PDB-3azo: Crystal structure of puromycin hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3azo

タイトル

Crystal structure of puromycin hydrolase

要素

Aminopeptidase

キーワード

HYDROLASE / POP family

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces morookaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Matoba, Y. / Sugiyama, M.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Structural evidence that puromycin hydrolase is a new type of aminopeptidase with a prolyl oligopeptidase family fold
著者: Matoba, Y. / Nakayama, A. / Oda, K. / Noda, M. / Kumagai, T. / Nishimura, M. / Sugiyama, M.

履歴

登録	2011年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月28日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3azo.cif.gz	274.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3azo.ent.gz	228.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3azo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3azo_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3azo_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	3azo_validation.xml.gz	55 KB	表示
CIF形式データ	3azo_validation.cif.gz	83 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3azo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/3azo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3azpC 3azqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3azp-2 3azp-1 7c72-1 3azq-2 3azq-1 4hxe-d 1de0-d 1j0b-7 1j0b-8 1g1m-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (2)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aminopeptidase

B: Aminopeptidase

ヘテロ分子

144 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aminopeptidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.920, 142.270, 156.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Aminopeptidase 分子量: 71570.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces morookaensis (バクテリア) 株: JCM4673 / 遺伝子: pmh / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q2HXD9
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1086 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.7M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97892, 0.97912, 0.99491

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月9日

放射

モノクロメーター: Fixed exit double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97892	1
2	0.97912	1
3	0.99491	1

反射

解像度: 2→100 Å / Num. all: 126640 / Num. obs: 126640 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / B_iso Wilson estimate: 11.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 22.5

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 12493 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
SHARP		位相決定
CNS	1.2	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→29.69 Å / R_factor R_free error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3226881.99 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.199	6355	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
obs	0.177	126511	99.8 %	-
all	-	126511	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 56.6517 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.23 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.15 Å	0.12 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10056	0	30	1086	11172

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.13	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.66	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.94	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.75	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2→2.13 Å / R_factor R_free error: 0.007 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	1065	5.1 %
R_work	0.197	19750	-
obs	-	-	99.8 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	ion.param	ion.top

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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