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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3axx | |||||||||
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タイトル | Functional analysis of hyperthermophilic endocellulase from the Archaeon Pyrococcus horikoshii | |||||||||
要素 | 458aa long hypothetical endo-1,4-beta-glucanase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / TIM barrel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim, H.-W. / Ishikawa, K. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011 タイトル: Functional analysis of hyperthermophilic endocellulase from Pyrococcus horikoshii by crystallographic snapshots 著者: Kim, H.-W. / Ishikawa, K. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 2010 タイトル: Structure of hyperthermophilic endocellulase from Pyrococcus horikoshii 著者: Kim, H.W. / Ishikawa, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3axx.cif.gz | 249.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3axx.ent.gz | 200 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3axx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3axx_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3axx_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3axx_validation.xml.gz | 49.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3axx_validation.cif.gz | 69.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/3axx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/3axx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51982.879 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: EGPh, PH1171 / プラスミド: pET11a 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O58925, cellulase #2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.5M ammonium phosphate, 0.1M MES buffer, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 97064 / Num. obs: 94740 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2ZUM 解像度: 1.9→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 74.2861 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.52 Å2 / Biso mean: 36.6026 Å2 / Biso min: 9.98 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å /
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Xplor file |
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