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- PDB-3ayv: TTHB071 protein from Thermus thermophilus HB8 soaking with ZnCl2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ayv
タイトルTTHB071 protein from Thermus thermophilus HB8 soaking with ZnCl2
要素Putative uncharacterized protein TTHB071
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Tim Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / base-excision repair / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 2 / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Xylose isomerase-like TIM barrel domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Nakane, S. / Wakamatsu, T. / Fukui, K. / Nakagawa, N. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: In vivo, in vitro, and x-ray crystallographic analyses suggest the involvement of an uncharacterized triose-phosphate isomerase (TIM) barrel protein in protection against oxidative stress
著者: Nakane, S. / Wakamatsu, T. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / Fukui, K.
履歴
登録2011年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein TTHB071
B: Putative uncharacterized protein TTHB071
C: Putative uncharacterized protein TTHB071
D: Putative uncharacterized protein TTHB071
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,96216
ポリマ－113,1774
非ポリマー78512
水14,034779
1
A: Putative uncharacterized protein TTHB071
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4914
ポリマ－28,2941
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein TTHB071
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4914
ポリマ－28,2941
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative uncharacterized protein TTHB071
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4914
ポリマ－28,2941
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative uncharacterized protein TTHB071
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4914
ポリマ－28,2941
非ポリマー1963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Putative uncharacterized protein TTHB071
D: Putative uncharacterized protein TTHB071
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9818
ポリマ－56,5892
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
6
B: Putative uncharacterized protein TTHB071
C: Putative uncharacterized protein TTHB071
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9818
ポリマ－56,5892
非ポリマー3926
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area19920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.085, 93.375, 87.379
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.860, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein TTHB071


分子量: 28294.357 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB071 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q53W91
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 779 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.05M Mg Chloride, 30%(v/v) PEG MME 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1.282186 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月12日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 4.7 sec, detector distance 130.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282186 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.055 / 数: 1347990
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 1347990 / Num. obs: 1347990 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 49.414
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.253 / Mean I/σ(I) obs: 11.806 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 98.9
Cell measurementReflection used: 1347990

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dmFOM : 0.34 / FOM acentric: 0.34 / FOM centric: 0.33 / 反射: 18966 / Reflection acentric: 18099 / Reflection centric: 867
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
3.1-3.30.130.130.113336323898
3.3-3.90.270.270.2657285534194
3.9-4.40.440.440.4232153083132
4.4-5.60.440.450.3132403079161
5.6-8.90.420.430.3625932418175

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
RESOLVE2.15位相決定
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / WRfactor Rfree: 0.212 / WRfactor Rwork: 0.179 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.365 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 4559 5 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.1737 90916 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.35 Å2 / Biso mean: 20.3554 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7617 0 12 779 8408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0217813
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3731.98210632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5485965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75621.728382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.182151219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.17415102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7711.54835
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41927691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44932978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1024.52941
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.8980.2473150.1896274674997.629
1.898-1.950.2133450.1826118654298.792
1.95-2.0060.2393380.1775974638298.903
2.006-2.0680.2222740.1765859617499.336
2.068-2.1360.2232990.1725707603799.487
2.136-2.2110.2052990.1755475579899.586
2.211-2.2940.2092800.175314561099.715
2.294-2.3870.2172700.1685141541799.889
2.387-2.4930.2052450.1734943519199.942
2.493-2.6150.2022550.1764702495899.98
2.615-2.7560.2322360.1724452469299.915
2.756-2.9220.2262240.1864273450199.911
2.922-3.1230.2021950.1913992418899.976
3.123-3.3720.22040.18437213925100
3.372-3.6920.1851880.1663405359499.972
3.692-4.1250.1851570.163125328599.909
4.125-4.7580.1611530.14127212874100
4.758-5.8150.2171230.1692347247299.919
5.815-8.1680.2211070.18118041911100
8.168-500.149520.1611010110895.848

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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