Ash, M.R. / Maher, M.J. / Guss, J.M. / Jormakka, M.
履歴
登録2011年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron uptake transporter protein B
B: Ferrous iron uptake transporter protein B
C: Ferrous iron uptake transporter protein B
D: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3538
ポリマ－120,5804
非ポリマー1,7734
水1,982110
1
A: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5882
ポリマ－30,1451
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5882
ポリマ－30,1451
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5882
ポリマ－30,1451
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Ferrous iron uptake transporter protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5882
ポリマ－30,1451
非ポリマー4431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.6, 92.1, 206.8
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Ferrous iron uptake transporter protein B


分子量: 30145.115 Da / 分子数: 4 / 断片: NFeoB, UNP residues 1-270 / 変異: E67A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / 遺伝子: FeoB / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5M586
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1M ammonium acetate, 0.1M bis-tris(pH 6.0), 11%(w/v) PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 43672 / Num. obs: 43672 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.5-2.544.50.5482.52110198.3
2.54-2.594.60.4952147198.3
2.59-2.644.70.4672148197.9
2.64-2.694.70.4322140198.6
2.69-2.754.70.3432119197.5
2.75-2.824.70.2982167198.4
2.82-2.894.70.2632141197.6
2.89-2.964.70.2262115196.6
2.96-3.054.70.1882117198.1
3.05-3.154.70.162161197.1
3.15-3.264.70.1392130196.8
3.26-3.394.70.1182157198.7
3.39-3.554.70.1032181198.8
3.55-3.734.80.0912200199.6
3.73-3.974.90.0842208199.6
3.97-4.2750.0742224199.8
4.27-4.75.10.0682254199.5
4.7-5.385.40.0652244199.8
5.38-6.785.30.05722901100
6.78-505.30.0342419199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LX8

3lx8


解像度: 2.5→47.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 20.693 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25905 2182 5.1 %RANDOM
Rwork0.21699 ---
obs0.21915 42786 98.17 %-
all-42786 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.16 Å20 Å20 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7908 0 112 110 8130
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.98111138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.11551034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83225.436344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.025151396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6731540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216011
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5821.55164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09728370
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68317
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8634.52768
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 168 -
Rwork0.276 2937 -
obs-3105 98.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64330.14280.20571.71540.99512.13150.0498-0.01340.02460.01970.0221-0.09890.13290.0691-0.0720.0823-0.00240.00790.19430.04330.13487.655-18.567-8.833
20.81290.188-0.40621.7934-0.95711.79620.0110.07860.0552-0.00470.03410.0517-0.0812-0.0708-0.04510.16550.03230.03250.1123-0.00980.065526.572-63.584-43.028
30.98210.63550.11252.23181.02071.7265-0.12260.2217-0.131-0.17850.2062-0.08150.11990.0214-0.08370.1144-0.0245-0.01510.15820.02320.07825.285-21.456-41.735
40.59090.12420.14841.973-0.94662.04420.0272-0.0028-0.03540.15080.05250.0426-0.1525-0.0853-0.07980.2166-0.00220.01580.0844-0.01370.071829.133-70.643-9.546
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 261
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 260
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 257

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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