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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3axy
タイトルStructure of Florigen Activation Complex Consisting of Rice Florigen Hd3a, 14-3-3 Protein GF14 and Rice FD Homolog OsFD1
要素
  • 14-3-3-like protein GF14-C
  • Protein HEADING DATE 3A
  • Rice FD homolog OsFD1
キーワードSIGNALING PROTEIN/PROTEIN BINDING / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / 14-3-3 Protein / bZip protein / Floral Induction / Transcriptional Activator / Signaling Protein / DNA Binding / Phosphorylation / Nucleus / SIGNALING PROTEIN-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


short-day photoperiodism, flowering / short-day photoperiodism / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / inflorescence development / regulation of flower development / vegetative to reproductive phase transition of meristem / flower development / phosphatidylethanolamine binding / protein localization / cell differentiation ...short-day photoperiodism, flowering / short-day photoperiodism / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / inflorescence development / regulation of flower development / vegetative to reproductive phase transition of meristem / flower development / phosphatidylethanolamine binding / protein localization / cell differentiation / signal transduction / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylethanolamine-binding, conserved site / Phosphatidylethanolamine-binding protein family signature. / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / 14-3-3 domain / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Delta-Endotoxin; domain 1 ...Phosphatidylethanolamine-binding, conserved site / Phosphatidylethanolamine-binding protein family signature. / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / 14-3-3 domain / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein, eukaryotic / PEBP-like superfamily / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3-like protein GF14-C / Protein HEADING DATE 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ohki, I. / Furuita, K. / Hayashi, K. / Taoka, K. / Tsuji, H. / Nakagawa, A. / Shimamoto, K. / Kojima, C.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: 14-3-3 proteins act as intracellular receptors for rice Hd3a florigen
著者: Taoka, K. / Ohki, I. / Tsuji, H. / Furuita, K. / Hayashi, K. / Yanase, T. / Yamaguchi, M. / Nakashima, C. / Purwestri, Y.A. / Tamaki, S. / Ogaki, Y. / Shimada, C. / Nakagawa, A. / Kojima, C. / Shimamoto, K.
履歴
登録2011年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月12日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein HEADING DATE 3A
B: Protein HEADING DATE 3A
C: 14-3-3-like protein GF14-C
D: 14-3-3-like protein GF14-C
E: Rice FD homolog OsFD1
F: Rice FD homolog OsFD1
G: Protein HEADING DATE 3A
H: Protein HEADING DATE 3A
I: 14-3-3-like protein GF14-C
J: 14-3-3-like protein GF14-C
K: Rice FD homolog OsFD1
L: Rice FD homolog OsFD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,98212
ポリマ－188,98212
非ポリマー00
水13,998777
1
A: Protein HEADING DATE 3A
B: Protein HEADING DATE 3A
C: 14-3-3-like protein GF14-C
D: 14-3-3-like protein GF14-C
E: Rice FD homolog OsFD1
F: Rice FD homolog OsFD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4916
ポリマ－94,4916
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Protein HEADING DATE 3A
H: Protein HEADING DATE 3A
I: 14-3-3-like protein GF14-C
J: 14-3-3-like protein GF14-C
K: Rice FD homolog OsFD1
L: Rice FD homolog OsFD1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4916
ポリマ－94,4916
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.735, 96.647, 99.510
Angle α, β, γ (deg.)68.23, 87.90, 77.94
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Protein HEADING DATE 3A / Rice Florigen Hd3a / FT-like protein A


分子量: 18982.418 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 6-170 / 変異: C43L,C109S,C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: HD3A, LOC_Os06g06320, Os06g0157700, OsJ_20191, P0046E09.30, P0702F05.10
プラスミド: pCOLD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q93WI9
#2: タンパク質
14-3-3-like protein GF14-C / G-box factor 14-3-3 homolog C


分子量: 27151.787 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ)
遺伝子: GF14C, LOC_Os08g33370, OJ1124_B05.7, Os08g0430500
プラスミド: pGEX6P3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6ZKC0
#3: タンパク質・ペプチド
Rice FD homolog OsFD1


分子量: 1111.207 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL MOTIF / 由来タイプ: 合成 / 詳細: OsFD1(187-195) fragment, phosphorylated at S192
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 0.2M ammonium sulfate, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 101603 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.252 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Code 1WKP for Hd3a, 2O98 for GF14c

1wkp

2o98


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 12.325 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.342 / ESU R Free: 0.264 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27626 7138 7.2 %RANDOM
Rwork0.22728 ---
obs0.23079 92311 98.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.061 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å21.04 Å21.33 Å2
2---1.29 Å20.71 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12974 0 0 777 13751
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02213222
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8711.97217909
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8351618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.00124.013628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.54715.0262325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.86715100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.02110008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2021.58133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.117213127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.57435089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3884.54782
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 522 -
Rwork0.29 6692 -
obs--96.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9919-0.4615-0.130.89240.25120.61790.00050.0076-0.074-0.0336-0.04790.0782-0.0457-0.00260.04730.02550.01530.01360.0155-0.00230.057-22.07134.686-15.289
20.7437-0.07660.00111.1519-0.22990.85370.03280.03910.0750.0030.0430.1158-0.014-0.0418-0.07570.01830.02320.02210.0310.03260.0422-12.66-10.27621.764
30.2037-0.08370.33730.2869-0.22860.95230.01530.07320.03160.0007-0.06620.00370.01540.13080.05080.04120.01930.02320.03890.02010.023217.62324.089-20.359
40.12480.0389-0.1530.7285-0.35620.99760.0388-0.0505-0.04890.0549-0.1345-0.02540.00360.10960.09580.0294-0.02-0.00710.04140.02350.024624.7424.94611.048
50.55490.1021-0.41070.4892-0.01981.39890.0048-0.0539-0.04180.0213-0.00890.0126-0.07710.07570.0040.03410.0040.0040.02430.00660.00737.99-27.16432.962
61.13310.154-0.07831.1118-0.30840.68150.043-0.04140.02030.1696-0.02080.00810.01370.0401-0.02230.05750.01470.01220.01280.00550.0091-11.69223.2129.233
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 170
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5G5 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6H5 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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