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- PDB-3axt: Complex structure of tRNA methyltransferase Trm1 from Aquifex aeo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3axt
タイトルComplex structure of tRNA methyltransferase Trm1 from Aquifex aeolicus with S-adenosyl-L-Methionine
要素Probable N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase Trm1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / tRNA modification enzyme / guanine 26 / N2 / N2-dimethyltransferase / Aquifex aeolicus
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine26-N2/guanine27-N2)-dimethyltransferase / tRNA (guanine(26)-N2/guanine(27)-N2)-dimethyltransferase activity / tRNA N2-guanine methylation / tRNA (guanine(26)-N2)-dimethyltransferase activity / tRNA (guanine(10)-N2)-methyltransferase activity / tRNA binding
類似検索 - 分子機能
N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase, C-terminal domain / tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase, archaeal and bacterial / tRNA methyltransferase, Trm1 / tRNA methyltransferase, Trm1, C-terminal / N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase / Trm1 methyltransferase domain profile. / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold ...N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase, C-terminal domain / tRNA (guanine(26)-N(2))-dimethyltransferase, archaeal and bacterial / tRNA methyltransferase, Trm1 / tRNA methyltransferase, Trm1, C-terminal / N2,N2-dimethylguanosine tRNA methyltransferase / Trm1 methyltransferase domain profile. / Phenylalanyl-tRNA Synthetase; Chain B, domain 1 / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (guanine(26)-N(2)/guanine(27)-N(2))-dimethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.491 Å
データ登録者Ihsanawati / Sengoku, T. / Yokoyama, S. / Bessho, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Substrate tRNA recognition mechanism of a multisite-specific tRNA methyltransferase, Aquifex aeolicus Trm1, based on the X-ray crystal structure
著者: Awai, T. / Ochi, A. / Ihsanawati / Sengoku, T. / Hirata, A. / Bessho, Y. / Yokoyama, S. / Hori, H.
履歴
登録2011年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月15日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase Trm1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3967
ポリマ－45,5481
非ポリマー8486
水95553
1
A: Probable N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase Trm1
ヘテロ分子

A: Probable N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase Trm1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,79314
ポリマ－91,0962
非ポリマー1,69612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area3070 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area31080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.438, 140.928, 119.038
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

21A-426-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Probable N(2),N(2)-dimethylguanosine tRNA methyltransferase Trm1 / tRNA 2 / 2-dimethylguanosine-26 methyltransferase / tRNA(guanine-26 / N(2)-N(2)) methyltransferase ...tRNA 2 / 2-dimethylguanosine-26 methyltransferase / tRNA(guanine-26 / N(2)-N(2)) methyltransferase / tRNA(m(2 / 2)G26)dimethyltransferase


分子量: 45548.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: trm1 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O67010, EC: 2.1.1.32
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1M Na-Citrate, 2M (NH4)2SO4, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.491→30 Å / Num. obs: 16410 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EJT

2ejt


解像度: 2.491→27.415 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8659 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2246 793 4.84 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1871 16387 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.241 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.48 Å2 / Biso mean: 44.2779 Å2 / Biso min: 9.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9945 Å20 Å2-0 Å2
2--1.5296 Å2-0 Å2
3----4.5242 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.491→27.415 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3162 0 48 53 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023295
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.564439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039475
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002558
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9051263
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4908-2.64670.30821300.24242522265299
2.6467-2.85090.31941230.232825742697100
2.8509-3.13740.24761340.200725772711100
3.1374-3.59050.21241270.183225942721100
3.5905-4.52040.18451300.155626202750100
4.5204-27.41650.21351490.1827072856100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10430.0902-0.10710.178-0.04030.12940.0783-0.0163-0.04930.17520.02220.05160.0397-0.13380.01050.2403-0.0988-0.06980.2570.17260.234112.744112.763449.4351
20.00960.0086-0.0060.006-0.00650.00580.0197-0.0181-0.03770.00530.03210.03020.0306-0.01620.02260.2806-0.1193-0.1937-0.05110.29980.144914.98650.574147.1417
30.1628-0.0230.08780.013-0.0370.17490.0424-0.046-0.00150.0262-0.00680.00570.0719-0.0004-0.04590.2491-0.0549-0.07530.23720.06250.241419.82814.078435.3603
40.1931-0.02840.02920.00770.00080.19390.1182-0.07860.05020.00160.06740.0501-0.0522-0.1308-0.01060.087-0.00450.00740.15470.03070.117520.227629.98740.1517
50.11110.1387-0.00290.5560.43470.53490.147-0.00290.09960.00810.20920.0498-0.292-0.0687-0.20260.31310.00420.06480.15070.01010.273820.49847.132336.0524
60.0822-0.0902-0.03450.27220.09770.0350.115-0.13130.0530.12380.07240.0379-0.0721-0.2274-0.0760.24990.02650.06510.3590.07860.20138.104134.795348.7915
70.06080.07990.11430.11110.16080.23650.1309-0.06280.0603-0.0517-0.06850.00810.01950.00890.01870.35760.08730.12290.3614-0.01790.24018.690752.567456.7062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 1:86)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 87:110)A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 111:147)A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 148:229)A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 230:272)A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 273:335)A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 336:387)A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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