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万見
- PDB-3ax3: Crystal structure of rat TOM20-ALDH presequence complex: a comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ax3
タイトルCrystal structure of rat TOM20-ALDH presequence complex: a complex (form2) between Tom20 and a disulfide-bridged presequence peptide containing D-Cys and L-Cys at the i and i+3 positions.
要素
  • Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
  • Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
キーワードMEMBRANE PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Ethanol oxidation / cellular response to resveratrol / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / tRNA import into mitochondrion / Mitochondrial protein degradation / Smooth Muscle Contraction / regulation of response to oxidative stress / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / : ...Ethanol oxidation / cellular response to resveratrol / Metabolism of serotonin / ethanol metabolic process / tRNA import into mitochondrion / Mitochondrial protein degradation / Smooth Muscle Contraction / regulation of response to oxidative stress / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / : / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / aldehyde catabolic process / mitochondrion targeting sequence binding / mitochondrial outer membrane translocase complex / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / migrasome / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / ethanol catabolic process / Ub-specific processing proteases / protein import into mitochondrial matrix / carboxylesterase activity / acetaldehyde metabolic process / NADH binding / behavioral response to ethanol / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / protein-transporting ATPase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / protein targeting to mitochondrion / mitochondrial envelope / response to muscle activity / regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular response to fatty acid / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / response to testosterone / apoptotic mitochondrial changes / response to hyperoxia / cellular response to hormone stimulus / sperm midpiece / liver development / cell periphery / response to ischemia / response to progesterone / intracellular protein transport / response to nicotine / response to organic cyclic compound / unfolded protein binding / response to estradiol / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / mitochondrial matrix / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. ...Mitochondrial outer membrane translocase complex, subunit Tom20 domain / Protein import receptor MAS20 / Protein import receptor MAS20, metazoan / Mitochondrial outer membrane translocase complex, Tom20 domain superfamily / MAS20 protein import receptor / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Saitoh, T. / Maita, Y. / Kohda, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystallographic snapshots of tom20-mitochondrial presequence interactions with disulfide-stabilized peptides.
著者: Saitoh, T. / Igura, M. / Miyazaki, Y. / Ose, T. / Maita, N. / Kohda, D.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
G: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0438
ポリマ－37,0438
非ポリマー00
水64936
1
A: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2612
ポリマ－9,2612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4970 Å2
手法PISA
2
C: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2612
ポリマ－9,2612
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4740 Å2
手法PISA
3
E: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2612
ポリマ－9,2612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5120 Å2
手法PISA
4
G: Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2612
ポリマ－9,2612
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area5280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.596, 99.596, 195.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial import receptor subunit TOM20 homolog / Mitochondrial 20 kDa outer membrane protein / Outer mitochondrial membrane receptor Tom20


分子量: 8006.115 Da / 分子数: 4 / 断片: CYTOSOLIC DOMAIN, UNP RESIDUES 59-126 / 変異: C100S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 属: Tomm20 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62760
#2: タンパク質・ペプチド
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial / ALDH class 2 / ALDH-E2 / ALDH1


分子量: 1254.551 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL HALF, UNP RESIDUES 12-20 / 変異: P13C, S16C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide was chemically synthesized. / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P11884
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.0, 0.2M MgCl2, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月25日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator, micro-channel, indirect water cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 22101 / % possible obs: 99.7 %
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.1-2.189.20.49622081100
2.18-2.269.90.21321621100
2.26-2.379.90.17722091100
2.37-2.499.90.13721891100
2.49-2.659.80.11321971100
2.65-2.859.80.10421991100
2.85-3.149.80.08922041100
3.14-3.599.60.07222251100
3.59-4.529.40.05222391100
4.52-509.30.0452269197

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASERMR位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WT4, 2V1T

1wt4
PDB 未公開エントリ

2v1t


解像度: 2.1→28.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 5.173 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28698 1127 5.2 %RANDOM
Rwork0.24301 ---
obs0.2452 20739 99.07 %-
all-20934 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2452 0 0 36 2488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0062.0183352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.245304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.31826.491114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.40615454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.279158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1430.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3561.51556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43522484
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6983932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2514.5868
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 82 -
Rwork0.327 1398 -
obs--91.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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