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- PDB-3ayk: CATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ayk
タイトルCATALYTIC FRAGMENT OF HUMAN FIBROBLAST COLLAGENASE COMPLEXED WITH CGS-27023A, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素PROTEIN (COLLAGENASE)
キーワードMATRIX METALLOPROTEINASE / HYDROLASE / METALLOPROTEASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix ...interstitial collagenase / cellular response to UV-A / Basigin interactions / Activation of Matrix Metalloproteinases / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / positive regulation of protein-containing complex assembly / metalloendopeptidase activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / peptidase activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CGS / Interstitial collagenase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD
データ登録者Powers, R. / Moy, F.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999
タイトル: NMR solution structure of the catalytic fragment of human fibroblast collagenase complexed with a sulfonamide derivative of a hydroxamic acid compound.
著者: Moy, F.J. / Chanda, P.K. / Chen, J.M. / Cosmi, S. / Edris, W. / Skotnicki, J.S. / Wilhelm, J. / Powers, R.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: High-resolution solution structure of the inhibitor-free catalytic fragment of human fibroblast collagenase determined by multidimensional NMR.
著者: Moy, F.J. / Chanda, P.K. / Cosmi, S. / Pisano, M.R. / Urbano, C. / Wilhelm, J. / Powers, R.
#2: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 1997
タイトル: Assignments, secondary structure and dynamics of the inhibitor-free catalytic fragment of human fibroblast collagenase.
著者: Moy, F.J. / Pisano, M.R. / Chanda, P.K. / Urbano, C. / Killar, L.M. / Sung, M.L. / Powers, R.
履歴
登録1999年2月1日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月30日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (COLLAGENASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4305
ポリマ－18,8661
非ポリマー5644
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area940 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area9240 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100LOWEST ENERGY, LOWEST VIOLATIONS, CONSISTENT FOLD
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (COLLAGENASE) / MMP-1 / FIBROBLAST COLLAGENASE


分子量: 18865.541 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HETEROGEN: N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL) SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3- METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 (DE3) / プラスミド: PNOT-3A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03956, interstitial collagenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CGS / N-HYDROXY-2(R)-[[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL](3-PICOLYL)AMINO]-3-METHYLBUTANAMIDE HYDROCHLORIDE / CGS-27023A / CGS-27023


分子量: 393.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N3O5S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY
141TRIPLE-RESONANCE
NMR実験の詳細Text: RESTRAINED MINIMIZED MEAN STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED MMP-1.

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試料調製

試料状態pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 308.00 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX2600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX2600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.84BRUNGER精密化
X-PLOR構造決定
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY, LOWEST VIOLATIONS, CONSISTENT FOLD
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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