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- PDB-3b1d: Crystal structure of betaC-S lyase from Streptococcus anginosus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3b1d
タイトルCrystal structure of betaC-S lyase from Streptococcus anginosus in complex with L-serine: External aldimine form
要素BetaC-S lyase
キーワードLYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-S-conjugate beta-lyase / biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / lyase activity
類似検索 - 分子機能
: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...: / Putative C-S lyase / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Chem-PLS / cysteine-S-conjugate beta-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus anginosus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Kezuka, Y. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Structural insights into catalysis by beta C-S lyase from Streptococcus anginosus
著者: Kezuka, Y. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of betaC-S lyases from two oral Streptococci
著者: Kezuka, Y. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.
#2: ジャーナル: Oral Microbiol.Immunol. / 年: 2008
タイトル: Molecular and enzymatic characterization of betaC-S lyase in Streptococcus constellatus
著者: Yoshida, Y. / Ito, S. / Sasaki, T. / Kishi, M. / Kurota, M. / Suwabe, A. / Kunimatsu, K. / Kato, H.
#3: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2003
タイトル: Differences in the betaC-S lyase activities of viridans group streptococci
著者: Yoshida, Y. / Negishi, M. / Amano, A. / Oho, T. / Nakano, Y.
#4: ジャーナル: Microbiology / 年: 2002
タイトル: lcd from Streptococcus anginosus encodes a C-S lyase with alpha,beta-elimination activity that degrades L-cysteine
著者: Yoshida, Y. / Nakano, Y. / Amano, A. / Yoshimura, M. / Fukamachi, H. / Oho, T. / Koga, T.
履歴
登録2011年6月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32025年3月26日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BetaC-S lyase
B: BetaC-S lyase
C: BetaC-S lyase
D: BetaC-S lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,15025
ポリマ－178,5974
非ポリマー4,55321
水29,1121616
1
A: BetaC-S lyase
B: BetaC-S lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,45612
ポリマ－89,2992
非ポリマー2,15710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area28350 Å2
手法PISA
2
C: BetaC-S lyase
D: BetaC-S lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,69413
ポリマ－89,2992
非ポリマー2,39511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7800 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.965, 111.302, 217.193
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
BetaC-S lyase


分子量: 44649.309 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus anginosus (バクテリア)
株: IMU102 / 遺伝子: lcd / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6BMJ3, cystathionine beta-lyase

-
非ポリマー , 5種, 1637分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物
ChemComp-PLS / [3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE / PYRIDOXYL-SERINE-5-MONOPHOSPHATE


分子量: 336.235 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N2O8P
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 8000, 0.1M Hepes pH7.5, 0.08M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→36.84 Å / Num. all: 189945 / Num. obs: 189945 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.66→1.7 Å / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 13790 / Rsym value: 0.248 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.66→36.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.379 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1773 9529 5 %RANDOM
Rwork0.15097 ---
all0.15229 179903 --
obs0.15229 179903 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→36.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12484 0 287 1616 14387
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213362
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.9618260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9213.00121740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84251642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54525.15668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.627152243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5961548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2420.21990
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214796
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022600
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.29676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.26609
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.26521
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0570.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.621.57920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1691.53142
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.178212894
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04135639
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2824.55309
LS精密化 シェル解像度: 1.66→1.703 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 761 -
Rwork0.165 12947 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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