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- PDB-3ax1: Molecular insights into miRNA processing by Arabidopsis Serrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ax1
タイトルMolecular insights into miRNA processing by Arabidopsis Serrate
要素Serrate RNA effector molecule
キーワードPROTEIN BINDING / miRNA processing / serrate
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear dicing body / regulation of meristem development / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / shoot system development / ta-siRNA processing / nuclear cap binding complex / primary miRNA processing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing / mRNA processing ...nuclear dicing body / regulation of meristem development / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / shoot system development / ta-siRNA processing / nuclear cap binding complex / primary miRNA processing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / RNA splicing / mRNA processing / nuclear speck / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
SERRATE/Ars2 , C-terminal / SERRATE/Ars2, N-terminal / SERRATE/Ars2 / Arsenite-resistance protein 2 / SERRATE/Ars2, N-terminal domain / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Serrate RNA effector molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Machida, S. / Chen, H.Y.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Molecular insights into miRNA processing by Arabidopsis thaliana SERRATE
著者: Machida, S. / Chen, H.Y. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2011年3月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serrate RNA effector molecule
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8292
ポリマ－40,7641
非ポリマー651
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.965, 80.663, 112.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serrate RNA effector molecule


分子量: 40763.832 Da / 分子数: 1 / 断片: core domain, UNP residues 194-544 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SE, At2g27100, T20P8.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZVD0
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: PEG4K, Potassium formate, Tris, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.2814, 1.2818, 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日
放射モノクロメーター: 360 degree with 1 degree oscillation
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28141
21.28181
31.11
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 11900 / Num. obs: 11847 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.74→46.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 37.155 / SU ML: 0.333 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28608 605 4.9 %RANDOM
Rwork0.24293 ---
obs0.24504 11847 97.76 %-
all-11900 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.032 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.83 Å20 Å20 Å2
2--7.98 Å20 Å2
3----4.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→46.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2437 0 1 11 2449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9563353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6125294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24724.32125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.77615462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.981515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2360.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21644
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5611.51511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0122383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26831089
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2014.5970
LS精密化 シェル解像度: 2.742→2.814 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.471 32 -
Rwork0.402 654 -
obs--72.67 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.3249 Å / Origin y: 48.2307 Å / Origin z: 48.445 Å
111213212223313233
T-0.2734 Å2-0.0844 Å2-0.012 Å2--0.1533 Å2-0.0208 Å2---0.1991 Å2
L1.8854 °2-0.4386 °2-0.7261 °2-0.5163 °20.132 °2--2.8378 °2
S-0.0779 Å °0.2047 Å °-0.3773 Å °-0.1318 Å °0.1422 Å °-0.1321 Å °0.4256 Å °-0.2484 Å °-0.0643 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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