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- PDB-3axl: Murine Valpha 10 Vbeta 8.1 T-cell receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3axl
タイトルMurine Valpha 10 Vbeta 8.1 T-cell receptor
要素
  • Valpha 10
  • Vbeta 8.1
キーワードIMMUNE SYSTEM / Immunoglobulin fold / T-cell receptor / CD1d binding
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Patel, O. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2011
タイトル: A semi-invariant V(alpha)10(+) T cell antigen receptor defines a population of natural killer T cells with distinct glycolipid antigen-recognition properties
著者: Uldrich, A.P. / Patel, O. / Cameron, G. / Pellicci, D.G. / Day, E.B. / Sullivan, L.C. / Kyparissoudis, K. / Kjer-Nielsen, L. / Vivian, J.P. / Cao, B. / Brooks, A.G. / Williams, S.J. / ...著者: Uldrich, A.P. / Patel, O. / Cameron, G. / Pellicci, D.G. / Day, E.B. / Sullivan, L.C. / Kyparissoudis, K. / Kjer-Nielsen, L. / Vivian, J.P. / Cao, B. / Brooks, A.G. / Williams, S.J. / Illarionov, P. / Besra, G.S. / Turner, S.J. / Porcelli, S.A. / McCluskey, J. / Smyth, M.J. / Rossjohn, J. / Godfrey, D.I.
履歴
登録2011年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Valpha 10
B: Vbeta 8.1
G: Valpha 10
H: Vbeta 8.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0014
ポリマ－97,0014
非ポリマー00
水2,306128
1
A: Valpha 10
B: Vbeta 8.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5012
ポリマ－48,5012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
2
G: Valpha 10
H: Vbeta 8.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5012
ポリマ－48,5012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.841, 65.801, 97.375
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21H
12A
22G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ALAALAARGARGchain B and (resseq 3:240 )BB3 - 2401 - 222
211ALAALAARGARGchain H and (resseq 3:240 )HD3 - 2401 - 222
112GLNGLNGLYGLYchain A and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )AA3 - 481 - 39
122LEULEUGLYGLYchain A and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )AA54 - 6445 - 55
132GLYGLYLEULEUchain A and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )AA70 - 12456 - 104
142ASNASNALAALAchain A and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )AA132 - 200112 - 180
212GLNGLNGLYGLYchain G and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )GC3 - 481 - 39
222LEULEUGLYGLYchain G and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )GC54 - 6445 - 55
232GLYGLYLEULEUchain G and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )GC70 - 12456 - 104
242ASNASNALAALAchain G and (resseq 3:48 or resseq 54:64 or resseq 70:124 or resseq 132:200 )GC132 - 200112 - 180

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: 抗体 Valpha 10


分子量: 21657.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#2: タンパク質 Vbeta 8.1


分子量: 26842.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M NaI, 0.1M Bis-Tris-Propane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 20901 / Num. obs: 20901 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→42.945 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7143 / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 34.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.327 1029 5.09 %Random
Rwork0.2536 ---
obs0.2575 20217 96.36 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.924 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 130.16 Å2 / Biso mean: 34.389 Å2 / Biso min: 0 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0864 Å20 Å2-0.4506 Å2
2--5.9053 Å20 Å2
3----6.4244 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.945 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6600 0 0 128 6728
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0156971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.689189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1171009
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5972403
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B1883X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
12H1883X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.071
21A1393X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
22G1393X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.065
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9-3.05290.35931350.29522516265190
3.0529-3.24410.39031430.28632673281694
3.2441-3.49450.35141320.27452733286597
3.4945-3.8460.35381370.25822800293798
3.846-4.4020.33261530.23242785293898
4.402-5.54420.271670.22062799296699
5.5442-42.950.30251620.25822882304498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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