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- PDB-3axk: Structure of rice Rubisco in complex with NADP(H) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3axk
タイトルStructure of rice Rubisco in complex with NADP(H)
要素(Ribulose bisphosphate carboxylase ...) x 2
キーワードLYASE / alpha/beta barrel / photosynthetic carbon reduction
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / plastid / chloroplast / monooxygenase activity / nucleotide binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Matsumura, H. / Mizohata, E. / Ishida, H. / Kogami, A. / Ueno, T. / Makino, A. / Inoue, T. / Yokota, A. / Mae, T. / Kai, Y.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of rice Rubisco and implications for activation induced by positive effectors NADPH and 6-phosphogluconate
著者: Matsumura, H. / Mizohata, E. / Ishida, H. / Kogami, A. / Ueno, T. / Makino, A. / Inoue, T. / Yokota, A. / Mae, T. / Kai, Y.
履歴
登録2011年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22013年6月5日Group: Database references
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,83312
ポリマ－135,9254
非ポリマー1,9088
水20,2671125
1
A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
ヘテロ分子

A: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
S: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
B: Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
T: Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)551,33048
ポリマ－543,69916
非ポリマー7,63132
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area91580 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area118410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.246, 110.246, 199.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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Ribulose bisphosphate carboxylase ... , 2種, 4分子 ABST

#1: タンパク質 Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / RuBisCO large subunit / D-Ribulose 1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit


分子量: 52993.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 組織: leaves / 参照: UniProt: P0C512, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質 Ribulose bisphosphate carboxylase small chain, chloroplastic / RuBisCO small subunit / D-Ribulose 1 / 5-bisphosphate carboxylase/oxygenase small subunit


分子量: 14969.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 組織: leaves / 参照: UniProt: Q0INY7, ribulose-bisphosphate carboxylase

-
非ポリマー , 4種, 1133分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 75mM HEPES-KOH (pH 7.75), 9% PEG4000, 25% glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月1日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.63 Å / Num. obs: 89311 / Observed criterion σ(F): 10.5 / Observed criterion σ(I): 10.5 / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→39.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 369893.34 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 3848 4.3 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.169 88564 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.0296 Å2 / ksol: 0.367278 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----1.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8745 0 122 1125 9992
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.632.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 103 0.7 %
Rwork0.197 13812 -
obs--90.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4rub.paramrub.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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