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万見
- PDB-3b1k: Crystal structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1k
タイトルCrystal structure of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase complexed with CP12 in the absence of copper from Synechococcus elongatus
要素
  • CP12
  • Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
キーワードOXIDOREDUCTASE/PROTEIN BINDING / alpha/beta fold / OXIDOREDUCTASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase [NAD(P)+] (phosphorylating) activity / negative regulation of reductive pentose-phosphate cycle / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Calvin cycle protein CP12-like / CP12 domain / CP12 domain / CP12 / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain ...Calvin cycle protein CP12-like / CP12 domain / CP12 domain / CP12 / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / CP12 / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Matsumura, H. / Kai, A. / Inoue, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure Basis for the Regulation of Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase Activity via the Intrinsically Disordered Protein CP12.
著者: Matsumura, H. / Kai, A. / Maeda, T. / Tamoi, M. / Satoh, A. / Tamura, H. / Hirose, M. / Ogawa, T. / Kizu, N. / Wadano, A. / Inoue, T. / Shigeoka, S.
履歴
登録2011年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月12日Group: Structure summary
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
B: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
C: CP12
D: CP12
G: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
H: Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (NADP+)
I: CP12
J: CP12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,10612
ポリマ－159,4528
非ポリマー2,6544
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28700 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area45210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.042, 146.887, 161.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (NADP+) / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (Phosphorylating)


分子量: 37032.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: gap2, Synpcc7942_1742 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9R6W2, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: タンパク質・ペプチド
CP12


分子量: 2830.917 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP RESIDUES 51-75 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: cp12, Synpcc7942_0361 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6BBK3
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20%(v/v) PEG3350, 0.2M magnesium acetate., pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器日付: 2009年11月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 22942 / Num. obs: 22942 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 5.1 / Rmerge(I) obs: 0.147
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.35 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D2I

3d2i


解像度: 3.302→26.062 Å / SU ML: 0.61 / σ(F): 0 / 位相誤差: 38.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3628 1164 5.08 %RANDOM
Rwork0.2519 ---
obs0.2576 22903 88.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 11.756 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4951 Å2-0 Å2-0 Å2
2---11.8301 Å20 Å2
3----3.8657 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.302→26.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11098 0 176 4 11278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5215668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2734164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0911844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061998
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.302-3.45190.36061250.2811248583
3.4519-3.63350.4551460.2764260787
3.6335-3.86040.37411470.2646270089
3.8604-4.15740.37551390.2509258586
4.1574-4.57380.35381450.2319277291
4.5738-5.23090.32981450.2202273389
5.2309-6.57290.34481550.2531286493
6.5729-26.06270.32831620.2525299393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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